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万見
- EMDB-35824: Tail tip conformation 1 of phage lambda tail -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35824
タイトルTail tip conformation 1 of phage lambda tail
マップデータ
試料
  • 複合体: Tail tip conformation 1 of phage lambda tail
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tip protein M
    • タンパク質・ペプチド: Tip attachment protein J
    • タンパク質・ペプチド: Tail tip protein L
    • タンパク質・ペプチド: Tape measure protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tip assembly protein I
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードBacteriophage / caudovirales / siphoviridae / tail complex / delivery device / macromolecular assembly / phage lambda / cryo-EM / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage tail tape measure, C-terminal / Bacteriophage tail tape measure, N-terminal / Tape measure protein / Prophage tail length tape measure protein / Lambda phage tail tape-measure protein (Tape_meas_lam_C) / Bacteriophage lambda, Tail tip protein L / Bacteriophage lambda, Tail tip protein M / Bacteriophage lambda tail assembly I / Phage minor tail protein L / Phage minor tail protein ...Bacteriophage tail tape measure, C-terminal / Bacteriophage tail tape measure, N-terminal / Tape measure protein / Prophage tail length tape measure protein / Lambda phage tail tape-measure protein (Tape_meas_lam_C) / Bacteriophage lambda, Tail tip protein L / Bacteriophage lambda, Tail tip protein M / Bacteriophage lambda tail assembly I / Phage minor tail protein L / Phage minor tail protein / Bacteriophage lambda tail assembly protein I / Domain of unknown function DUF1983 / Domain of unknown function DUF3672 / : / Domain of unknown function (DUF1983) / Fibronectin type III protein / Lambda phage tail tube protein / Lambda phage tail tube protein, TTP / Tip attachment protein J / Putative phage tail protein / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Beta-grasp domain superfamily / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail tip assembly protein I / Tail tube protein / Tape measure protein / Tail tip protein M / Tail tip protein L / Tip attachment protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage Lambda (λファージ) / Escherichia phage lambda (λファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Wang JW / Wang C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171190 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Architecture of the bacteriophage lambda tail.
著者: Chang Wang / Jinsong Duan / Zhiwei Gu / Xiaofei Ge / Jianwei Zeng / Jiawei Wang /
要旨: Bacteriophage lambda has a double-stranded DNA genome and a long, flexible, non-contractile tail encoded by a contiguous block of 11 genes downstream of the head genes. The tail allows host ...Bacteriophage lambda has a double-stranded DNA genome and a long, flexible, non-contractile tail encoded by a contiguous block of 11 genes downstream of the head genes. The tail allows host recognition and delivery of viral DNA from the head shell to the cytoplasm of the infected cell. Here, we present a high-resolution structure of the tail complex of bacteriophage lambda determined by cryoelectron microscopy. Most component proteins of the lambda tail were determined at the atomic scale. The structure sheds light on the molecular organization of the extensively studied tail of bacteriophage lambda.
履歴
登録2023年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35824.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35824.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 480 pix.
= 515.616 Å		1.07 Å/pix.
x 480 pix.
= 515.616 Å		1.07 Å/pix.
x 480 pix.
= 515.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.7934105 - 4.0864205
平均 (標準偏差)-0.0005518024 (±0.09025455)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 515.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half 2 map

ファイルemd_35824_half_map_1.map
注釈half 2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 1 map

ファイルemd_35824_half_map_2.map
注釈half 1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tail tip conformation 1 of phage lambda tail

全体名称: Tail tip conformation 1 of phage lambda tail
要素
  • 複合体: Tail tip conformation 1 of phage lambda tail
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tip protein M
    • タンパク質・ペプチド: Tip attachment protein J
    • タンパク質・ペプチド: Tail tip protein L
    • タンパク質・ペプチド: Tape measure protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tip assembly protein I
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Tail tip conformation 1 of phage lambda tail

超分子名称: Tail tip conformation 1 of phage lambda tail / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)

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分子 #1: Tail tube protein

分子名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage lambda (λファージ)
分子量理論値: 25.831779 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPVPNPTMPV KGAGTTLWVY KGSGDPYANP LSDVDWSRLA KVKDLTPGEL TAESYDDSYL DDEDADWTAT GQGQKSAGDT SFTLAWMPG EQGQQALLAW FNEGDTRAYK IRFPNGTVDV FRGWVSSIGK AVTAKEVITR TVKVTNVGRP SMAEDRSTVT A ATGMTVTP ...文字列:
MPVPNPTMPV KGAGTTLWVY KGSGDPYANP LSDVDWSRLA KVKDLTPGEL TAESYDDSYL DDEDADWTAT GQGQKSAGDT SFTLAWMPG EQGQQALLAW FNEGDTRAYK IRFPNGTVDV FRGWVSSIGK AVTAKEVITR TVKVTNVGRP SMAEDRSTVT A ATGMTVTP ASTSVVKGQS TTLTVAFQPE GVTDKSFRAV SADKTKATVS VSGMTITVNG VAAGKVNIPV VSGNGEFAAV AE ITVTAS

