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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of HerA-Sir2 complex from Escherichia coli Nezha system | |||||||||
![]() | mrc-map | |||||||||
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![]() | defense system HerA Sir2 / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | Helicase HerA, central domain / Helicase HerA, central domain / SIR2-like domain / SIR2-like domain / hydrolase activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / SIR2-like domain-containing protein / Nucleoside triphosphate hydrolase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
![]() | Chen Q / Yu Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Multiple enzymatic activities of a Sir2-HerA system cooperate for anti-phage defense. 著者: Dongmei Tang / Yijun Chen / Hao Chen / Tingting Jia / Qiang Chen / Yamei Yu / ![]() 要旨: In response to the persistent exposure to phage infection, bacteria have evolved diverse antiviral defense mechanisms. In this study, we report a bacterial two-component defense system consisting of ...In response to the persistent exposure to phage infection, bacteria have evolved diverse antiviral defense mechanisms. In this study, we report a bacterial two-component defense system consisting of a Sir2 NADase and a HerA helicase. Cryo-electron microscopy reveals that Sir2 and HerA assemble into a ∼1 MDa supramolecular octadecamer. Unexpectedly, this complex exhibits various enzymatic activities, including ATPase, NADase, helicase, and nuclease, which work together in a sophisticated manner to fulfill the antiphage function. Therefore, we name this defense system "Nezha" after a divine warrior in Chinese mythology who employs multiple weapons to defeat enemies. Our findings demonstrate that Nezha could sense phage infections, self-activate to arrest cell growth, eliminate phage genomes, and subsequently deactivate to allow for cell recovery. Collectively, Nezha represents a paradigm of sophisticated and multifaceted strategies bacteria use to defend against viral infections. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 118.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 193 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8j4uMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | mrc-map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: mrc-map
ファイル | emd_35978_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | mrc-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-mapA
ファイル | emd_35978_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-mapA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HerA-Sir2
全体 | 名称: HerA-Sir2 |
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要素 |
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-超分子 #1: HerA-Sir2
超分子 | 名称: HerA-Sir2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: SIR2-like domain-containing protein
分子 | 名称: SIR2-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.817664 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSIYQGGNKL NEDDFRSHVY SLCQLDNVGV LLGAGASVGC GGKTMKDVWK SFKQNYPELL GALIDKYLLV SQIDSDNNLV NVELLIDEA TKFLSVAKTR RCEDEEEEFR KILSSLYKEV TKAALLTGEQ FREKNQGKKD AFKYHKELIS KLISNRQPGQ S APAIFTTN ...文字列: MSIYQGGNKL NEDDFRSHVY SLCQLDNVGV LLGAGASVGC GGKTMKDVWK SFKQNYPELL GALIDKYLLV SQIDSDNNLV NVELLIDEA TKFLSVAKTR RCEDEEEEFR KILSSLYKEV TKAALLTGEQ FREKNQGKKD AFKYHKELIS KLISNRQPGQ S APAIFTTN YDLALEWAAE DLGIQLFNGF SGLHTRQFYP QNFDLAFRNV NAKGEARFGH YHAYLYKLHG SLTWYQNDSL TV NEVSASQ AYDEYINDII NKDDFYRGQH LIYPGANKYS HTIGFVYGEM FRRFGEFISK PQTALFINGF GFGDYHINRI ILG ALLNPS FHVVIYYPEL KEAITKVSKG GGSEAEKAIV TLKNMAFNQV TVVGGGSKAY FNSFVEHLPY PVLFPRDNIV DELV EAIAN LSKGEGNVPF UniProtKB: SIR2-like domain-containing protein |
-分子 #2: Nucleoside triphosphate hydrolase
分子 | 名称: Nucleoside triphosphate hydrolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 68.431992 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSLFKLTEIS AIGYVVGLEG ERIRINLHEG LQGRLASHRK GVSSVTQPGD LIGFDAGNIL VVARVTDMAF VEADKAHKAN VGTSDLADI PLRQIIAYAI GFVKRELNGY VFISEDWRLP ALGSSAVPLT SDFLNIIYSI DKEELPKAVE LGVDSRTKTV K IFASVDKL ...文字列: MSLFKLTEIS AIGYVVGLEG ERIRINLHEG LQGRLASHRK GVSSVTQPGD LIGFDAGNIL VVARVTDMAF VEADKAHKAN VGTSDLADI PLRQIIAYAI GFVKRELNGY VFISEDWRLP ALGSSAVPLT SDFLNIIYSI DKEELPKAVE LGVDSRTKTV K IFASVDKL LSRHLAVLGS TGYGKSNFNA LLTRKVSEKY PNSRIVIFDI NGEYAQAFTG IPNVKHTILG ESPNVDSLEK KQ QKGELYS EEYYCYKKIP YQALGFAGLI KLLRPSDKTQ LPALRNALSA INRTHFKSRN IYLEKDDGET FLLYDDCRDT NQS KLAEWL DLLRRRRLKR TNVWPPFKSL ATLVAEFGCV AADRSNGSKR DAFGFSNVLP LVKIIQQLAE DIRFKSIVNL NGGG ELADG GTHWDKAMSD EVDYFFGKEK GQENDWNVHI VNMKNLAQDH APMLLSALLE MFAEILFRRG QERSYPTVLL LEEAH HYLR DPYAEIDSQI KAYERLAKEG RKFKCSLIVS TQRPSELSPT VLAMCSNWFS LRLTNERDLQ ALRYAMESGN EQILKQ ISG LPRGDAVAFG SAFNLPVRIS INQARPGPKS SDAVFSEEWA NCTELRC UniProtKB: Nucleoside triphosphate hydrolase |
-分子 #3: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]ME...
分子 | 名称: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: AR6 |
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分子量 | 理論値: 559.316 Da |
-分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-AGS: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |