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万見- EMDB-37159: Cryo-EM structure of NADPH oxidase 2 in complex with p22phox and EROS -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37159 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of NADPH oxidase 2 in complex with p22phox and EROS | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | NADPH oxidase / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 smooth muscle hypertrophy / cellular response to L-glutamine / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / positive regulation of defense response to bacterium / mucus secretion / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / perinuclear endoplasmic reticulum ...smooth muscle hypertrophy / cellular response to L-glutamine / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / positive regulation of defense response to bacterium / mucus secretion / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / perinuclear endoplasmic reticulum / cytochrome complex assembly / NADPH oxidase complex / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / ROS and RNS production in phagocytes / cellular response to ethanol / 酸化還元酵素 / superoxide anion generation / response to angiotensin / hydrogen peroxide biosynthetic process / positive regulation of mucus secretion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / monoatomic ion channel complex / response to aldosterone / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / tertiary granule membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / specific granule membrane / positive regulation of phagocytosis / monoatomic ion transmembrane transport / RAC1 GTPase cycle / cellular response to cadmium ion / response to nutrient / secretory granule / establishment of localization in cell / defense response / VEGFA-VEGFR2 Pathway / SH3 domain binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / nuclear envelope / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / endosome / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / neuronal cell body / dendrite / heme binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Liang SY / Liu AJ / Liu YZ / Ye RD | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of NADPH oxidase 2 in complex with p22phox and EROS 著者: Liang SY / Liu AJ / Liu YZ / Ye RD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37159.map.gz | 229.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37159-v30.xml emd-37159.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37159.png | 42.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37159.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_37159_half_map_1.map.gz emd_37159_half_map_2.map.gz | 226.5 MB 226.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37159 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37159 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37159_validation.pdf.gz | 976.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37159_full_validation.pdf.gz | 975.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37159_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37159_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37159 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37159 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8keiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37159.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37159_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37159_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : NADPH oxidase 2 in complex with Cytochrome b-245 light chain, Cyt...
+超分子 #1: NADPH oxidase 2 in complex with Cytochrome b-245 light chain, Cyt...
+分子 #1: Cytochrome b-245 light chain
+分子 #2: Cytochrome b-245 heavy chain
+分子 #3: monoclonal antibody 7G5 heavy chain
+分子 #4: Cytochrome b-245 chaperone 1
+分子 #5: monoclonal antibody 7G5 light chain
+分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
+分子 #8: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #10: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 131926 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |