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- EMDB-36670: Cryo-EM structure of the panda P2X7 receptor in complex with PPADS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36670
タイトルCryo-EM structure of the panda P2X7 receptor in complex with PPADS
マップデータ
試料
  • 複合体: P2X7 trimer
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 4-[(E)-[4-methanoyl-6-methyl-5-oxidanyl-3-(phosphonooxymethyl)pyridin-2-yl]diazenyl]benzene-1,3-disulfonic acid
  • リガンド: water
キーワードChannel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / response to ATP / calcium ion transmembrane transport / postsynapse / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X purinoreceptor 7, intracellular domain / P2X purinoreceptor 7 intracellular domain / P2X7 purinoceptor / ATP P2X receptor / ATP P2X receptors signature. / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sheng D / Hattori M
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the orthosteric inhibition of P2X receptors by non-ATP analog antagonists.
著者: Danqi Sheng / Chen-Xi Yue / Fei Jin / Yao Wang / Muneyoshi Ichikawa / Ye Yu / Chang-Run Guo / Motoyuki Hattori /
要旨: P2X receptors are extracellular ATP-gated ion channels that form homo- or heterotrimers and consist of seven subtypes. They are expressed in various tissues, including neuronal and nonneuronal cells, ...P2X receptors are extracellular ATP-gated ion channels that form homo- or heterotrimers and consist of seven subtypes. They are expressed in various tissues, including neuronal and nonneuronal cells, and play critical roles in physiological processes such as neurotransmission, inflammation, pain, and cancer. As a result, P2X receptors have attracted considerable interest as drug targets, and various competitive inhibitors have been developed. However, although several P2X receptor structures from different subtypes have been reported, the limited structural information of P2X receptors in complex with competitive antagonists hampers the understanding of orthosteric inhibition, hindering the further design and optimization of those antagonists for drug discovery. We determined the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the mammalian P2X7 receptor in complex with two classical competitive antagonists of pyridoxal-5'-phosphate derivatives, pyridoxal-5'-phosphate-6-(2'-naphthylazo-6'-nitro-4',8'-disulfonate) (PPNDS) and pyridoxal phosphate-6-azophenyl-2',5'-disulfonic acid (PPADS), and performed structure-based mutational analysis by patch-clamp recording as well as molecular dynamics (MD) simulations. Our structures revealed the orthosteric site for PPADS/PPNDS, and structural comparison with the previously reported apo- and ATP-bound structures showed how PPADS/PPNDS binding inhibits the conformational changes associated with channel activation. In addition, structure-based mutational analysis identified key residues involved in the PPNDS sensitivity of P2X1 and P2X3, which are known to have higher affinity for PPADS/PPNDS than other P2X subtypes.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the orthosteric inhibition of P2X receptors by non-ATP-analog antagonists
著者: Sheng D / Yue C / Jin F / Wang Y / Ichikawa M / Yu Y / Guo CR / Hattori M
履歴
登録2023年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36670.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.785402 - 2.1256862
平均 (標準偏差)0.00069542654 (±0.05771975)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36670_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36670_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : P2X7 trimer

全体名称: P2X7 trimer
要素
  • 複合体: P2X7 trimer
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 4-[(E)-[4-methanoyl-6-methyl-5-oxidanyl-3-(phosphonooxymethyl)pyridin-2-yl]diazenyl]benzene-1,3-disulfonic acid
  • リガンド: water

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超分子 #1: P2X7 trimer

超分子名称: P2X7 trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ)

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分子 #1: P2X purinoceptor

分子名称: P2X purinoceptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ)
分子量理論値: 38.716234 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GSSTNYGTIK WIFHALVFSY ISFALISDKR YQKKEPLISS VHTKVKGIAE VKAEILENGM KKMVSGVFDT ADYTFPLQGN SFFVMTNFI KTEGQQQGLC PDFPTARTIC SSDRGCKKGR MDPQSKGIQT GRCVVYKERL KTCEVSAWCP IEEVKDAPRP A LLNSAENF ...文字列:
GSSTNYGTIK WIFHALVFSY ISFALISDKR YQKKEPLISS VHTKVKGIAE VKAEILENGM KKMVSGVFDT ADYTFPLQGN SFFVMTNFI KTEGQQQGLC PDFPTARTIC SSDRGCKKGR MDPQSKGIQT GRCVVYKERL KTCEVSAWCP IEEVKDAPRP A LLNSAENF TVLIKNNIDF PGHNYTTRNI LPGVNITCTF HKTQNPQCPI FRLGDIFQET GDSFSDVAIQ GGIMGIEIYW DC NLDGWFH HCRPKYSFRR LDDKTTSESL YPGYNFRYAK YYKENNVEKR TLIKVFGIRF DILVFGTGGK FNVIQLAVYI GSV ISYFGL ATVFIDILIN TYSASS

UniProtKB: P2X purinoceptor

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: 4-[(E)-[4-methanoyl-6-methyl-5-oxidanyl-3-(phosphonooxymethyl)pyr...

分子名称: 4-[(E)-[4-methanoyl-6-methyl-5-oxidanyl-3-(phosphonooxymethyl)pyridin-2-yl]diazenyl]benzene-1,3-disulfonic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: UO6
分子量理論値: 511.378 Da
Chemical component information

ChemComp-UO6:
4-[(E)-[4-methanoyl-6-methyl-5-oxidanyl-3-(phosphonooxymethyl)pyridin-2-yl]diazenyl]benzene-1,3-disulfonic acid / PPADS

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC ab-initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 161188
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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