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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37090 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.3 RBD in complex with golden hamster ACE2 (local refinement) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / BA.3 / spike protein / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / brush border membrane ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / brush border membrane / cilium / metallopeptidase activity / virus receptor activity / endopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / proteolysis / extracellular space / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mesocricetus auratus (ネズミ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Niu S / Zhao ZN / Chai Y / Gao GF | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2024 タイトル: Structural basis and analysis of hamster ACE2 binding to different SARS-CoV-2 spike RBDs. 著者: Sheng Niu / Zhennan Zhao / Zhimin Liu / Xiaoyu Rong / Yan Chai / Bin Bai / Pengcheng Han / Guijun Shang / Jianle Ren / Ying Wang / Xin Zhao / Kefang Liu / Wen-Xia Tian / Qihui Wang / George Fu Gao / 要旨: Pet golden hamsters were first identified being infected with the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) delta variant of concern (VOC) and transmitted the virus back to humans ...Pet golden hamsters were first identified being infected with the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) delta variant of concern (VOC) and transmitted the virus back to humans in Hong Kong in January 2022. Here, we studied the binding of two hamster (golden hamster and Chinese hamster) angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) proteins to the spike protein receptor-binding domains (RBDs) of SARS-CoV-2 prototype and eight variants, including alpha, beta, gamma, delta, and four omicron sub-variants (BA.1, BA.2, BA.3, and BA.4/BA.5). We found that the two hamster ACE2s present slightly lower affinity for the RBDs of all nine SARS-CoV-2 viruses tested than human ACE2 (hACE2). Furthermore, the similar infectivity to host cells expressing hamster ACE2s and hACE2 was confirmed with the nine pseudotyped SARS-CoV-2 viruses. Additionally, we determined two cryo-electron microscopy (EM) complex structures of golden hamster ACE2 (ghACE2)/delta RBD and ghACE2/omicron BA.3 RBD. The residues Q34 and N82, which exist in many rodent ACE2s, are responsible for the lower binding affinity of ghACE2 compared to hACE2. These findings suggest that all SARS-CoV-2 VOCs may infect hamsters, highlighting the necessity of further surveillance of SARS-CoV-2 in these animals.IMPORTANCESARS-CoV-2 can infect many domestic animals, including hamsters. There is an urgent need to understand the binding mechanism of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants to hamster receptors. Herein, we showed that two hamster angiotensin-converting enzyme 2s (ACE2s) (golden hamster ACE2 and Chinese hamster ACE2) can bind to the spike protein receptor-binding domains (RBDs) of SARS-CoV-2 prototype and eight variants and that pseudotyped SARS-CoV-2 viruses can infect hamster ACE2-expressing cells. The binding pattern of golden hamster ACE2 to SARS-CoV-2 RBDs is similar to that of Chinese hamster ACE2. The two hamster ACE2s present slightly lower affinity for the RBDs of all nine SARS-CoV-2 viruses tested than human ACE2. We solved the cryo-electron microscopy (EM) structures of golden hamster ACE2 in complex with delta RBD and omicron BA.3 RBD and found that residues Q34 and N82 are responsible for the lower binding affinity of ghACE2 compared to hACE2. Our work provides valuable information for understanding the cross-species transmission mechanism of SARS-CoV-2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37090.map.gz | 453.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37090-v30.xml emd-37090.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37090.png | 35.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37090.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_37090_half_map_1.map.gz emd_37090_half_map_2.map.gz | 474.5 MB 474.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37090 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37090 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37090_validation.pdf.gz | 744.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37090_full_validation.pdf.gz | 743.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37090_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37090_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37090 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37090 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8kc2MC 8ka8C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37090_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37090_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.3 RBD in complex with golden h...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.3 RBD in complex with golden hamster ACE2 (local refinement) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.3 RBD in complex with golden h...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.3 RBD in complex with golden hamster ACE2 (local refinement) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: Golden hamster angiotensin-converting enzyme 2
超分子 | 名称: Golden hamster angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
-超分子 #3: BA.3 RBD
超分子 | 名称: BA.3 RBD / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Angiotensin-converting enzyme
分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 68.943328 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SIIEEQAKTF LDKFNQEAED LSYQSALASW NYNTNITEEN AQKMNEAAAK WSAFYEEQSK LAKNYSLQEV QNLTIKRQLQ ALQQSGSSA LSADKNKQLN TILNTMSTIY STGKVCNPKN PQECLLLEPG LDDIMATSTD YNERLWAWEG WRAEVGKQLR P LYEEYVVL ...文字列: SIIEEQAKTF LDKFNQEAED LSYQSALASW NYNTNITEEN AQKMNEAAAK WSAFYEEQSK LAKNYSLQEV QNLTIKRQLQ ALQQSGSSA LSADKNKQLN TILNTMSTIY STGKVCNPKN PQECLLLEPG LDDIMATSTD YNERLWAWEG WRAEVGKQLR P LYEEYVVL KNEMARANNY EDYGDYWRGD YEAEGADGYN YNGNQLIEDV ERTFKEIKPL YEQLHAYVRT KLMNTYPSYI SP TGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYPLTVPF GQKPNIDVTD AMVNQGWNAE RIFKEAEKFF VSVGLPYMTQ GFWENSMLTD PGD DRKVVC HPTAWDLGKG DFRIKMCTKV TMDNFLTAHH EMGHIQYDMA YATQPFLLRN GANEGFHEAV GEIMSLSAAT PEHL KSIGL LPSDFQEDNE TEINFLLKQA LTIVGTLPFT YMLEKWRWMV FKGDIPKEQW MEKWWEMKRE IVGVVEPLPH DETYC DPAA LFHVSNDYSF IRYYTRTIYQ FQFQEALCQA AKHDGPLHKC DISNSTEAGQ KLLNMLRLGK SEPWTLALEN VVGARN MDV RPLLNYFEPL SVWLKEQNKN SFVGWNTDWS PYA UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme |
-分子 #2: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.072924 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNFA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYGFRPT ...文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNFA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYGFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCG UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 416754 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |