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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36751 | |||||||||
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タイトル | Outward_facing SLC15A4 monomer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | endolysosomal transporter / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway ...L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / dipeptide import across plasma membrane / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / specific granule membrane / monoatomic ion transport / protein transport / early endosome membrane / lysosomal membrane / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang SS / Chen XD / Xie M | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for recruitment of TASL by SLC15A4 in human endolysosomal TLR signaling. 著者: Xudong Chen / Min Xie / Sensen Zhang / Marta Monguió-Tortajada / Jian Yin / Chang Liu / Youqi Zhang / Maeva Delacrétaz / Mingyue Song / Yixue Wang / Lin Dong / Qiang Ding / Boda Zhou / ...著者: Xudong Chen / Min Xie / Sensen Zhang / Marta Monguió-Tortajada / Jian Yin / Chang Liu / Youqi Zhang / Maeva Delacrétaz / Mingyue Song / Yixue Wang / Lin Dong / Qiang Ding / Boda Zhou / Xiaolin Tian / Haiteng Deng / Lina Xu / Xiaohui Liu / Zi Yang / Qing Chang / Jie Na / Wenwen Zeng / Giulio Superti-Furga / Manuele Rebsamen / Maojun Yang / 要旨: Toll-like receptors (TLRs) are a class of proteins that play critical roles in recognizing pathogens and initiating innate immune responses. TASL, a recently identified innate immune adaptor protein ...Toll-like receptors (TLRs) are a class of proteins that play critical roles in recognizing pathogens and initiating innate immune responses. TASL, a recently identified innate immune adaptor protein for endolysosomal TLR7/8/9 signaling, is recruited by the lysosomal proton-coupled amino-acid transporter SLC15A4, and then activates IRF5, which in turn triggers the transcription of type I interferons and cytokines. Here, we report three cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human SLC15A4 in the apo monomeric and dimeric state and as a TASL-bound complex. The apo forms are in an outward-facing conformation, with the dimeric form showing an extensive interface involving four cholesterol molecules. The structure of the TASL-bound complex reveals an unprecedented interaction mode with solute carriers. During the recruitment of TASL, SLC15A4 undergoes a conformational change from an outward-facing, lysosomal lumen-exposed state to an inward-facing state to form a binding pocket, allowing the N-terminal helix of TASL to be inserted into. Our findings provide insights into the molecular basis of regulatory switch involving a human solute carrier and offers an important framework for structure-guided drug discovery targeting SLC15A4-TASL-related human autoimmune diseases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36751.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36751-v30.xml emd-36751.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36751.png | 99.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36751.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_36751_half_map_1.map.gz emd_36751_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36751 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36751 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36751.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8374 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36751_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36751_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : endolysosomal transporter
全体 | 名称: endolysosomal transporter |
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要素 |
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-超分子 #1: endolysosomal transporter
超分子 | 名称: endolysosomal transporter / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: lysosomal transporter,ALFA tag
分子 | 名称: lysosomal transporter,ALFA tag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 62.274246 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEGSGGGAGE RAPLLGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ...文字列: MEGSGGGAGE RAPLLGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ATVKANITPF GADQVKDRGP EATRRFFNWF YWSINLGAIL SLGGIAYIQQ NVSFVTGYAI PTVCVGLAFV VF LCGQSVF ITKPPSRLEE ELRRRLTEGG PFTEEKVEDV KALVKIVPVF LALIPYWTVY FQMQTTYVLQ SLHLRIPEIS NIT TTPHTL PAAWLTMFDA VLILLLIPLK DKLVDPILRR HGLLPSSLKR IAVGMFFVMC SAFAAGILES KRLNLVKEKT INQT IGNVV YHAADLSLWW QVPQYLLIGI SEIFASIAGL EFAYSAAPKS MQSAIMGLFF FFSGVGSFVG SGLLALVSIK AIGWM SSHT DFGNINGCYL NYYFFLLAAI QGATLLLFLI ISVKYDHHRD HQRSRANGVP TSRRAGSLEV LFQGPGGGSG GGSWSH PQF EKGGGSGGGS WSHPQFEK UniProtKB: Solute carrier family 15 member 4, Solute carrier family 15 member 4 |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 107000 |