UniProtKB: Tail tube protein

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分子 #2: Tail tip protein M

分子名称: Tail tip protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage lambda (λファージ)
分子量理論値: 12.547373 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKTFRWKVKP GMDVASVPSV RKVRFGDGYS QRAPAGLNAN LKTYSVTLSV PREEATVLES FLEEHGGWKS FLWTPPYEWR QIKVTCAKW SSRVSMLRVE FSAEFEQVVN

UniProtKB: Tail tip protein M

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分子 #3: Tip attachment protein J

分子名称: Tip attachment protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage lambda (λファージ)
分子量理論値: 124.550625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGKGSSKGHT PREAKDNLKS TQLLSVIDAI SEGPIEGPVD GLKSVLLNST PVLDTEGNTN ISGVTVVFRA GEQEQTPPEG FESSGSETV LGTEVKYDTP ITRTITSANI DRLRFTFGVQ ALVETTSKGD RNPSEVRLLV QIQRNGGWVT EKDITIKGKT T SQYLASVV ...文字列:
MGKGSSKGHT PREAKDNLKS TQLLSVIDAI SEGPIEGPVD GLKSVLLNST PVLDTEGNTN ISGVTVVFRA GEQEQTPPEG FESSGSETV LGTEVKYDTP ITRTITSANI DRLRFTFGVQ ALVETTSKGD RNPSEVRLLV QIQRNGGWVT EKDITIKGKT T SQYLASVV MGNLPPRPFN IRMRRMTPDS TTDQLQNKTL WSSYTEIIDV KQCYPNTALV GVQVDSEQFG SQQVSRNYHL RG RILQVPS NYNPQTRQYS GIWDGTFKPA YSNNMAWCLW DMLTHPRYGM GKRLGAADVD KWALYVIGQY CDQSVPDGFG GTE PRITCN AYLTTQRKAW DVLSDFCSAM RCMPVWNGQT LTFVQDRPSD KTWTYNRSNV VMPDDGAPFR YSFSALKDRH NAVE VNWID PNNGWETATE LVEDTQAIAR YGRNVTKMDA FGCTSRGQAH RAGLWLIKTE LLETQTVDFS VGAEGLRHVP GDVIE ICDD DYAGISTGGR VLAVNSQTRT LTLDREITLP SSGTALISLV DGSGNPVSVE VQSVTDGVKV KVSRVPDGVA EYSVWE LKL PTLRQRLFRC VSIRENDDGT YAITAVQHVP EKEAIVDNGA HFDGEQSGTV NGVTPPAVQH LTAEVTADSG EYQVLAR WD TPKVVKGVSF LLRLTVTADD GSERLVSTAR TTETTYRFTQ LALGNYRLTV RAVNAWGQQG DPASVSFRIA APAAPSRI E LTPGYFQITA TPHLAVYDPT VQFEFWFSEK QIADIRQVET STRYLGTALY WIAASINIKP GHDYYFYIRS VNTVGKSAF VEAVGRASDD AEGYLDFFKG KITESHLGKE LLEKVELTED NASRLEEFSK EWKDASDKWN AMWAVKIEQT KDGKHYVAGI GLSMEDTEE GKLSQFLVAA NRIAFIDPAN GNETPMFVAQ GNQIFMNDVF LKRLTAPTIT SGGNPPAFSL TPDGKLTAKN A DISGSVNA NSGTLSNVTI AENCTINGTL RAEKIVGDIV KAASAAFPRQ RESSVDWPSG TRTVTVTDDH PFDRQIVVLP LT FRGSKRT VSGRTTYSMC YLKVLMNGAV IYDGAANEAV QVFSRIVDMP AGRGNVILTF TLTSTRHSAD IPPYTFASDV QVM VIKKQA LGISVV

UniProtKB: Tip attachment protein J

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分子 #4: Tail tip protein L

分子名称: Tail tip protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage lambda (λファージ)
分子量理論値: 25.730578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQDIRQETLN ECTRAEQSAS VVLWEIDLTE VGGERYFFCN EQNEKGEPVT WQGRQYQPYP IQGSGFELNG KGTSTRPTLT VSNLYGMVT GMAEDMQSLV GGTVVRRKVY ARFLDAVNFV NGNSYADPEQ EVISRWRIEQ CSELSAVSAS FVLSTPTETD G AVFPGRIM ...文字列:
MQDIRQETLN ECTRAEQSAS VVLWEIDLTE VGGERYFFCN EQNEKGEPVT WQGRQYQPYP IQGSGFELNG KGTSTRPTLT VSNLYGMVT GMAEDMQSLV GGTVVRRKVY ARFLDAVNFV NGNSYADPEQ EVISRWRIEQ CSELSAVSAS FVLSTPTETD G AVFPGRIM LANTCTWTYR GDECGYSGPA VADEYDQPTS DITKDKCSKC LSGCKFRNNV GNFGGFLSIN KLSQ

UniProtKB: Tail tip protein L

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分子 #5: Tape measure protein

分子名称: Tape measure protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage lambda (λファージ)
分子量理論値: 92.39343 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEPVGDLVV DLSLDAARFD EQMARVRRHF SGTESDAKKT AAVVEQSLSR QALAAQKAGI SVGQYKAAMR MLPAQFTDVA TQLAGGQSP WLILLQQGGQ VKDSFGGMIP MFRGLAGAIT LPMVGATSLA VATGALAYAW YQGNSTLSDF NKTLVLSGNQ A GLTADRML ...文字列:
MAEPVGDLVV DLSLDAARFD EQMARVRRHF SGTESDAKKT AAVVEQSLSR QALAAQKAGI SVGQYKAAMR MLPAQFTDVA TQLAGGQSP WLILLQQGGQ VKDSFGGMIP MFRGLAGAIT LPMVGATSLA VATGALAYAW YQGNSTLSDF NKTLVLSGNQ A GLTADRML VLSRAGQAAG LTFNQTSESL SALVKAGVSG EAQIASISQS VARFSSASGV EVDKVAEAFG KLTTDPTSGL TA MARQFHN VSAEQIAYVA QLQRSGDEAG ALQAANEAAT KGFDDQTRRL KENMGTLETW ADRTARAFKS MWDAVLDIGR PDT AQEMLI KAEAAYKKAD DIWNLRKDDY FVNDEARARY WDDREKARLA LEAARKKAEQ QTQQDKNAQQ QSDTEASRLK YTEE AQKAY ERLQTPLEKY TARQEELNKA LKDGKILQAD YNTLMAAAKK DYEATLKKPK QSSVKVSAGD RQEDSAHAAL LTLQA ELRT LEKHAGANEK ISQQRRDLWK AESQFAVLEE AAQRRQLSAQ EKSLLAHKDE TLEYKRQLAA LGDKVTYQER LNALAQ QAD KFAQQQRAKR AAIDAKSRGL TDRQAEREAT EQRLKEQYGD NPLALNNVMS EQKKTWAAED QLRGNWMAGL KSGWSEW EE SATDSMSQVK SAATQTFDGI AQNMAAMLTG SEQNWRSFTR SVLSMMTEIL LKQAMVGIVG SIGSAIGGAV GGGASASG G TAIQAAAAKF HFATGGFTGT GGKYEPAGIV HRGEFVFTKE ATSRIGVGNL YRLMRGYATG GYVGTPGSMA DSRSQASGT FEQNNHVVIN NDGTNGQIGP AALKAVYDMA RKGARDEIQT QMRDGGLFSG GGR

UniProtKB: Tape measure protein

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分子 #6: Tail tip assembly protein I

分子名称: Tail tip assembly protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage lambda (λファージ)
分子量理論値: 23.14659 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAATHTLPLA SPGMARICLY GDLQRFGRRI DLRVKTGAEA IRALATQLPA FRQKLSDGWY QVRIAGRDVS TSGLTAQLHE TLPDGAVIH IVPRVAGAKS GGVFQIVLGA AAIAGSFFTA GATLAAWGAA IGAGGMTGIL FSLGASMVLG GVAQMLAPKA R TPRIQTTD ...文字列:
MAATHTLPLA SPGMARICLY GDLQRFGRRI DLRVKTGAEA IRALATQLPA FRQKLSDGWY QVRIAGRDVS TSGLTAQLHE TLPDGAVIH IVPRVAGAKS GGVFQIVLGA AAIAGSFFTA GATLAAWGAA IGAGGMTGIL FSLGASMVLG GVAQMLAPKA R TPRIQTTD NGKQNTYFSS LDNMVAQGNV LPVLYGEMRV GSRVVSQEIS TADEGDGGQV VVIGR

UniProtKB: Tail tip assembly protein I

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分子 #7: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57290
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る