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万見
- EMDB-35759: Cryo-EM structure of mouse BIRC6, Global map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35759
タイトルCryo-EM structure of mouse BIRC6, Global map
マップデータAuthor stated: The map in this deposition is a global map in which the N-terminal section is relative floppy so that the atom inclusion of that section is very low. To address the bad atom inclusion, we have deposited the optimized local density map of the N-terminal section separately as EMD-35758.
試料
  • 複合体: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6, Dimer
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
キーワードInhibitor of apoptosis protein / BIRC6 / Smac / APOPTOSIS (アポトーシス)
機能・相同性
機能・相同性情報


spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / Flemming body / 微小管形成中心 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / placenta development / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase ...spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / Flemming body / 微小管形成中心 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / placenta development / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ゴルジ体 / 紡錘体 / ubiquitin-protein transferase activity / regulation of cell population proliferation / midbody / cell population proliferation / protein ubiquitination / エンドソーム / 細胞周期 / 細胞分裂 / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / 生体膜 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Liu S / Jiang T / Bu F / Zhao J / Wang G / Li N / Gao N / Qiu X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanisms underlying the BIRC6-mediated regulation of apoptosis and autophagy.
著者: Shuo-Shuo Liu / Tian-Xia Jiang / Fan Bu / Ji-Lan Zhao / Guang-Fei Wang / Guo-Heng Yang / Jie-Yan Kong / Yun-Fan Qie / Pei Wen / Li-Bin Fan / Ning-Ning Li / Ning Gao / Xiao-Bo Qiu /
要旨: Procaspase 9 is the initiator caspase for apoptosis, but how its levels and activities are maintained remains unclear. The gigantic Inhibitor-of-Apoptosis Protein BIRC6/BRUCE/Apollon inhibits both ...Procaspase 9 is the initiator caspase for apoptosis, but how its levels and activities are maintained remains unclear. The gigantic Inhibitor-of-Apoptosis Protein BIRC6/BRUCE/Apollon inhibits both apoptosis and autophagy by promoting ubiquitylation of proapoptotic factors and the key autophagic protein LC3, respectively. Here we show that BIRC6 forms an anti-parallel U-shaped dimer with multiple previously unannotated domains, including a ubiquitin-like domain, and the proapoptotic factor Smac/DIABLO binds BIRC6 in the central cavity. Notably, Smac outcompetes the effector caspase 3 and the pro-apoptotic protease HtrA2, but not procaspase 9, for binding BIRC6 in cells. BIRC6 also binds LC3 through its LC3-interacting region, probably following dimer disruption of this BIRC6 region. Mutation at LC3 ubiquitylation site promotes autophagy and autophagic degradation of BIRC6. Moreover, induction of autophagy promotes autophagic degradation of BIRC6 and caspase 9, but not of other effector caspases. These results are important to understand how the balance between apoptosis and autophagy is regulated under pathophysiological conditions.
履歴
登録2023年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35759.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35759.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Author stated: The map in this deposition is a global map in which the N-terminal section is relative floppy so that the atom inclusion of that section is very low. To address the bad atom inclusion, we have deposited the optimized local density map of the N-terminal section separately as EMD-35758.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.086137764 - 0.18044879
平均 (標準偏差)0.00032442654 (±0.0034550936)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 438.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35759_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35759_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35759_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Baculoviral IAP repeat-containing protein 6, Dimer

全体名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6, Dimer
要素
  • 複合体: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6, Dimer
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

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超分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6, Dimer

超分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6, Dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Isoform 2 of Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

分子名称: Isoform 2 of Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The plasmid used for BIRC6 protein expression in this deposition is originated from Dr. Stefan Jentsch lab, and the Birc6 sequence in that plasmid is available from GenBank under accession ...詳細: The plasmid used for BIRC6 protein expression in this deposition is originated from Dr. Stefan Jentsch lab, and the Birc6 sequence in that plasmid is available from GenBank under accession number GenBank: Y17267.1. No identical sequence could be identified in Uniprot. Here is the citation of the used Birc6 sequence: Hauser, H.P., et al., A giant ubiquitin-conjugating enzyme related to IAP apoptosis inhibitors. Journal of Cell Biology, 1998. 141(6): p. 1415-1422.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 535.020812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKRVVPLES TGLQELATME QKLISEEDLE FMAAAAAEAS GPSCSSAAAA AGAGAAGVSE WLVLRDGCM RCDADGLHSL SYHPALNAIL AVTSRGTIKV IDGTSGATLQ ASALSAKPGG QVKCQYISAV DKVIFVDDYA V GCRKDLNG ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKRVVPLES TGLQELATME QKLISEEDLE FMAAAAAEAS GPSCSSAAAA AGAGAAGVSE WLVLRDGCM RCDADGLHSL SYHPALNAIL AVTSRGTIKV IDGTSGATLQ ASALSAKPGG QVKCQYISAV DKVIFVDDYA V GCRKDLNG ILLLDTALQT PVSKQDDVVQ LELPVTEAQQ LLSACIEKID VSSTEGYDLF ITQLKDGLKN ISHETAANHK VA KWATVTF HLPHHVLKSI ASAIVNELKK INQNVAALPV ASSVMDRLSY LLPSARPELG VGPGRSVDRA LMYSEANRRE TFT SWPHVG YRWAQPDPMA QAGFYHQPAS SGDDRAMCFT CSVCLVCWEP TDEPWSEHER HSPNCPFVKG EHTQNVPLSV TLAT SPAQL PSADGADRIA CFGSGSCPQF LAAATKRGKI CIWDVSKLMK VHLKFEINAY DPAIVQQLIL SGDPSSGVDS RRPTL AWLE DSSSCSDIPK LEGDSDDLLE DSDSEEHSRS DSVTGHTSQK EAMEVSLDIT ALSILQQPEK LQWEIVANVL EDTVKD LEE LGANPSLTNS KSEKTKEKHQ EQHNIPFPCL LAGGLLTYKS PATSPISSNS HRSLDGLSRT QGESISEQGS TDNESCT NS ELNSPLVRRT LPVLLLYSIK ESDEKAGKIF SQMNNIMSKS LHDDGFTVPQ IIEMELDNQE QLLLQDPPVT YIQQFADA A ASLTSPDSEK WNSVFPKPGT LVQCLRLPKF AEEETLCIDS ITPCADGIHL LVGLRTCSVE SLSAINQVEA LNNLNKLNS ALCNRRKGDL ESNLAVVNGA NISVIQHESP ADVPEHLLIR PEQRNVVSGG YLVLYKMNYT TRIVTLEEEP VKIQHIKDPQ DTITSLILL PPDILDNRED DCEEPAEEMQ LASKNGIERE KKSDISTLGH LVVTTQGGYV KVLDLSNFEI LAKVEPPKKE G TEEQDTFV SVIYCSGTDR LCACTKGGEL HFLQIGGTCD DIDEADILVD GSLSKGIEPA LEGSRPLSNP SSPGISGVEL LV DQPFTLE ILTSLVELTR FETLTPRFSA TVPPCWVEVQ QEQQQRRHPQ HLHQQHHGDA AQHTRTWKLQ TDSNSWDEHV FEL VLPKAC MVGHVDFKFV LNSNITSVPQ IQVTLLKNKA PGLGKANALN IEVEHNGNPS LVDLNEEMHH MDVEESQCLR LCPF LEDHK EDILCGPVWL ASGLDLSGHA GMLTLTSPKL VKGMAGGKYR SFLIHVKAVS DRGAADEMCS SGLRPVVRLP SLKQQ GHKG YSLASLLAKV AAGKEKSSNV KNENAGGTRK SENLRGCDLL QEVSVTIRRF KKTSICKERV QRCAMLQFSE FHEKLL NTL CRRSDDGQVT EHAQSLVLDA LCWLAGVHSN GSGSSKEGNE CLLSKTRKCL SDIVRVCFFE AGRSIAHKCA RFLALCI SN GKCEPCQPGF GSVLLKALLD NMCFLPAAAT GGSVYWYFVL LNYVKDEDLA GCSTACAALL TAVSRQLQDR LTPLEALL Q TRYGLYSSPF DPVLFDLEMS GSSWKTVYSS STAVQSDEID LSDVLSGNGR VSSCTAAEGS FTSLTGLLEV EPLHFTCVS TSDGTRIERD DASTFTVSSF GVPPAVGGLS SGTVGEASTA LSSAAQVALQ SLSHAMASAE QQLQVLQEKQ QQLLKLQQQK AKLEAKLHQ TTAAAAAAAS AAAAAAAGPV HNAVPSNPVA APGFFIHPSD VIPPTPKTTP LFMTPPLTPP NEAVSVVINA E LAQLFPGS VIDPPAVNLA AQNKNSSKSR MNPLGSGLAL 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LMGW MGIIP PPVQCHHRLS MTDDSKKQDL SSSLTDDSKN AQAPLSLTES HLATLASSSQ SPEAIKQLLD SGLPSLLVRS LASFC FSHI SYSESIAQSV DNSQDKLRRH HVPQHCNKMP ITADLVAPIL RFLTEVGNSH IMKDWLGGSE VNPLWTALLF LLCHSG STA GGHNLGAQQS STRSASHSSA TTTVLTTQQR TAIENATVAF FLQCISCHPN NQKLMAQVLC ELFQTAPQRG SLPTSGN IS GFVRRLFLQL MLEDEKVTMF LQSPCPLYKG RINATSHVIQ HPMFGAGHKF RTLHLPVSTT LSDVLDRVSD TPSITAKL I SEQKDDKEKK NHEEKEKVKA ENGFQDNYSV VVASGLKSQS KRAVASTPPR PPSRRGRTVP DKIGSASSSA DAASKIITV PVFHLFHRLL AGQPLPAEMT LAQLLTLLYD RKLPQGYRSI DLTVKLGSKV ITDPSLSKTD SFKRLHPEKD HGDLVGSCPE DEALTPSDE CMDGVLDESL LETCPIQSPL QVFAGMGGLA LIAERLPMLY PEVIQQVSAP VIASTTQEKP KDSDQFEWVT I EQSGELVY EAPETIAAEP PPVKSAVQAT SPIPAHSLAA FGLFLRLPGY AEVLLKERKH AQCLLRLVLG VTDDGEGSHI LQ SPSANVL PTLPFHVLRS LFSATPLTTD DGVLLRRMAL EIGALHLILV CLSALSHHAP RVPNSSLSQT EPQVSNSHNP TSA EEQQLY WAKGTGFGTG STASGWDVEQ ALTKQRLEEE HVTCLLQVLA SYINPMSGAV NGEAQASPES RAQNSSALPS MLLE LLSQS CLIPAMSSYL RNDSVLDMAR HVPLYRALLE LLRAIASCTS MVPLLLPLST ENGEEEEDEQ SECQTSVGTL LAKMK TCVD TYTNRLRSKR ENVKAGVKPD APDQEPEGLA LLVPDIQRTA EIVHAATANL RQANQEKKLG EYSKKVVMKP KPLSVL KSL EEKYVAVMKK LQFDTFEMVS EDDDGKLGFK VNYHYMSQVK NANDANSAAR ARRLAQEAVT LSTSLPLSSS SSVFVRC DE ERLDIMKVLI TGPADTPYAN GCFEFDVYFP QDYPSSPPLV NLETTGGHSV RFNPNLYNDG KVCLSILNTW HGRPEEKW N PQTSSFLQVL VSVQSLILVA EPYFNEPGYE RSRGTPSGTQ SSREYDGNIR QATVKWAMLE QIRNPSPCFK EVIHKHFYL KRIELMAQCE EWIADIQQYS SDKRVGRTMS HHAAALKRHT AQLREELLKL PCPEGLDPDI EDASPVCRAT AGAEDTLTHD HVNPSSSKD LPSDFQL

UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 68.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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