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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35901 | |||||||||
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タイトル | GK tetramer with adjacent hooks at reaction state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | L-proline biosynthesis / filamentous enzyme / PLANT PROTEIN (植物) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / pollen development / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / 原形質連絡 / 葉緑体 ...グルタミン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / pollen development / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / 原形質連絡 / 葉緑体 / リン酸化 / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang T / Guo CJ / Liu JL | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024 タイトル: Dynamic Arabidopsis P5CS filament facilitates substrate channelling. 著者: Chen-Jun Guo / Tianyi Zhang / Qingqing Leng / Xian Zhou / Jiale Zhong / Ji-Long Liu / 要旨: In plants, the rapid accumulation of proline is a common response to combat abiotic stress. Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase (P5CS) is a rate-limiting enzyme in proline synthesis, catalysing ...In plants, the rapid accumulation of proline is a common response to combat abiotic stress. Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase (P5CS) is a rate-limiting enzyme in proline synthesis, catalysing the initial two-step conversion from glutamate to proline. Here we determine the first structure of plant P5CS. Our results show that Arabidopsis thaliana P5CS1 (AtP5CS1) and P5CS2 (AtP5CS2) can form enzymatic filaments in a substrate-sensitive manner. The destruction of AtP5CS filaments by mutagenesis leads to a significant reduction in enzymatic activity. Furthermore, separate activity tests on two domains reveal that filament-based substrate channelling is essential for maintaining the high catalytic efficiency of AtP5CS. Our study demonstrates the unique mechanism for the efficient catalysis of AtP5CS, shedding light on the intricate mechanisms underlying plant proline metabolism and stress response. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35901.map.gz | 40.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35901-v30.xml emd-35901.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35901_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35901.png | 67 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35901.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_35901_half_map_1.map.gz emd_35901_half_map_2.map.gz | 40.7 MB 40.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35901 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35901 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8j0fMC 8y2hC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35901_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35901_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Arabidopsis thaliana P5CSB incubated with all substrates.
全体 | 名称: Arabidopsis thaliana P5CSB incubated with all substrates. |
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要素 |
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-超分子 #1: Arabidopsis thaliana P5CSB incubated with all substrates.
超分子 | 名称: Arabidopsis thaliana P5CSB incubated with all substrates. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 78.9 kDa/nm |
-分子 #1: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
分子 | 名称: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamate 5-kinase |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 78.97732 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTEIDRSRAF AKDVKRIVVK VGTAVVTGKG GRLALGRLGA ICEQLAELNS DGFEVILVSS GAVGLGRQRL RYRQLVNSSF ADLQKPQME LDGKACAGVG QSSLMAYYET MFDQLDVTVA QMLVTDSSFR DKDFRKQLSE TVKAMLRMRV IPVFNENDAI S TRRAPYKD ...文字列: MTEIDRSRAF AKDVKRIVVK VGTAVVTGKG GRLALGRLGA ICEQLAELNS DGFEVILVSS GAVGLGRQRL RYRQLVNSSF ADLQKPQME LDGKACAGVG QSSLMAYYET MFDQLDVTVA QMLVTDSSFR DKDFRKQLSE TVKAMLRMRV IPVFNENDAI S TRRAPYKD STGIFWDNDS LAALLSLELK ADLLILLSDV EGLYTGPPSD STSKLIHTFI KEKHQDEITF GEKSKLGRGG MT AKVKAAV NAAYGGVPVI ITSGYAAENI SKVLRGLRVG TLFHQDAHLW APVVDTTSRD MAVAARESSR KLQALSSEDR KQI LHDIAN ALEVNEKTIK AENDLDVAAA QEAGYEESLV ARLVMKPGKI SSLAASVRQL AEMEDPIGRV LKKTQVADDL ILEK TSSPI GVLLIVFESR PDALVQIASL AIRSGNGLLL KGGKEARRSN AILHKVITDA IPETVGGKLI GLVTSREEIP DLLKL DDVI DLVIPRGSNK LVSQIKNSTK IPVLGHADGI CHVYVDKSGK LDMAKRIVSD AKLDYPAACN AMETLLVHKD LEQNGF LDD LIYVLQTKGV TLYGGPRASA KLNIPETKSF HHEYSSKACT VEIVEDVYGA IDHIHQHGSA HTDCIVTEDS EVAEIFL RQ VDSAAVFHNA STRFSDGFRF GLGAEVGIST SRIHARGPVG VEGLLTTRWI MRGKGQVVDG DNGIVYTHKD LPVLQRTE A VENGI UniProtKB: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE
分子 | 名称: GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: RGP |
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分子量 | 理論値: 227.109 Da |
Chemical component information | ChemComp-RGP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |