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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36009 | |||||||||
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タイトル | transport T2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | transport T2 / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleic acid transmembrane transporter activity / AP-1 adaptor complex binding / RNA transmembrane transporter activity / AP-2 adaptor complex binding / RNA transport / type B pancreatic cell development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / type B pancreatic cell proliferation / RNA catabolic process / response to glucose ...nucleic acid transmembrane transporter activity / AP-1 adaptor complex binding / RNA transmembrane transporter activity / AP-2 adaptor complex binding / RNA transport / type B pancreatic cell development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / type B pancreatic cell proliferation / RNA catabolic process / response to glucose / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cell morphogenesis / double-stranded RNA binding / glucose homeostasis / lysosome / lysosomal membrane / DNA binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang DH / Zhang JT | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into double-stranded RNA recognition and transport by SID-1. 著者: Jiangtao Zhang / Chunhua Zhan / Junping Fan / Dian Wu / Ruixue Zhang / Di Wu / Xinyao Chen / Ying Lu / Ming Li / Min Lin / Jianke Gong / Daohua Jiang / 要旨: RNA uptake by cells is critical for RNA-mediated gene interference (RNAi) and RNA-based therapeutics. In Caenorhabditis elegans, RNAi is systemic as a result of SID-1-mediated double-stranded RNA ...RNA uptake by cells is critical for RNA-mediated gene interference (RNAi) and RNA-based therapeutics. In Caenorhabditis elegans, RNAi is systemic as a result of SID-1-mediated double-stranded RNA (dsRNA) across cells. Despite the functional importance, the underlying mechanisms of dsRNA internalization by SID-1 remain elusive. Here we describe cryogenic electron microscopy structures of SID-1, SID-1-dsRNA complex and human SID-1 homologs SIDT1 and SIDT2, elucidating the structural basis of dsRNA recognition and import by SID-1. The homodimeric SID-1 homologs share conserved architecture, but only SID-1 possesses the molecular determinants within its extracellular domains for distinguishing dsRNA from single-stranded RNA and DNA. We show that the removal of the long intracellular loop between transmembrane helix 1 and 2 attenuates dsRNA uptake and systemic RNAi in vivo, suggesting a possible endocytic mechanism of SID-1-mediated dsRNA internalization. Our study provides mechanistic insights into dsRNA internalization by SID-1, which may facilitate the development of dsRNA applications based on SID-1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36009.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36009-v30.xml emd-36009.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36009.png | 171.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36009.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_36009_half_map_1.map.gz emd_36009_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36009 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36009 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36009_validation.pdf.gz | 823.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36009_full_validation.pdf.gz | 822.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36009_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36009_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36009 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36009 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36009_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36009_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T2
全体 | 名称: T2 |
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要素 |
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-超分子 #1: T2
超分子 | 名称: T2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Green fluorescent protein (Fragment),SID1 transmembrane family me...
分子 | 名称: Green fluorescent protein (Fragment),SID1 transmembrane family member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 124.883797 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKSK GEELFTGVVP ILVELDGDVN GHKFSVRGEG EGDATNGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKRHD FFKSAMPEGY VQERTISFKD DGTYKTRAEV K FEGDTLVN ...文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKSK GEELFTGVVP ILVELDGDVN GHKFSVRGEG EGDATNGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKRHD FFKSAMPEGY VQERTISFKD DGTYKTRAEV K FEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNFNSHNVY ITADKQKNGI KANFKIRHNV EDGSVQLADH YQQNTPIGDG PV LLPDNHY LSTQSVLSKD PNEKRDHMVL LEFVTAAGIT HGMDELEVLF QGPHLGVLGP KNVSQKDAEF ERTYVDEVNS ELV NIYTFN HTVTRNRTEG VRVSVNVLNK QKGAPLLFVV RQKEAVVSFQ VPLILRGMFQ RKYLYQKVER TLCQPPTKNE SEIQ FFYVD VSTLSPVNTT YQLRVSRMDD FVLRTGEQFS FNTTAAQPQY FKYEFPEGVD SVIVKVTSNK AFPCSVISIQ DVLCP VYDL DNNVAFIGMY QTMTKKAAIT VQRKDFPSNS FYVVVVVKTE DQACGGSLPF YPFAEDEPVD QGHRQKTLSV LVSQAV TSE AYVSGMLFCL GIFLSFYLLT VLLACWENWR QKKKTLLVAI DRACPESGHP RVLADSFPGS SPYEGYNYGS FENVSGS TD GLVDSAGTGD LSYGYQGRSF EPVGTRPRVD SMSSVEEDDY DTLTDIDSDK NVIRTKQYLY VADLARKDKR VLRKKYQI Y FWNIATIAVF YALPVVQLVI TYQTVVNVTG NQDICYYNFL CAHPLGNLSA FNNILSNLGY ILLGLLFLLI ILQREINHN RALLRNDLCA LECGIPKHFG LFYAMGTALM MEGLLSACYH VCPNYTNFQF DTSFMYMIAG LCMLKLYQKR HPDINASAYS AYACLAIVI FFSVLGVVFG KGNTAFWIVF SIIHIIATLL LSTQLYYMGR WKLDSGIFRR ILHVLYTDCI RQCSGPLYVD R MVLLVMGN VINWSLAAYG LIMRPNDFAS YLLAIGICNL LLYFAFYIIM KLRSGERIKL IPLLCIVCTS VVWGFALFFF FQ GLSTWQK TPAESREHNR DCILLDFFDD HDIWHFLSSI AMFGSFLVLL TLDDDLDTVQ RDKIYVF UniProtKB: Green fluorescent protein, SID1 transmembrane family member 2 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104974 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |