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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36677 | |||||||||
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タイトル | AHS-CSF domains of phage lambda tail | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage / caudovirales / siphoviridae / tail complex / delivery device / phage lambda / cryo-EM / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage Lambda (λファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Architecture of the bacteriophage lambda tail. 著者: Chang Wang / Jinsong Duan / Zhiwei Gu / Xiaofei Ge / Jianwei Zeng / Jiawei Wang / 要旨: Bacteriophage lambda has a double-stranded DNA genome and a long, flexible, non-contractile tail encoded by a contiguous block of 11 genes downstream of the head genes. The tail allows host ...Bacteriophage lambda has a double-stranded DNA genome and a long, flexible, non-contractile tail encoded by a contiguous block of 11 genes downstream of the head genes. The tail allows host recognition and delivery of viral DNA from the head shell to the cytoplasm of the infected cell. Here, we present a high-resolution structure of the tail complex of bacteriophage lambda determined by cryoelectron microscopy. Most component proteins of the lambda tail were determined at the atomic scale. The structure sheds light on the molecular organization of the extensively studied tail of bacteriophage lambda. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36677.map.gz | 229.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36677-v30.xml emd-36677.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36677_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36677.png | 50.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36677.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_36677_half_map_1.map.gz emd_36677_half_map_2.map.gz | 226.6 MB 226.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36677 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36677 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36677.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half 1
ファイル | emd_36677_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half 2
ファイル | emd_36677_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : bacteriophage lambda tail
全体 | 名称: bacteriophage lambda tail |
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要素 |
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-超分子 #1: bacteriophage lambda tail
超分子 | 名称: bacteriophage lambda tail / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
-分子 #1: Tip attachment protein J
分子 | 名称: Tip attachment protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
分子量 | 理論値: 17.734773 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ELLEKVELTE DNASRLEEFS KEWKDASDKW NAMAAVKAEQ TKDGKHYVAG IGLSMEDTEE GKLSQFLVAA NRIAAIDPAN GNETPMFVA QGNQIFMNDV FLKRLTAPTI TSGGNPPAFS LTPDGKLTAK NADISGSVNA NSGTLSNVTI AENCTINGTL R AEKIVG UniProtKB: Tip attachment protein J |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |