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- EMDB-36466: FCP trimer in diatom Thalassiosira pseudonana -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36466
タイトルFCP trimer in diatom Thalassiosira pseudonana
マップデータ
試料
  • 複合体: FCP trimer
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
キーワードFCP trimer / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / plastid / chlorophyll binding / response to light stimulus / membrane
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Feng Y / Li Z / Zhou CC / Liu C / Shen JR / Wang W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: FCP trimer in diatom Thalassiosira pseudonana
著者: Feng Y / Li Z / Zhou CC / Wang W / Shen JR
履歴
登録2023年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36466.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.253
最小 - 最大-0.29004186 - 0.77496815
平均 (標準偏差)0.0020734544 (±0.021739319)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_36466_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36466_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36466_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FCP trimer

全体名称: FCP trimer
要素
  • 複合体: FCP trimer
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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超分子 #1: FCP trimer

超分子名称: FCP trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)

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分子 #1: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 19.652232 KDa
配列文字列:
AFEDELGAQA PLGFFDPFGM LSGDCTQERF DRLRYVEIKH GRIAQLAFLG QVVTRAGIHL PGSINYAGDS FDSFPNGVAA LFGPNSIPT AGLVQIISFI GILECAFMRD VPGTGNEHVG DFRNGYIDFG WDEFDEETKL SKRAIELNNG RAAMMGILGL M VHEEIIPL GYDADLPIIG HL

UniProtKB: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8

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分子 #2: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 21 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

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分子 #3: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 24 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

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分子 #4: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

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分子 #5: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

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分子 #6: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103596
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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