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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36488 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 (Composite map) | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / SIGNALING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chemokine production / CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway ...regulation of chemokine production / CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / cytoskeleton organization / Peptide ligand-binding receptors / neutrophil chemotaxis / G protein-coupled receptor activity / response to gamma radiation / recycling endosome / defense response / cellular response to type II interferon / intracellular calcium ion homeostasis / transmembrane signaling receptor activity / chemotaxis / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / signaling receptor activity / heparin binding / regulation of cell shape / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell migration / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signal transduction / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Banerjee R / Khanppnavar B / Maharana J / Saha S / Korkhov VM / Shukla AK | |||||||||||||||
資金援助 | インド, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of distinct chemokine engagement and functional divergence of the human Duffy antigen receptor 著者: Saha S / Khanppnavar B / Maharana J / Kim H / Carino CMC / Daly C / Houston S / Sharma S / Zaidi N / Dalal A / Mishra S / Ganguly M / Tiwari D / Kumari P / Jhingan GD / Yadav PN / Plouffe B / ...著者: Saha S / Khanppnavar B / Maharana J / Kim H / Carino CMC / Daly C / Houston S / Sharma S / Zaidi N / Dalal A / Mishra S / Ganguly M / Tiwari D / Kumari P / Jhingan GD / Yadav PN / Plouffe B / Inoue A / Chung KY / Banerjee R / Korkhov VM / Shukla AK | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36488.map.gz | 77.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36488-v30.xml emd-36488.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36488_fsc.xml | 9.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36488.png | 44.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36488.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_36488_half_map_1.map.gz emd_36488_half_map_2.map.gz | 77.5 MB 77.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36488 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36488 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36488_validation.pdf.gz | 765.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36488_full_validation.pdf.gz | 765.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36488_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36488_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36488 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36488 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jpsMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93889 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36488_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36488_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex wit...
全体 | 名称: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 |
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要素 |
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-超分子 #1: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex wit...
超分子 | 名称: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1
超分子 | 名称: Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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-超分子 #3: CCL7
超分子 | 名称: CCL7 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: Atypical chemokine receptor 1
分子 | 名称: Atypical chemokine receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.073523 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: EAAAPCHSCN LLDDSALPFF ILTSVLGILA SSTVLFMLFR PLFRWQLCPG WPVLAQLAVG SALFSIVVPV LAPGLGSTRS SALCSLGYC VWYGSAFAQA LLLGCHASLG HRLGAGQVPG LTLGLTVGIW GVAALLTLPV TLASGASGGL CTLIYSTELK A LQATHTVA ...文字列: EAAAPCHSCN LLDDSALPFF ILTSVLGILA SSTVLFMLFR PLFRWQLCPG WPVLAQLAVG SALFSIVVPV LAPGLGSTRS SALCSLGYC VWYGSAFAQA LLLGCHASLG HRLGAGQVPG LTLGLTVGIW GVAALLTLPV TLASGASGGL CTLIYSTELK A LQATHTVA CLAIFVLLPL GLFGAKGLKK ALGMGPGPWM NILWAWFIFW WPHGVVLGLD FLVRSKLLLL STCLAQQALD LL LNLAEAL AILHCVATPL LLALFCHQAT UniProtKB: Atypical chemokine receptor 1 |
-分子 #2: C-C motif chemokine 7
分子 | 名称: C-C motif chemokine 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.594902 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: STTCCYRFIN KKIPKQRLES YRRTTSSHCP REAVIFKTKL DKEICADPTQ KWVQDFMKHL DKK UniProtKB: C-C motif chemokine 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-8jps: |