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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3584 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human Separase-Securin complex at medium resolution | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of the human Separase-Securin complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Boland A / Martin TG / Zhang Z / Yang J / Bai XC / Chang L / Scheres SHW / Barford D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of a metazoan separase-securin complex at near-atomic resolution. 著者: Andreas Boland / Thomas G Martin / Ziguo Zhang / Jing Yang / Xiao-Chen Bai / Leifu Chang / Sjors H W Scheres / David Barford / 要旨: Separase is a caspase-family protease that initiates chromatid segregation by cleaving the kleisin subunits (Scc1 and Rec8) of cohesin, and regulates centrosome duplication and mitotic spindle ...Separase is a caspase-family protease that initiates chromatid segregation by cleaving the kleisin subunits (Scc1 and Rec8) of cohesin, and regulates centrosome duplication and mitotic spindle function through cleavage of kendrin and Slk19. To understand the mechanisms of securin regulation of separase, we used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a near-atomic-resolution structure of the Caenorhabditis elegans separase-securin complex. Separase adopts a triangular-shaped bilobal architecture comprising an N-terminal tetratricopeptide repeat (TPR)-like α-solenoid domain docked onto the conserved C-terminal protease domain. Securin engages separase in an extended antiparallel conformation, interacting with both lobes. It inhibits separase by interacting with the catalytic site through a pseudosubstrate mechanism, thus revealing that in the inhibited separase-securin complex, the catalytic site adopts a conformation compatible with substrate binding. Securin is protected from cleavage because an aliphatic side chain at the P1 position represses protease activity by disrupting the organization of catalytic site residues. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3584.map.gz | 40.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3584-v30.xml emd-3584.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3584.png | 36.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3584 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3584 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3584_validation.pdf.gz | 218.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3584_full_validation.pdf.gz | 217.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3584_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3584 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3584 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of the human Separase-Securin complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Homo sapiens Separase-Securin complex
全体 | 名称: Homo sapiens Separase-Securin complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Homo sapiens Separase-Securin complex
超分子 | 名称: Homo sapiens Separase-Securin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: H. sapiens Separase-Securin complex at medium resolution refined with Relion. Sample exhibits strong preferred orientation of particles. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 255 KDa |
-分子 #1: Separase-Securin complex
分子 | 名称: Separase-Securin complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MRSFKRVNFG TLLSSQKEAE ELLPALKEFL SNPPAGFPSS RSDAERRQAC DAILRACNQQ LTAKLACPR HLGSLLELAE LACDGYLVST PQRPPLYLER ILFVLLRNAA AQGSPEATLR L AQPLHACL VQCSREAAPQ DYEAVARGSF SLLWKGAEAL LERRAAFAAR ...文字列: MRSFKRVNFG TLLSSQKEAE ELLPALKEFL SNPPAGFPSS RSDAERRQAC DAILRACNQQ LTAKLACPR HLGSLLELAE LACDGYLVST PQRPPLYLER ILFVLLRNAA AQGSPEATLR L AQPLHACL VQCSREAAPQ DYEAVARGSF SLLWKGAEAL LERRAAFAAR LKALSFLVLL ED ESTPCEV PHFASPTACR AVAAHQLFDA SGHGLNEADA DFLDDLLSRH VIRALVGERG SSS GLLSPQ RALCLLELTL EHCRRFCWSR HHDKAISAVE KAHSYLRNTN LAPSLQLCQL GVKL LQVGE EGPQAVAKLL IKASAVLSKS MEAPSPPLRA LYESCQFFLS GLERGTKRRY RLDAI LSLF AFLGGYCSLL QQLRDDGVYG GSSKQQQSFL QMYFQGLHLY TVVVYDFAQG CQIVDL ADL TQLVDSCKST VVWMLEALEG LSGQELTDHM GMTASYTSNL AYSFYSHKLY AEACAIS EP LCQHLGLVKP GTYPEVPPEK LHRCFRLQVE SLKKLGKQAQ GCKMVILWLA ALQPCSPE H MAEPVTFWVR VKMDAARAGD KELQLKTLRD SLSGWDPETL ALLLREELQA YKAVRADTG QERFNIICDL LELSPEETPA GAWARATHLV ELAQVLCYHD FTQQTNCSAL DAIREALQLL DSVRPEAQA RDQLLDDKAQ ALLWLYICTL EAKMQEGIER DRRAQAPGNL EEFEVNDLNY E DKLQEDRF LYSNIAFNLA ADAAQSKCLD QALALWKELL TKGQAPAVRC LQQTAASLQI LA ALYQLVA KPMQALEVLL LLRIVSERLK DHSKAAGSSC HITQLLLTLG CPSYAQLHLE EAA SSLKHL DQTTDTYLLL SLTCDLLRSQ LYWTHQKVTK GVSLLLSVLR DPALQKSSKA WYLL RVQVL QLVAAYLSLP SNNLSHSLWE QLCAQGWQTP EIALIDSHKL LRSIILLLMG SDILS TQKA AVETSFLDYG ENLVQKWQVL SEVLSCSEKL VCHLGRLGSV SEAKAFCLEA LKLTTK LQI PRQCALFLVL KGELELARND IDLCQSDLQQ VLFLLESCTE FGGVTQHLDS VKKVHLQ KG KQQAQVPCPP QLPEEELFLR GPALELVATV AKEPGPIAPS TNSSPVLKTK PQPIPNFL S HSPTCDCSLC ASPVLTAVCL RWVLVTAGVR LAMGHQAQGL DLLQVVLKGC PEAAERLTQ ALQASLNHKT PPSLVPSLLD EILAQAYTLL ALEGLNQPSN ESLQKVLQSG LKFVAARIPH LEPWRASLL LIWALTKLGG LSCCTTQLFA SSWGWQPPLI KSVPGSEPSK TQGQKRSGRG R QKLASAPL RLNNTSQKGL EGRGLPCTPK PPDRIRQAGP HVPFTVFEEV CPTESKPEVP QA PRVQQRV QTRLKVNFSD DSDLEDPVSA EAWLAEEPKR RGTASRGRGR ARKGLSLKTD AVV APGSAP GNPGLNGRSR RAKKVASRHC EERRPQRASD QARPGPEIMR TIPEEELTDN WRKM SFEIL RGSDGEDSAS GGKTPAPGPE AASGEWELLR LDSSKKKLPS PCPDKESDKD LGPRL RLPS APVATGLSTL DSICDSLSVA FRGISHCPPS GLYAHLCRFL ALCLGHRDPY ATAFLV TES VSITCRHQLL THLHRQLSKA QKHRGSLEIA DQLQGLSLQE MPGDVPLARI QRLFSFR AL ESGHFPQPEK ESFQERLALI PSGVTVCVLA LATLQPGTVG NTLLLTRLEK DSPPVSVQ I PTGQNKLHLR SVLNEFDAIQ KAQKENSSCT DKREWWTGRL ALDHRMEVLI ASLEKSVLG CWKGLLLPSS EEPGPAQEAS RLQELLQDCG WKYPDRTLLK IMLSGAGALT PQDIQALAYG LCPTQPERA QELLNEAVGR LQGLTVPSNS HLVLVLDKDL QKLPWESMPS LQALPVTRLP S FRFLLSYS IIKEYGASPV LSQGVDPRST FYVLNPHNNL SSTEEQFRAN FSSEAGWRGV VG EVPRPEQ VQEALTKHDL YIYAGHGAGA RFLDGQAVLR LSCRAVALLF GCSSAALAVR GNL EGAGIV LKYIMAGCPL FLGNLWDVTD RDIDRYTEAL LQGWLGAGPG APLLYYVNQA RQAP RLKYL IGAAPIAYGL PVSLR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: Glow discharging was performed before applying graphene oxide solution onto the grid. Grid was washed three times, dried and sample was applied. For detailed information see: https://figshare. ...詳細: Glow discharging was performed before applying graphene oxide solution onto the grid. Grid was washed three times, dried and sample was applied. For detailed information see: https://figshare.com/articles/Graphene_Oxide_Grid_Preparation/3178669 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 詳細: Custom Manual Plunger. |
詳細 | Monodisperse sample |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: -20 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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