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- EMDB-36941: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36941
タイトルMouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc
マップデータ
試料
  • 複合体: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: IgE Fc
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIgE / high-affinity IgE receptor / allergy / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of mast cell apoptotic process ...Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of mast cell apoptotic process / high-affinity IgE receptor activity / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / Fc-gamma receptor III complex / mast cell apoptotic process / mast cell activation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / serotonin secretion by platelet / positive regulation of interleukin-3 production / FCERI mediated NF-kB activation / Cell surface interactions at the vascular wall / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation / regulation of platelet activation / positive regulation of type III hypersensitivity / IgE binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of protein localization to cell surface / : / leukotriene biosynthetic process / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / IgG binding / mast cell degranulation / phagocytosis, engulfment / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of calcium-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / Neutrophil degranulation / SH2 domain binding / osteoclast differentiation / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / phosphoprotein binding / calcium-mediated signaling / receptor internalization / positive regulation of interleukin-6 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway / endosome / defense response to bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / membrane raft / external side of plasma membrane / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / CD20-like family / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif ...High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / CD20-like family / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Zhang Z / Yui M / Ohto U / Shimizu T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mouse Fc epsilon RI in complex withMouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc mIgE Fc
著者: Zhang Z / Yui M / Ohto U / Shimizu T
履歴
登録2023年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36941.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-4.9883003 - 6.421056
平均 (標準偏差)0.00072881597 (±0.124121085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_36941_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36941_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36941_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc

全体名称: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc
要素
  • 複合体: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: IgE Fc
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc

超分子名称: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 31.646197 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVTGRSAQLC LALLFMSLDV ILTATEKSVL TLDPPWIRIF TGEKVTLSCY GNNHLQMNST TKWIHNGTVS EVNSSHLVIV SATVQDSGK YICQKQGLFK SKPVYLNVTQ DWLLLQTSAD MVLVHGSFDI RCHGWKNWNV RKVIYYRNDH AFNYSYESPV S IREATLND ...文字列:
MVTGRSAQLC LALLFMSLDV ILTATEKSVL TLDPPWIRIF TGEKVTLSCY GNNHLQMNST TKWIHNGTVS EVNSSHLVIV SATVQDSGK YICQKQGLFK SKPVYLNVTQ DWLLLQTSAD MVLVHGSFDI RCHGWKNWNV RKVIYYRNDH AFNYSYESPV S IREATLND SGTYHCKGYL RQVKYESDKF RIAVVKAYKC KYYWLQLIFP LLVAILFAVD TGLLLSTEEQ FKSVLEIQKT GK YKKVETE LLTENLYFQG DYKDDDDKHH HHHHHH

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha

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分子 #2: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.890856 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MISAVILFLL LLVEQAAALG EPQLCYILDA VLFLYGIVLT LLYCRLKIQV RKAAIASREK ADAVYTGLNT RSQETYETLK HEKPPQWSH PQFEKEQKLI SEEDL

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma

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分子 #3: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.166141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDTENRSRAD LALPNPQESS SAPDIELLEA SPAKAAPPKQ TWRTFLKKEL EFLGATQILV GLICLCFGTI VCSVLYVSDF DEEVLLLYK LGYPFWGAVL FVLSGFLSII SERKNTLYLV RGSLGANIVS SIAAGTGIAM LILNLTNNFA YMNNCKNVTE D DGCFVASF ...文字列:
MDTENRSRAD LALPNPQESS SAPDIELLEA SPAKAAPPKQ TWRTFLKKEL EFLGATQILV GLICLCFGTI VCSVLYVSDF DEEVLLLYK LGYPFWGAVL FVLSGFLSII SERKNTLYLV RGSLGANIVS SIAAGTGIAM LILNLTNNFA YMNNCKNVTE D DGCFVASF TTELVLMMLF LTILAFCSAV LFTIYRIGQE LESKKVPDDR LYEELNVYSP IYSELEDKGE TSSPVDSEQK LI SEEDL

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta

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分子 #4: IgE Fc

分子名称: IgE Fc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 40.369723 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METGLRWLLL VAVLKGVQCV RPVNITDPTL ELLHSSCDPN AFHSTIQLYC FIYGHILNDV SVSWLMDDRE ITDTLAQTVL IKEEGKLAS TCSKLNITEQ QWMSESTFTC KVTSQGVDYL AHTRRCPDHE PRGVITYLIP PSPLDLYQNG APKLTCLVVD L ESEKNVNV ...文字列:
METGLRWLLL VAVLKGVQCV RPVNITDPTL ELLHSSCDPN AFHSTIQLYC FIYGHILNDV SVSWLMDDRE ITDTLAQTVL IKEEGKLAS TCSKLNITEQ QWMSESTFTC KVTSQGVDYL AHTRRCPDHE PRGVITYLIP PSPLDLYQNG APKLTCLVVD L ESEKNVNV TWNQEKKTSV SASQWYTKHH NNATTSITSI LPVVAKDWIE GYGYQCIVDH PDFPKPIVRS ITKTPGQRSA PE VYVFPPP EEESEDKRTL TCLIQNFFPE DISVQWLGDG KLISNSQHST TTPLKSNGSN QGFFIFSRLE VAKTLWTQRK QFT CQVIHE ALQKPRKLEK TISTSLGNTS LRPSHHHHHH

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91911
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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