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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | H7N9 HA-C4H4 Fab | |||||||||
![]() | The cryoEM structure of H7N9 HA-C4H4 Fab complex | |||||||||
![]() |
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![]() | H7N9 / HA / Neutralizing antibody / complex / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Zhao BB / Sun ZZ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: H7N9 HA-C4H4 Fab 著者: Zhao BB / Sun ZZ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 230 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 52.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 226.8 MB 226.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 926.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 925.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iv0MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryoEM structure of H7N9 HA-C4H4 Fab complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.076 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: The half A map of H7N9 HA-C4H4 Fab complex
ファイル | emd_35735_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The half A map of H7N9 HA-C4H4 Fab complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The half B map of H7N9 HA-C4H4 Fab complex
ファイル | emd_35735_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The half B map of H7N9 HA-C4H4 Fab complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : The complex of H7N9 HA-1H9 Fab
全体 | 名称: The complex of H7N9 HA-1H9 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: The complex of H7N9 HA-1H9 Fab
超分子 | 名称: The complex of H7N9 HA-1H9 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 54.963367 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNTPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KESMGFTYNG IRTNGVTSAC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRESPAI ...文字列: DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNTPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KESMGFTYNG IRTNGVTSAC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRESPAI IVWGIHHSVS TAEQTKLYGS GNKLVTVGSS NYQQSFVPSP GARPQVNGLS GRIDFHWLIL NPNDTVTFSF NG AFIAPDR ASFLRGKSMG IQSGVQVDAN CEGDCYHSGG TIISNLPFQN IDSRAVGKCP RYVKQRSLLL ATGMKNVPEV PKG KRTARG LFGAIAGFIE NGWEGLIDGW YGFRHQNAQG EGTAADYKST QSAIDQITGK LNRLIAKTNQ QFKLIDNEFN EVEK QIGNV INWTRDSITE VWSYNAELLV AMENQHTIDL ADSEMDKLYE RVKRQLRENA EEDGTGCFEI FHKCDDDCMA SIRNN TYDH RKYREEAMQN UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #2: C4H4 Fab heavy chain
分子 | 名称: C4H4 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.887375 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: VQLQESGPEV VRPGVSVKIS CKGSGYTFTD YPMHWVKQSH AKSLEWIGVF STYNGNTNYN QKFKGKATMT VDKSSSTAYM ELDRLTSED SGIYYCAIGG ELSWFAYCGQ GTTLTVSA |
-分子 #3: C4H4 Fab light chain
分子 | 名称: C4H4 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.935151 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DIVMTQSPAS LAVSLGQRAT ISYRASKSVS TSGYSYMHWN QQKPGQPPRL LIYLVSNLES GVPARFSGSG SGTDFTLNIH PVEEEDAAT YYCQHIRELT RSEGGPSWNS |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112251 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |