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- EMDB-36579: A cryo-EM structure of the bovine chromogranin B dimer at a nomin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36579
タイトルA cryo-EM structure of the bovine chromogranin B dimer at a nominal resolution of ~0.35 nm
マップデータChromogranin B dimers purified from bovine pancreatic granules studied by single particle cryo-EM.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: chromogranin B
キーワードCHGB dimer C2 symmetry anion shunt pathway secretory granule regulated secretory pathways / TRANSPORT PROTEIN
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jiang Q-X / Zhu MX / Yadav GP
資金援助 米国, 12件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093271 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM111367 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21GM131231 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116788 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116789 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)C06RR30414 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U24GM129539 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120474 米国
American Heart Association12IRG9400019 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01GM088745 米国
Cystic Fibrosis FoundationJIANG15G0 米国
Welch FoundationI-1684 米国
引用ジャーナル: Front Mol Neurosci / 年: 2023
タイトル: Chromogranin B (CHGB) is dimorphic and responsible for dominant anion channels delivered to cell surface via regulated secretion.
著者: Gaya P Yadav / Haiyuan Wang / Joke Ouwendijk / Stephen Cross / Qiaochu Wang / Feng Qin / Paul Verkade / Michael X Zhu / Qiu-Xing Jiang /
要旨: Regulated secretion is conserved in all eukaryotes. In vertebrates granin family proteins function in all key steps of regulated secretion. Phase separation and amyloid-based storage of proteins and ...Regulated secretion is conserved in all eukaryotes. In vertebrates granin family proteins function in all key steps of regulated secretion. Phase separation and amyloid-based storage of proteins and small molecules in secretory granules require ion homeostasis to maintain their steady states, and thus need ion conductances in granule membranes. But granular ion channels are still elusive. Here we show that granule exocytosis in neuroendocrine cells delivers to cell surface dominant anion channels, to which chromogranin B (CHGB) is critical. Biochemical fractionation shows that native CHGB distributes nearly equally in soluble and membrane-bound forms, and both reconstitute highly selective anion channels in membrane. Confocal imaging resolves granular membrane components including proton pumps and CHGB in puncta on the cell surface after stimulated exocytosis. High pressure freezing immuno-EM reveals a major fraction of CHGB at granule membranes in rat pancreatic β-cells. A cryo-EM structure of bCHGB dimer of a nominal 3.5 Å resolution delineates a central pore with end openings, physically sufficient for membrane-spanning and large single channel conductance. Together our data support that CHGB-containing (CHGB+) channels are characteristic of regulated secretion, and function in granule ion homeostasis near the plasma membrane or possibly in other intracellular processes.
履歴
登録2023年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2023年7月26日-
現状2023年7月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36579.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chromogranin B dimers purified from bovine pancreatic granules studied by single particle cryo-EM.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 216 pix.
= 233.28 Å		1.08 Å/pix.
x 216 pix.
= 233.28 Å		1.08 Å/pix.
x 216 pix.
= 233.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-2.224178 - 3.4532552
平均 (標準偏差)0.0022367241 (±0.09655509)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 233.28001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: first half map

ファイルemd_36579_half_map_1.map
注釈first half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 2nd half map

ファイルemd_36579_half_map_2.map
注釈2nd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : chromogranin B

全体名称: chromogranin B
要素
  • 細胞器官・細胞要素: chromogranin B

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超分子 #1: chromogranin B

超分子名称: chromogranin B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: bovine proteins purified from pancreatic secretory granules
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: pancreas
分子量理論値: 190 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio model from cisTEM and cryoSPARC, and a reference model from angular reconstitution of a negative stain dataset.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
詳細: CryoSPARC and relion were used for independent analyses to generate similar results.
使用した粒子像数: 70000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Initial assignment was based on the reference model.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Refinement was done in cryoSPARC and relion separately.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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