+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the N-terminal domain of Omicron BA.1 in complex with nanobody N235 and S2L20 Fab | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | complex / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å | |||||||||
![]() | Liu B / Liu HH / Han P / Qi JX | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Enhanced potency of an IgM-like nanobody targeting conserved epitope in SARS-CoV-2 spike N-terminal domain. 著者: Bo Liu / Honghui Liu / Pu Han / Xiaoyun Wang / Chunmei Wang / Xinxin Yan / Wenwen Lei / Ke Xu / Jianjie Zhou / Jianxun Qi / Ruiwen Fan / Guizhen Wu / Wen-Xia Tian / George F Gao / Qihui Wang / ![]() 要旨: Almost all the neutralizing antibodies targeting the receptor-binding domain (RBD) of spike (S) protein show weakened or lost efficacy against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS- ...Almost all the neutralizing antibodies targeting the receptor-binding domain (RBD) of spike (S) protein show weakened or lost efficacy against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) emerged or emerging variants, such as Omicron and its sub-variants. This suggests that highly conserved epitopes are crucial for the development of neutralizing antibodies. Here, we present one nanobody, N235, displaying broad neutralization against the SARS-CoV-2 prototype and multiple variants, including the newly emerged Omicron and its sub-variants. Cryo-electron microscopy demonstrates N235 binds a novel, conserved, cryptic epitope in the N-terminal domain (NTD) of the S protein, which interferes with the RBD in the neighboring S protein. The neutralization mechanism interpreted via flow cytometry and Western blot shows that N235 appears to induce the S1 subunit shedding from the trimeric S complex. Furthermore, a nano-IgM construct (MN235), engineered by fusing N235 with the human IgM Fc region, displays prevention via inducing S1 shedding and cross-linking virus particles. Compared to N235, MN235 exhibits varied enhancement in neutralization against pseudotyped and authentic viruses in vitro. The intranasal administration of MN235 in low doses can effectively prevent the infection of Omicron sub-variant BA.1 and XBB in vivo, suggesting that it can be developed as a promising prophylactic antibody to cope with the ongoing and future infection. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 250.6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 46.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 475.8 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 853.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 853.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8jvaMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.54 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36672_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36672_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : the N-terminal domain of Omicron BA.1 in complex with nanobody N2...
全体 | 名称: the N-terminal domain of Omicron BA.1 in complex with nanobody N235 and S2L20 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: the N-terminal domain of Omicron BA.1 in complex with nanobody N2...
超分子 | 名称: the N-terminal domain of Omicron BA.1 in complex with nanobody N235 and S2L20 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: nanobody N235
分子 | 名称: nanobody N235 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.970428 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGLIIS RYDMSWYRQA PGKERELVAT TPIPAARPQY ADSVKGRFTI SRDNAKNTVS LQMNSLKPE DTAVYYCNLG PESQDHNYNY WGQGTQVTVS SHHHHHH |
-分子 #2: S2L20 light chain
分子 | 名称: S2L20 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.017973 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DVIWMTQSPS SLSASVGDRV TITCQASQDI RFYLNWYQQK PGKAPKLLIS DASNMETGVP SRFSGSGSG TDFTFTISSL QPEDIATYYC QQYDNLPFTF GPGTKVDFKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DVIWMTQSPS SLSASVGDRV TITCQASQDI RFYLNWYQQK PGKAPKLLIS DASNMETGVP SRFSGSGSG TDFTFTISSL QPEDIATYYC QQYDNLPFTF GPGTKVDFKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGECS |
-分子 #3: S2L20 heavy chain
分子 | 名称: S2L20 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 52.041504 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DEVQLVESGG GVVQPGGSLR LSCAASGFTF NSYGMHWVRQ APGKGLEWVA FIRYDGGNKY YADSVKGRF TISRDNSKNT LYLQMKSLRA EDTAVYYCAN LKDSRYSGSY YDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK S TSGGTAAL ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DEVQLVESGG GVVQPGGSLR LSCAASGFTF NSYGMHWVRQ APGKGLEWVA FIRYDGGNKY YADSVKGRF TISRDNSKNT LYLQMKSLRA EDTAVYYCAN LKDSRYSGSY YDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK S TSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KR VEPKSCD KTHTCPPCPA PELLGGPSVF LFPPKPKDTL MISRTPEVTC VVVDVSHEDP EVKFNWYVDG VEVHNAKTKP REE QYNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK CKVSNKALPA PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSRDELTK NQVSLTCLVK GFYP SDIAV EWESNGQPEN NYKTTPPVLD SDGSFFLYSK LTVDKSRWQQ GNVFSCSVMH EALHNHYTQK SLSLSPGK |
-分子 #4: Spike protein S2'
分子 | 名称: Spike protein S2' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Omicron/BA.1 |
分子量 | 理論値: 34.076633 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ PFLMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPIIVR EPEDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LA LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTL UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |