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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Hydrogenobacter thermophilus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs | ||||||||||||
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![]() | pre-tRNA processing / tRNA / pre-tRNA complex / HYDROLASE-RNA COMPLEX / RNA-free ribonuclease P / ribonuclease P | ||||||||||||
機能・相同性 | RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / RNA-free ribonuclease P![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||||||||
![]() | Teramoto T / Adachi N / Yokogawa T / Koyasu T / Mayanagi K / Nakamura T / Senda T / Kakuta Y | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Hydrogenobacter thermophilus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs 著者: Teramoto T / Koyasu T / Yokogawa T / Adachi N / Mayanagi K / Nakamura T / Senda T / Kakuta Y | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8kdaMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in co...
全体 | 名称: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in co...
超分子 | 名称: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: RNA-free ribonuclease P
分子 | 名称: RNA-free ribonuclease P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: DSM 6534 |
分子量 | 理論値: 21.93909 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDTFVLDTSV FTNPDVYHQF EEDQLGAIEN FISLASHTNA NFFMPTSVYY EFTKMVSLGD LAPKFELVVR IRSPRKWGLM VPAEFLYEF IEEVRYRINK GLRIAEEHTK EAGKLAEEEV GRVVNRLREK YREALRAGII DSKEDVDVLL LSYELDAILV S GDEGLRKW ...文字列: MDTFVLDTSV FTNPDVYHQF EEDQLGAIEN FISLASHTNA NFFMPTSVYY EFTKMVSLGD LAPKFELVVR IRSPRKWGLM VPAEFLYEF IEEVRYRINK GLRIAEEHTK EAGKLAEEEV GRVVNRLREK YREALRAGII DSKEDVDVLL LSYELDAILV S GDEGLRKW ADRVGIKLID PKNLRYIMEN L UniProtKB: RNA-free ribonuclease P |
-分子 #2: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
分子 | 名称: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.650148 KDa |
配列 | 文字列: AAGGCGCGUA GCUCAGUAGG GAGAGCGCCG GCCCGACACG CCGGAGGUCG GGGGUUCAAG UCCCCCCGCG CCU GENBANK: GENBANK: AE000657.1 |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 11206 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 215000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |