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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36987 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of CUL3-RBX1-KLHL22 complex without CUL3 NA motif | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cullin Ring E3 ubiquitin ligase / LIGASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation protein catabolic process at postsynapse / polar microtubule / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / COPII vesicle coating / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase ...liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation protein catabolic process at postsynapse / polar microtubule / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / COPII vesicle coating / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / stem cell division / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / cellular response to L-leucine / RHOBTB3 ATPase cycle / cullin-RING ubiquitin ligase complex / embryonic cleavage / cell projection organization / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / Notch binding / NEDD8 ligase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of response to oxidative stress / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / fibroblast apoptotic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / negative regulation of Rho protein signal transduction / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / mitotic metaphase chromosome alignment / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / intercellular bridge / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / stress fiber assembly / Prolactin receptor signaling / positive regulation of cytokinesis / protein monoubiquitination / mitotic sister chromatid segregation / cullin family protein binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / sperm flagellum / protein autoubiquitination / RHOBTB2 GTPase cycle / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / gastrulation / 14-3-3 protein binding / positive regulation of TORC1 signaling / T cell activation / Regulation of BACH1 activity / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / cyclin binding / post-translational protein modification / positive regulation of protein ubiquitination / integrin-mediated signaling pathway / Degradation of DVL / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Degradation of GLI1 by the proteasome / Negative regulation of NOTCH4 signaling / cellular response to amino acid stimulus / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / DNA Damage Recognition in GG-NER / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Dual Incision in GG-NER / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mitotic spindle / Wnt signaling pathway / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Formation of Incision Complex in GG-NER / spindle pole / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Dual incision in TC-NER / G1/S transition of mitotic cell cycle 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wang W / Ling L / Dai Z / Zuo P / Yin Y | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: A conserved N-terminal motif of CUL3 contributes to assembly and E3 ligase activity of CRL3. 著者: Weize Wang / Ling Liang / Zonglin Dai / Peng Zuo / Shang Yu / Yishuo Lu / Dian Ding / Hongyi Chen / Hui Shan / Yan Jin / Youdong Mao / Yuxin Yin / 要旨: The CUL3-RING E3 ubiquitin ligases (CRL3s) play an essential role in response to extracellular nutrition and stress stimuli. The ubiquitin ligase function of CRL3s is activated through dimerization. ...The CUL3-RING E3 ubiquitin ligases (CRL3s) play an essential role in response to extracellular nutrition and stress stimuli. The ubiquitin ligase function of CRL3s is activated through dimerization. However, how and why such a dimeric assembly is required for its ligase activity remains elusive. Here, we report the cryo-EM structure of the dimeric CRL3 complex and reveal a conserved N-terminal motif in CUL3 that contributes to the dimerization assembly and the E3 ligase activity of CRL3. We show that deletion of the CUL3 N-terminal motif impairs dimeric assembly and the E3 ligase activity of both CRL3 and several other CRL3s. In addition, we found that the dynamics of dimeric assembly of CRL3 generates a variable ubiquitination zone, potentially facilitating substrate recognition and ubiquitination. These findings demonstrate that a CUL3 N-terminal motif participates in the assembly process and provide insights into the assembly and activation of CRL3s. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36987.map.gz | 453.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36987-v30.xml emd-36987.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36987_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36987.png | 42.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36987.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_36987_additional_1.map.gz emd_36987_half_map_1.map.gz emd_36987_half_map_2.map.gz | 483.7 MB 474.8 MB 474.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36987 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36987 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36987_validation.pdf.gz | 995 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36987_full_validation.pdf.gz | 994.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36987_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36987_validation.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36987 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36987 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k9iMC 8k8tC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36987.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.821 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Raw map of CUL3(NA motif deletion)-RBX1-KLHL22 complex
ファイル | emd_36987_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw map of CUL3(NA motif deletion)-RBX1-KLHL22 complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_36987_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_36987_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CUL3-RBX1-KLHL22 complex without CUL3 NA motif
全体 | 名称: CUL3-RBX1-KLHL22 complex without CUL3 NA motif |
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要素 |
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-超分子 #1: CUL3-RBX1-KLHL22 complex without CUL3 NA motif
超分子 | 名称: CUL3-RBX1-KLHL22 complex without CUL3 NA motif / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Cullin-3
分子 | 名称: Cullin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 87.432312 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDEKYVNSIW DLLKNAIQEI QRKNNSGLSF EELYRNAYTM VLHKHGEKLY TGLREVVTEH LINKVREDVL NSLNNNFLQT LNQAWNDHQ TAMVMIRDIL MYMDRVYVQQ NNVENVYNLG LIIFRDQVVR YGCIRDHLRQ TLLDMIARER KGEVVDRGAI R NACQMLMI ...文字列: MDEKYVNSIW DLLKNAIQEI QRKNNSGLSF EELYRNAYTM VLHKHGEKLY TGLREVVTEH LINKVREDVL NSLNNNFLQT LNQAWNDHQ TAMVMIRDIL MYMDRVYVQQ NNVENVYNLG LIIFRDQVVR YGCIRDHLRQ TLLDMIARER KGEVVDRGAI R NACQMLMI LGLEGRSVYE EDFEAPFLEM SAEFFQMESQ KFLAENSASV YIKKVEARIN EEIERVMHCL DKSTEEPIVK VV ERELISK HMKTIVEMEN SGLVHMLKNG KTEDLGCMYK LFSRVPNGLK TMCECMSSYL REQGKALVSE EGEGKNPVDY IQG LLDLKS RFDRFLLESF NNDRLFKQTI AGDFEYFLNL NSRSPEYLSL FIDDKLKKGV KGLTEQEVET ILDKAMVLFR FMQE KDVFE RYYKQHLARR LLTNKSVSDD SEKNMISKLK TECGCQFTSK LEGMFRDMSI SNTTMDEFRQ HLQATGVSLG GVDLT VRVL TTGYWPTQSA TPKCNIPPAP RHAFEIFRRF YLAKHSGRQL TLQHHMGSAD LNATFYGPVK KEDGSEVGVG GAQVTG SNT RKHILQVSTF QMTILMLFNN REKYTFEEIQ QETDIPEREL VRALQSLACG KPTQRVLTKE PKSKEIENGH IFTVNDQ FT SKLHRVKIQT VAAKQGESDP ERKETRQKVD DDRKHEIEAA IVRIMKSRKK MQHNVLVAEV TQQLKARFLP SPVVIKKR I EGLIEREYLA RTPEDRKVYT YVAKLHHHHH H UniProtKB: Cullin-3 |
-分子 #2: Kelch-like protein 22
分子 | 名称: Kelch-like protein 22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 20.36534 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAEEQEFTQL CKLPAQPSHP HCVNNTYRSA QHSQALLRGL LALRDSGILF DVVLVVEGRH IEAHRILLAA SCDYFRGMFA GGLKEMEQE EVLIHGVSYN AMCQILHFIY TSELELSLSN VQETLVAACQ LQIPEIIHFC CDFLMSWVDE ENILDVYRLA E LFDLSRLT EQLDTYILKN UniProtKB: Kelch-like protein 22 |
-分子 #3: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
分子 | 名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.289977 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAAAMDVDTP SGTNSGAGKK RFEVKKWNAV ALWAWDIVVD NCAICRNHIM DLCIECQANQ ASATSEECTV AWGVCNHAFH FHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYGH UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.00 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |