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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36851 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PseP with NAD at 2.86 angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | altemicidin / pyridoxal 5'-phosphate / PLP-dependent enzyme / LYASE | |||||||||
生物種 | Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Mori T / Awakawa T / Adachi N / Abe I | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of PseP with NAD at 2.86 angstrom resolution 著者: Mori T / Awakawa T / Adachi N / Abe I | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36851.map.gz | 96.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36851-v30.xml emd-36851.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36851_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36851.png | 44.8 KB | ||
マスクデータ | emd_36851_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36851.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_36851_half_map_1.map.gz emd_36851_half_map_2.map.gz | 79.6 MB 79.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36851 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36851_validation.pdf.gz | 875.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36851_full_validation.pdf.gz | 875.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36851_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36851_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36851 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36851_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36851_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36851_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PseP
全体 | 名称: PseP |
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要素 |
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-超分子 #1: PseP
超分子 | 名称: PseP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: PLP-dependent enzyme in the biosynthesis of altemicidin |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) |
分子量 | 理論値: 90 KDa |
-分子 #1: PseP
分子 | 名称: PseP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) |
分子量 | 理論値: 90.951523 KDa |
組換発現 | 生物種: Streptomyces lividans TK24 (バクテリア) |
配列 | 文字列: VNGTFVESIA DAHVELRAAM LGSRHHPSPD IPIINHPSAS GLDQAFALVE ASLTAHGLAI VQMDEPLSTE QFACYARRLG VLVPEHDED VQPFVEQGDI LHLRTRFGPT DRVGLQPFSS SPLSMHSESS GNALVDQPRY LAFQCLEPGE FAYAPQTLLI D MASIVARI ...文字列: VNGTFVESIA DAHVELRAAM LGSRHHPSPD IPIINHPSAS GLDQAFALVE ASLTAHGLAI VQMDEPLSTE QFACYARRLG VLVPEHDED VQPFVEQGDI LHLRTRFGPT DRVGLQPFSS SPLSMHSESS GNALVDQPRY LAFQCLEPGE FAYAPQTLLI D MASIVARI SPYNINILAR TYYDSQRNSP PLLRYDGQRW VISFRDFQQQ PLSWVHEGPT PAGDVLSAIR DLLACMYTAQ AS AVRWARG MFMVFDNQRY MHARSKGHFV LDQQDRHLLR ARIRARTPDL NVLAAVDDGD SRVLFARPAS GRIPQLPDDF RQT SAVEPN QVEETPDTFI DERTLEVFSR ALNPTNPMEL RNLWLGRVEA ELGDNALRPE YADLWRRSRV RRAVSVEEVL RSTA TVGMV KELFNAFFRD DLYGALSSKR NIILSSGAVD EDEYGLPAAL KETLRFALAR NFYGYSDSLG RQPAREAVAA MESVS MQQG HYEAASVALT MGATHTISSL ADFIFRDNPY ADAAICAIPN YPPLVQSIAW RHPVLLVPTP SHGGTTSLQA LSRAVT PNT PMVLLQTGTN PCGSLVDELE LERFIQSTSL STLIILDECH EWLGAPRHFS PARQRANVIR VSSLS(LLP)NWSV PGL KVGWFL ADPALVSRYY EFASTSYGGP QSFVYTLVEV LARFERWIIE GRTSIDQQQL REFSASYGLQ LGSLSQTYEH YVAE RRARE QVLLGLRGEA TSCLRRASMI VKTPQCSINV FAQIPGSEDS YLSFRNVLRE TGVSVYPGIL SFYLAGGGFR VTTAR KWGD LHRGLERLSA GAGNA |
-分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was mono-disperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3006 / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |