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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36946 | |||||||||
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タイトル | Dimer structure of procaryotic Ago | |||||||||
マップデータ | combined focused map, sharpened with deepemhancer | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ago / DNA/RNA / DNA BINDING PROTEIN / CELL INVASION / DNA-RNA-CELL INVASION complex | |||||||||
機能・相同性 | SIR2-like domain / SIR2-like domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / nucleic acid binding / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Piwi domain protein / Sir2 superfamily protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Geobacter sulfurreducens (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao X / Sun D / Cui S / Wang Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Basis of prokaryotic Argonaute System 著者: Gao X / Cui S / Sun D / Wang Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36946.map.gz | 57.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36946-v30.xml emd-36946.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36946.png | 42.8 KB | ||
マスクデータ | emd_36946_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36946.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_36946_half_map_1.map.gz emd_36946_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36946 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36946_validation.pdf.gz | 714 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36946_full_validation.pdf.gz | 713.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36946_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36946_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36946 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k87MC 8k88C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | combined focused map, sharpened with deepemhancer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.009 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36946_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36946_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36946_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : dimmeric GsSirt2/ago-gRAN-tDNA complex
全体 | 名称: dimmeric GsSirt2/ago-gRAN-tDNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: dimmeric GsSirt2/ago-gRAN-tDNA complex
超分子 | 名称: dimmeric GsSirt2/ago-gRAN-tDNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Geobacter sulfurreducens (バクテリア) |
-分子 #1: DNA (41-mer)
分子 | 名称: DNA (41-mer) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 12.525115 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DA) (DT) |
-分子 #2: RNA/DNA (21-mer)
分子 | 名称: RNA/DNA (21-mer) / タイプ: other / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 6.675973 KDa |
配列 | 文字列: AUAAUGGUUU CUUAGACGUC (DG) |
-分子 #3: Piwi domain protein
分子 | 名称: Piwi domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Geobacter sulfurreducens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 53.325566 KDa |
組換発現 | 生物種: Expression vector pET-mod (その他) |
配列 | 文字列: MADNLSQLAA HSTIPEPLLL FKDNRTDTHP LRGLSQYGPY SACFNLPGQV RLAYLAPTEH MRKLDAIVRE LQNPATPKEA TNYYVEYGG FEKVFKVPLV MPQEHLRCLA LDECHGVAAN GNGLALADKI VQSMSGLFRQ KHAFDVLLVY LPASWKKCFE Y DGFDLHDR ...文字列: MADNLSQLAA HSTIPEPLLL FKDNRTDTHP LRGLSQYGPY SACFNLPGQV RLAYLAPTEH MRKLDAIVRE LQNPATPKEA TNYYVEYGG FEKVFKVPLV MPQEHLRCLA LDECHGVAAN GNGLALADKI VQSMSGLFRQ KHAFDVLLVY LPASWKKCFE Y DGFDLHDR IKAKVAPLNL PIQIINDTAL TRQCRANVMW GVSVALYAKA GGIPWKLADW DKDEAYIGLS YAIKKNAEGQ EY TTCCSQV FDPDGTGFEF VAYDTREFIT DRKGNPYLSY QEMQSVLSKS LHLYQSSHNG RMPRKIFIHK TTHFTEDEIQ GAF DSFSSS TEIELVQIIQ STNWYGLKVD GKKGDKPVAP ASYPVDRGLY QPLTESECLL WTQGSVMGVN QQNPGQPVFK EAAL TPLPN PIMLRRFSGN GGWHATCSSI LALTKVDWNN NTLYKKLPVT LVYSQVFADV VKQTPEIVNE IYDYRFFM UniProtKB: Piwi domain protein |
-分子 #4: Sir2 superfamily protein
分子 | 名称: Sir2 superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Geobacter sulfurreducens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 66.645922 KDa |
組換発現 | 生物種: Expression vector pET-mod (その他) |
配列 | 文字列: MDVLTDNEFY QHYLQNSQHM MWFLGAGTSR SAGLPTASDI IWDLKHRYYC LHENQDYQKH DINNHAIKSK IQSYMDSKGF PLQWSPEEY SFYFELVFRD DYEAQRKYLL EALASRKVSL NIGHRVLAAL LEMNQTKVVF TTNFDDVIET AFSDISGKHL S VYHLEGSY ...文字列: MDVLTDNEFY QHYLQNSQHM MWFLGAGTSR SAGLPTASDI IWDLKHRYYC LHENQDYQKH DINNHAIKSK IQSYMDSKGF PLQWSPEEY SFYFELVFRD DYEAQRKYLL EALASRKVSL NIGHRVLAAL LEMNQTKVVF TTNFDDVIET AFSDISGKHL S VYHLEGSY AALSALNTEA FPIYAKIHGD FRYQKIKNLT PDLQTNDREI HKCFLAAAIR FGLVVSGYSG RDENVMTMLR AA IDQNNAF PHGLYWTVPS ISKSEPAVQD LITYAQGKGV RAYLVETGTF DEMLSKIWRQ VKDKPAAIDA KVRTARVCPV SIP LPGPGK SFPALRTNAL PVVTQSIRCG VVTLASPITF SELKERISQK SPKALLTYTE KVLFLGGEPE IRKIFSNDEI NSIG QYYID EIAQSVAAST FLKSFVEEAI LTALLREKPI LHRVRHRTHY AVIPNASAKD DRFLDLRKAV GFKGDLGYIT GNVTN AKEL SWAEAVSIRL EERGGKLWIM LKPEIWIKPL DRREEATDFI RSRRRYRFNQ CSYQILDAWI KILFGSIGGG GTVNIS CFP DAEFKAEFEI GTRTAFSLGV GYGR UniProtKB: Sir2 superfamily protein |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryosparc ab-initio reconstruction |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1103892 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |