EMDB-36860: Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-36860

タイトル

Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex (Body 1)

マップデータ

試料

複合体: Ribosome Body

キーワード

Ribosome / AP-mRNA

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å

データ登録者

Ramachandran R / Afsar M / Shukla A

資金援助

インド, 3件

Organization	Grant number	国
Department of Science & Technology (DST, India)	GAP0292	インド
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)	CII7032 & MLP0107	インド
Department of Biotechnology (DBT, India)	GAP0384	インド

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex (Body 1)
著者: Ramachandran R / Afsar M / Shukla A

履歴

登録	2023年7月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年7月24日	-
マップ公開	2024年7月24日	-
更新	2024年7月24日	-
現状	2024年7月24日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_36860.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_36860.map.gz	43.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-36860-v30.xml emd-36860.xml	12.9 KB 12.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_36860.png	122.5 KB
マスクデータ	emd_36860_msk_1.map	64 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-36860.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_36860_half_map_1.map.gz emd_36860_half_map_2.map.gz	44.2 MB 44.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36860	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_36860_validation.pdf.gz	780.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_36860_full_validation.pdf.gz	780 KB	表示
XML形式データ	emd_36860_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_36860_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36860	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	36854 8k3o

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_36860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.38 Å/pix. x 256 pix. = 353.28 Å	1.38 Å/pix. x 256 pix. = 353.28 Å	1.38 Å/pix. x 256 pix. = 353.28 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.38 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0058
最小 - 最大	-0.025430985 - 0.12290496
平均 (標準偏差)	-0.00017647808 (±0.0064722933)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_36860_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_36860_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_36860_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Ribosome Body

全体	名称: Ribosome Body
要素	複合体: Ribosome Body

-
超分子 #1: Ribosome Body

超分子	名称: Ribosome Body / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
グリッド	材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 54.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77582
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化	空間: REAL / プロトコル: OTHER

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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