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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37165 | |||||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-2 XBB Variant Spike protein complexed with broadly neutralizing antibody PW5-535 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Antibody / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun L / Mao Q / Wang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Potent and broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses induced by sequential COVID-19 vaccination. 著者: Xiaoyu Zhao / Tianyi Qiu / Xiner Huang / Qiyu Mao / Yajie Wang / Rui Qiao / Jiayan Li / Tiantian Mao / Yuan Wang / Yewei Cun / Caicui Wang / Cuiting Luo / Chaemin Yoon / Xun Wang / Chen Li / ...著者: Xiaoyu Zhao / Tianyi Qiu / Xiner Huang / Qiyu Mao / Yajie Wang / Rui Qiao / Jiayan Li / Tiantian Mao / Yuan Wang / Yewei Cun / Caicui Wang / Cuiting Luo / Chaemin Yoon / Xun Wang / Chen Li / Yuchen Cui / Chaoyue Zhao / Minghui Li / Yanjia Chen / Guonan Cai / Wenye Geng / Zixin Hu / Jinglei Cao / Wenhong Zhang / Zhiwei Cao / Hin Chu / Lei Sun / Pengfei Wang / 要旨: The current SARS-CoV-2 variants strikingly evade all authorized monoclonal antibodies and threaten the efficacy of serum-neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, urging the ...The current SARS-CoV-2 variants strikingly evade all authorized monoclonal antibodies and threaten the efficacy of serum-neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, urging the need to develop antivirals against SARS-CoV-2 and related sarbecoviruses. Here, we identified both potent and broadly neutralizing antibodies from a five-dose vaccinated donor who exhibited cross-reactive serum-neutralizing activity against diverse coronaviruses. Through single B-cell sorting and sequencing followed by a tailor-made computational pipeline, we successfully selected 86 antibodies with potential cross-neutralizing ability from 684 antibody sequences. Among them, PW5-570 potently neutralized all SARS-CoV-2 variants that arose prior to Omicron BA.5, and the other three could broadly neutralize all current SARS-CoV-2 variants of concern, SARS-CoV and their related sarbecoviruses (Pangolin-GD, RaTG13, WIV-1, and SHC014). Cryo-EM analysis demonstrates that these antibodies have diverse neutralization mechanisms, such as disassembling spike trimers, or binding to RBM or SD1 to affect ACE2 binding. In addition, prophylactic administration of these antibodies significantly protects nasal turbinate and lung infections against BA.1, XBB.1, and SARS-CoV viral challenge in golden Syrian hamsters, respectively. Importantly, post-exposure treatment with PW5-5 and PW5-535 also markedly protects against XBB.1 challenge in these models. This study reveals the potential utility of computational process to assist screening cross-reactive antibodies, as well as the potency of vaccine-induced broadly neutralizing antibodies against current SARS-CoV-2 variants and related sarbecoviruses, offering promising avenues for the development of broad therapeutic antibody drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37165.map.gz | 98.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37165-v30.xml emd-37165.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37165.png | 132.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37165.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_37165_half_map_1.map.gz emd_37165_half_map_2.map.gz | 98.4 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37165 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37165 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37165_validation.pdf.gz | 715.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37165_full_validation.pdf.gz | 714.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37165_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37165_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37165 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37165 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8kerMC 8kdmC 8kdrC 8kdsC 8kdtC 8kehC 8kejC 8kekC 8keoC 8kepC 8keqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37165_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37165_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : XBB spike protein (S) in complex with broadly neutralizing antibo...
全体 | 名称: XBB spike protein (S) in complex with broadly neutralizing antibody PW5-535 |
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要素 |
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-超分子 #1: XBB spike protein (S) in complex with broadly neutralizing antibo...
超分子 | 名称: XBB spike protein (S) in complex with broadly neutralizing antibody PW5-535 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3, #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: XBB spike / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 143.147531 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQCVNLI TRTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DVYQKNNKSW M ESEFRVYS ...文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQCVNLI TRTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DVYQKNNKSW M ESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG KEGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPIN LERDLPQGFS ALEPLVDLPI GI NITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIY QTSNFR VQPTESIVRF PNITNLCPFH EVFNATTFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVIY NFAPFFAFKC YGVSPTKLND LCFT NVYAD SFVIRGNEVS QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKPSGN YNYLYRLFRK SKLKPFERDI STEIY QAGN KPCNGVAGSN CYSPLQSYGF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLT ESN KKFLPFQQFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTW RV YSTGSNVFQT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHGSAS SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIA I PTNFTISVTT EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPP IKYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTI TSGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTP SALGKLQDVV N HNAQALNT LVKQLSSKFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CV LGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQ IITTDN TFVSGNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNL NESLI DLQELGKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVFLSTFLS GLEVLFQGPG GWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHP QFEK GGSHHHHHHH H UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: PW5-535 light chain
分子 | 名称: PW5-535 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.458061 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQVTQSPSP LSASVGDRVT ITCRASQTIG KYLNWYHQIP GKAPKLLISA ASTLHSGVPS RFSGRGSGTD FTLTISSLQP EDFGTYYCQ QSYSSPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: DIQVTQSPSP LSASVGDRVT ITCRASQTIG KYLNWYHQIP GKAPKLLISA ASTLHSGVPS RFSGRGSGTD FTLTISSLQP EDFGTYYCQ QSYSSPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #3: PW5-535 heavy chain
分子 | 名称: PW5-535 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.384562 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVRLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFR NYDIHWVRQT TGKGLEWVSA VGTSGDTYYL DSVKGRFTIS REDAKKSVYL QMNSLRAGD TAMYYCVRGD ASPDNIYYYM DVWGTGTRVI VSSTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: EVRLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFR NYDIHWVRQT TGKGLEWVSA VGTSGDTYYL DSVKGRFTIS REDAKKSVYL QMNSLRAGD TAMYYCVRGD ASPDNIYYYM DVWGTGTRVI VSSTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTHT CPPCPAPELL GG PSVFLFP PKPKDTLMIS RTPEVTCVVV DVSHEDPEVK FNWYVDGVEV HNAKTKPREE QYNSTYRVVS VLTVLHQDWL NGK EYKCKV SNKALPAPIE KTISKAKGQP REPQVYTLPP SRDELTKNQV SLTCLVKGFY PSDIAVEWES NGQPENNYKT TPPV LDSDG SFFLYSKLTV DKSRWQQGNV FSCSVLHEAL HSHYTQKSLS LSPGK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 669397 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |