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万見
- EMDB-36758: CryoEM structure of 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36758
タイトルCryoEM structure of 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase HcaE-HcaF complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB
    • タンパク質・ペプチド: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit beta
キーワード3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phenylpropanoate dioxygenase / 3-phenylpropionate dioxygenase activity / 3-phenylpropionate dioxygenase complex / 3-phenylpropionate catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase, alpha subunit / 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase, beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. ...3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase, alpha subunit / 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase, beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit alpha / 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Jiang WX / Cheng XQ / Ma LX / Xing Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program)2021YFC2100100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase HcaE-HcaF complex
著者: Jiang WX / Cheng XQ / Wu M / Ma LX / Xing Q
履歴
登録2023年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36758.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36758.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.43 Å/pix.
x 640 pix.
= 272. Å		0.43 Å/pix.
x 640 pix.
= 272. Å		0.43 Å/pix.
x 640 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.425 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0434
最小 - 最大-0.040537566 - 0.122786164
平均 (標準偏差)0.000025314639 (±0.0034459357)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36758_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36758_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB

全体名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB
要素
  • 複合体: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB
    • タンパク質・ペプチド: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit beta

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超分子 #1: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB

超分子名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)

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分子 #1: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit alpha

分子名称: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3-phenylpropanoate dioxygenase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 51.166047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MTTPSDLNIY QLIDTQNGRV TPRIYTDPDI YQLELERIFG RCWLFLAHES QIPKPGDFFN TYMGEDAVVV VRQKDGSIKA FLNQCRHRA MRVSYADCGN TRAFTCPYHG WSYGINGELI DVPLEPRAYP QGLCKSHWGL NEVPCVESYK GLIFGNWDTS A PGLRDYLG ...文字列:
MTTPSDLNIY QLIDTQNGRV TPRIYTDPDI YQLELERIFG RCWLFLAHES QIPKPGDFFN TYMGEDAVVV VRQKDGSIKA FLNQCRHRA MRVSYADCGN TRAFTCPYHG WSYGINGELI DVPLEPRAYP QGLCKSHWGL NEVPCVESYK GLIFGNWDTS A PGLRDYLG DIAWYLDGML DRREGGTEIV GGVQKWVINC NWKFPAEQFA SDQYHALFSH ASAVQVLGAK DDGSDKRLGD GQ TARPVWE TAKDALQFGQ DGHGSGFFFT EKPDANVWVD GAVSSYYRET YAEAEQRLGE VRALRLAGHN NIFPTLSWLN GTA TLRVWH PRGPDQVEVW AFCITDKAAS DEVKAAFENS ATRAFGPAGF LEQDDSENWC EIQKLLKGHR ARNSKLCLEM GLGQ EKRRD DGIPGITNYI FSETAARGMY QRWADLLSSE SWQEVLDKTA AYQQEVMK

UniProtKB: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit alpha

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分子 #2: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit beta

分子名称: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3-phenylpropanoate dioxygenase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 20.609248 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MSAQVSLELH HRISQFLFHE ASLLDDWKFR DWLAQLDEEI RYTMRTTVNA QTRDRRKGVQ PPTTWIFNDT KDQLERRIAR LETGMAWAE EPPSRTRHLI SNCQISETDI PNVFAVRVNY LLYRAQKERD ETFYVGTRFD KVRRLEDDNW RLLERDIVLD Q AVITSHNL SVLF

UniProtKB: 3-phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase subunit beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30478
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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