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- EMDB-36465: structure of human sodium-calciumexchanger NCX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36465
タイトルstructure of human sodium-calciumexchanger NCX1
マップデータ
試料
  • 複合体: Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/calcium exchanger 1
  • リガンド: 2-{4-[(2,5-difluorophenyl)methoxy]phenoxy}-5-ethoxyaniline
キーワードsodium/calcium exchanger / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


relaxation of smooth muscle / vascular associated smooth muscle contraction / calcium ion export / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium:sodium antiporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of the force of heart contraction / sodium ion export across plasma membrane / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / sodium ion import across plasma membrane ...relaxation of smooth muscle / vascular associated smooth muscle contraction / calcium ion export / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium:sodium antiporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of the force of heart contraction / sodium ion export across plasma membrane / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / calcium ion import / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / cardiac muscle cell development / calcium ion transport into cytosol / Sodium/Calcium exchangers / calcium ion transmembrane import into cytosol / relaxation of cardiac muscle / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Reduction of cytosolic Ca++ levels / ankyrin binding / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to caffeine / positive regulation of the force of heart contraction / intercalated disc / sodium ion transmembrane transport / calcium ion import across plasma membrane / regulation of cardiac conduction / calcium ion homeostasis / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / positive regulation of bone mineralization / monoatomic ion transport / cardiac muscle contraction / axon terminus / Ion homeostasis / T-tubule / cytoskeletal protein binding / response to muscle stretch / regulation of heart rate / muscle contraction / cell periphery / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / Z disc / cellular response to reactive oxygen species / intracellular calcium ion homeostasis / postsynapse / regulation of gene expression / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / calmodulin binding / axon / neuronal cell body / synapse / calcium ion binding / dendrite / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger membrane region / Sodium/calcium exchanger protein ...Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger membrane region / Sodium/calcium exchanger protein / CalX-like domain superfamily / DnaJ domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/calcium exchanger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Dong Y / Zhao Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37030304 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92157102 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: Structural insight into the allosteric inhibition of human sodium-calcium exchanger NCX1 by XIP and SEA0400.
著者: Yanli Dong / Zhuoya Yu / Yue Li / Bo Huang / Qinru Bai / Yiwei Gao / Qihao Chen / Na Li / Lingli He / Yan Zhao /
要旨: Sodium-calcium exchanger proteins influence calcium homeostasis in many cell types and participate in a wide range of physiological and pathological processes. Here, we elucidate the cryo-EM ...Sodium-calcium exchanger proteins influence calcium homeostasis in many cell types and participate in a wide range of physiological and pathological processes. Here, we elucidate the cryo-EM structure of the human Na/Ca exchanger NCX1.3 in the presence of a specific inhibitor, SEA0400. Conserved ion-coordinating residues are exposed on the cytoplasmic face of NCX1.3, indicating that the observed structure is stabilized in an inward-facing conformation. We show how regulatory calcium-binding domains (CBDs) assemble with the ion-translocation transmembrane domain (TMD). The exchanger-inhibitory peptide (XIP) is trapped within a groove between the TMD and CBD2 and predicted to clash with gating helices TMs at the outward-facing state, thus hindering conformational transition and promoting inactivation of the transporter. A bound SEA0400 molecule stiffens helix TM2ab and affects conformational rearrangements of TM2ab that are associated with the ion-exchange reaction, thus allosterically attenuating Ca-uptake activity of NCX1.3.
履歴
登録2023年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36465.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.3272879 - 1.9273971
平均 (標準偏差)-0.0008691204 (±0.038704865)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36465_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36465_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer

全体名称: Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer
要素
  • 複合体: Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/calcium exchanger 1
  • リガンド: 2-{4-[(2,5-difluorophenyl)methoxy]phenoxy}-5-ethoxyaniline

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超分子 #1: Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer

超分子名称: Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium/calcium exchanger 1

分子名称: Sodium/calcium exchanger 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.794266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYNMRRLSLS PTFSMGFHLL VTVSLLFSHV DHVIAETEME GEGNETGECT GSYYCKKGVI LPIWEPQDPS FGDKIARATV YFVAMVYMF LGVSIIADRF MSSIEVITSQ EKEITIKKPN GETTKTTVRI WNETVSNLTL MALGSSAPEI LLSVIEVCGH N FTAGDLGP ...文字列:
MYNMRRLSLS PTFSMGFHLL VTVSLLFSHV DHVIAETEME GEGNETGECT GSYYCKKGVI LPIWEPQDPS FGDKIARATV YFVAMVYMF LGVSIIADRF MSSIEVITSQ EKEITIKKPN GETTKTTVRI WNETVSNLTL MALGSSAPEI LLSVIEVCGH N FTAGDLGP STIVGSAAFN MFIIIALCVY VVPDGETRKI KHLRVFFVTA AWSIFAYTWL YIILSVISPG VVEVWEGLLT FF FFPICVV FAWVADRRLL FYKYVYKRYR AGKQRGMIIE HEGDRPSSKT EIEMDGKVVN SHVENFLDGA LVLEVDERDQ DDE EARREM ARILKELKQK HPDKEIEQLI ELANYQVLSQ QQKSRAFYRI QATRLMTGAG NILKRHAADQ ARKAVSMHEV NTEV TENDP VSKIFFEQGT YQCLENCGTV ALTIIRRGGD LTNTVFVDFR TEDGTANAGS DYEFTEGTVV FKPGDTQKEI RVGII DDDI FEEDENFLVH LSNVKVSSEA SEDGILEANH VSTLACLGSP STATVTIFDD DHAGIFTFEE PVTHVSESIG IMEVKV LRT SGARGNVIVP YKTIEGTARG GGEDFEDTCG ELEFQNDEIV KIITIRIFDR EEYEKECSFS LVLEEPKWIR RGMKGGF TI TDEYDDKQPL TSKEEEERRI AEMGRPILGE HTKLEVIIEE SYEFKSTVDK LIKKTNLALV VGTNSWREQF IEAITVSA G EDDDDDECGE EKLPSCFDYV MHFLTVFWKV LFAFVPPTEY WNGWACFIVS ILMIGLLTAF IGDLASHFGC TIGLKDSVT AVVFVALGTS VPDTFASKVA ATQDQYADAS IGNVTGSNAV NVFLGIGVAW SIAAIYHAAN GEQFKVSPGT LAFSVTLFTI FAFINVGVL LYRRRPEIGG ELGGPRTAKL LTSCLFVLLW LLYIFFSSLE AYCHIKGF

UniProtKB: Sodium/calcium exchanger 1

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分子 #2: 2-{4-[(2,5-difluorophenyl)methoxy]phenoxy}-5-ethoxyaniline

分子名称: 2-{4-[(2,5-difluorophenyl)methoxy]phenoxy}-5-ethoxyaniline
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: EKY
分子量理論値: 371.377 Da
Chemical component information

ChemComp-EKY:
2-{4-[(2,5-difluorophenyl)methoxy]phenoxy}-5-ethoxyaniline / SEA-0400

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 22.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 12.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3v5s

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 177782
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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