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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36791 | |||||||||
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タイトル | SID1 transmembrane family member 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | RNA transmembrane transporter activity / SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1 / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane / SID1 transmembrane family member 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo H / Qi C / Lu Y / Yang H / Zhu Y / Sun F / Ji X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of human SID-1 transmembrane family proteins and implications for their low-pH-dependent RNA transport activity. 著者: Le Zheng / Tingting Yang / Hangtian Guo / Chen Qi / Yuchi Lu / Haonan Xiao / Yan Gao / Yue Liu / Yixuan Yang / Mengru Zhou / Henry C Nguyen / Yun Zhu / Fei Sun / Chen-Yu Zhang / Xiaoyun Ji / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36791.map.gz | 15.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36791-v30.xml emd-36791.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36791.png | 32.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36791.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_36791_half_map_1.map.gz emd_36791_half_map_2.map.gz | 15.5 MB 15.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36791 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36791 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36791_validation.pdf.gz | 818 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36791_full_validation.pdf.gz | 817.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36791_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36791_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36791 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36791 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36791_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36791_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer, ECD f...
全体 | 名称: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer, ECD focused refinement |
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要素 |
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-超分子 #1: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer, ECD f...
超分子 | 名称: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer, ECD focused refinement タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: SID1 transmembrane family member 1
分子 | 名称: SID1 transmembrane family member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 29.089018 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DFDHVYSGVV NLSTENIYSF NYTSQPDQVT AVRVYVNSSS ENLNYPVLVV VRQQKEVLSW QVPLLFQGLY QRSYNYQEVS RTLCPSEAT NETGPLQQLI FVDVASMAPL GAQYKLLVTK LKHFQLRTNV AFHFTASPSQ PQYFLYKFPK DVDSVIIKVV S EMAYPCSV ...文字列: DFDHVYSGVV NLSTENIYSF NYTSQPDQVT AVRVYVNSSS ENLNYPVLVV VRQQKEVLSW QVPLLFQGLY QRSYNYQEVS RTLCPSEAT NETGPLQQLI FVDVASMAPL GAQYKLLVTK LKHFQLRTNV AFHFTASPSQ PQYFLYKFPK DVDSVIIKVV S EMAYPCSV VSVQNIMCPV YDLDHNVEFN GVYQSMTKKA AITLQKKDFP GEQFFVVFVI KPEDYACGGS FFIQEKENQT WN LQRKKNL EVTIVPS UniProtKB: SID1 transmembrane family member 1 |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94868 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |