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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36665 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Human ATAD2 Walker B mutant-H3/H4K5Q complex, ATP state | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Histone chaperone / AAA+ ATPase / GENE REGULATION | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome ...nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Cho C / Song J | ||||||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 5件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Structure of the human ATAD2 AAA+ histone chaperone reveals mechanism of regulation and inter-subunit communication. 著者: Carol Cho / Christian Ganser / Takayuki Uchihashi / Koichi Kato / Ji-Joon Song / 要旨: ATAD2 is a non-canonical ATP-dependent histone chaperone and a major cancer target. Despite widespread efforts to design drugs targeting the ATAD2 bromodomain, little is known about the overall ...ATAD2 is a non-canonical ATP-dependent histone chaperone and a major cancer target. Despite widespread efforts to design drugs targeting the ATAD2 bromodomain, little is known about the overall structural organization and regulation of ATAD2. Here, we present the 3.1 Å cryo-EM structure of human ATAD2 in the ATP state, showing a shallow hexameric spiral that binds a peptide substrate at the central pore. The spiral conformation is locked by an N-terminal linker domain (LD) that wedges between the seam subunits, thus limiting ATP-dependent symmetry breaking of the AAA+ ring. In contrast, structures of the ATAD2-histone H3/H4 complex show the LD undocked from the seam, suggesting that H3/H4 binding unlocks the AAA+ spiral by allosterically releasing the LD. These findings, together with the discovery of an inter-subunit signaling mechanism, reveal a unique regulatory mechanism for ATAD2 and lay the foundation for developing new ATAD2 inhibitors. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36665.map.gz | 8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36665-v30.xml emd-36665.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36665_fsc.xml | 7.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36665.png | 34.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36665.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_36665_half_map_1.map.gz emd_36665_half_map_2.map.gz | 80.7 MB 80.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36665 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36665 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36665_validation.pdf.gz | 705.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36665_full_validation.pdf.gz | 704.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36665_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36665_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36665 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36665 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36665_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36665_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ATAD2
全体 | 名称: ATAD2 |
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要素 |
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-超分子 #1: ATAD2
超分子 | 名称: ATAD2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: ATPase family AAA domain-containing protein 2
分子 | 名称: ATPase family AAA domain-containing protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 93.690406 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DRMKIGASLA DVDPMQLDSS VRFDSVGGLS NHIAALKEMV VFPLLYPEVF EKFKIQPPRG CLFYGPPGTG KTLVARALAN ECSQGDKRV AFFMRKGADC LSKWVGESER QLRLLFDQAY QMRPSIIFFD QIDGLAPVRS SRQDQIHSSI VSTLLALMDG L DSRGEIVV ...文字列: DRMKIGASLA DVDPMQLDSS VRFDSVGGLS NHIAALKEMV VFPLLYPEVF EKFKIQPPRG CLFYGPPGTG KTLVARALAN ECSQGDKRV AFFMRKGADC LSKWVGESER QLRLLFDQAY QMRPSIIFFD QIDGLAPVRS SRQDQIHSSI VSTLLALMDG L DSRGEIVV IGATNRLDSI DPALRRPGRF DREFLFSLPD KEARKEILKI HTRDWNPKPL DTFLEELAEN CVGYCGADIK SI CAEAALC ALRRRYPQIY TTSEKLQLDL SSINISAKDF EVAMQKMIPA SQRAVTSPGQ ALSTVVKPLL QNTVDKILEA LQR VFPHAE FRTNKTLDSD ISCPLLESDL AYSDDDVPSV YENGLSQKSS HKAKDNFNFL HLNRNACYQP MSFRPRILIV GEPG FGQGS HLAPAVIHAL EKFTVYTLDI PVLFGVSTTS PEETCAQVIR EAKRTAPSIV YVPHIHVWWE IVGPTLKATF TTLLQ NIPS FAPVLLLATS DKPHSALPEE VQELFIRDYG EIFNVQLPDK EERTKFFEDL ILKQAAKPPI SKKKAVLQAL EVLPVA PPP EPRSLTAEEV KRLEEQEEYA PSYYHVMPKQ NSTLVGDKRS DPEQNEKLKT PSTPVACSTP AQLKRKIRKK SNWYLGT IK KRRKISQAKD DSQNAIDHKI ESDTEETQDT SVDHNETGNT GESSVEENEK QQNASESKLE LRNNSNTCNI ENELEDSR K TTACTELRDK IACNGDASSS QIIHISDENE GKEMCVLRMT QPTPSLVVDH ERLKNLLKTV VKKSQNYNIF QLENLYAVI SQCIYRHRKD HDKTSLIQKM EQEVENFSCS R UniProtKB: ATPase family AAA domain-containing protein 2, ATPase family AAA domain-containing protein 2, ATPase family AAA domain-containing protein 2 |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |