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万見
- EMDB-36759: Cryo-EM structure of TMEM63C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36759
タイトルCryo-EM structure of TMEM63C
マップデータ
試料
  • 細胞: TMEM63C
    • タンパク質・ペプチド: Calcium permeable stress-gated cation channel 1
キーワードMechanosensitive ion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / glomerular filtration / calcium-activated cation channel activity / monoatomic cation transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium permeable stress-gated cation channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Qin Y / Yu D / Dong J / Dang S
資金援助 香港, 1件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16103321 香港
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of TMEM63C suggests it functions as a monomer.
著者: Yuqi Qin / Daqi Yu / Dan Wu / Jiangqing Dong / William Thomas Li / Chang Ye / Kai Chit Cheung / Yingyi Zhang / Yun Xu / YongQiang Wang / Yun Stone Shi / Shangyu Dang /
要旨: The TMEM63 family proteins (A, B, and C), calcium-permeable channels in animals that are preferentially activated by hypo-osmolality, have been implicated in various physiological functions. ...The TMEM63 family proteins (A, B, and C), calcium-permeable channels in animals that are preferentially activated by hypo-osmolality, have been implicated in various physiological functions. Deficiency of these channels would cause many diseases including hearing loss. However, their structures and physiological roles are not yet well understood. In this study, we determine the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the mouse TMEM63C at 3.56 Å, and revealed structural differences compared to TMEM63A, TMEM63B, and the plant orthologues OSCAs. Further structural guided mutagenesis and calcium imaging demonstrated the important roles of the coupling of TM0 and TM6 in channel activity. Additionally, we confirm that TMEM63C exists primarily as a monomer under physiological conditions, in contrast, TMEM63B is a mix of monomer and dimer in cells, suggesting that oligomerization is a regulatory mechanism for TMEM63 proteins.
履歴
登録2023年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36759.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36759.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.0016315937 - 2.2895775
平均 (標準偏差)0.0008530188 (±0.01990157)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36759_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36759_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36759_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TMEM63C

全体名称: TMEM63C
要素
  • 細胞: TMEM63C
    • タンパク質・ペプチド: Calcium permeable stress-gated cation channel 1

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超分子 #1: TMEM63C

超分子名称: TMEM63C / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Calcium permeable stress-gated cation channel 1

分子名称: Calcium permeable stress-gated cation channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 93.111828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAFPDSMDQ KFHNMTVNEC FQSRSTVLQG QPFGGIPTVL VLNIILWVFV VLLYSFLRKA AWDYGRLALL IHNDSLTSLI YGEQSEKSS PSEVSLEAER RDRGFSSWFF NSLTMRDRDL INKCGDDARI YITFQYHLII FVLILCIPSL GIILPVNYIG T VLDWNSHF ...文字列:
MSAFPDSMDQ KFHNMTVNEC FQSRSTVLQG QPFGGIPTVL VLNIILWVFV VLLYSFLRKA AWDYGRLALL IHNDSLTSLI YGEQSEKSS PSEVSLEAER RDRGFSSWFF NSLTMRDRDL INKCGDDARI YITFQYHLII FVLILCIPSL GIILPVNYIG T VLDWNSHF GRTTIVNVST ESKFLWLHSL FAFLYFLINL AFMGHHCLGF VPKKSLHFTR TLMITYVPTE IQDPEIISKH FH EAYPGCV VTRVHFCYDV RNLIDLDDQR RHAMRGRLYY TAKAKKTGKV MIKTHPCSRL CFCKCWTCFK EVDAEQYYSE LEE QLTDEF NAELNRVQLK RLDLIFVTFQ DARTVRRIYD DYKYIHCGRH PKQSSVTTIV KNYHWRVAHA PHPKDIIWKH LSIR RFSWW TRFIAINTFL FFLFFFLTTP AIIINTIDIY NVTRPIEKLQ SPIVTQFFPS VLLWAFTVTM PLLVYLSAFL EAHWT RSSQ NLIIVHKCYI FLVFMVVILP SMGLTSLHVF LRWLFDIYYL EHATIRFQCV FLPDNGAFFI NYVITAALLG TGMELM RLG SLCTYCTRLF LSKSEPERVH IRKNQATDFQ FGREYAWMLN VFSVVMAYSI TCPIIVPFGL LYLCMKHITD RYNMYYS YA PTKLNAQIHM AAVYQAIFAP LLGLFWMLFF SILRVGSLHS ITLFSMSSLI ISVVIAFSGV FLGKLRIAQR YEQPEEET E TVFDVEPSST TSTPTSLLYV ATVLQEPELN LTPASSPARH TYGTINSQPE EGEEESGLRG FARELDSAQF QEGLEMEGQ SH

UniProtKB: Calcium permeable stress-gated cation channel 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 11058 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8754694
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 258464
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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