+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35728 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | respiratory syncytial virus nucleocapsid-like assembly | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | respiratory syncytial virus / nucleocapsid-like assembly / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wang Y / Luo Y / Ling X / Luo B / Jia G / Dong H / Su Z | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the nucleocapsid-like assembly of respiratory syncytial virus. 著者: Yan Wang / Chong Zhang / Yongbo Luo / Xiaobin Ling / Bingnan Luo / Guowen Jia / Dan Su / Haohao Dong / Zhaoming Su / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is a nonsegmented, negative strand RNA virus that has caused severe lower respiratory tract infections of high mortality rates in infants and the elderly, yet no ...Respiratory syncytial virus (RSV) is a nonsegmented, negative strand RNA virus that has caused severe lower respiratory tract infections of high mortality rates in infants and the elderly, yet no effective vaccine or antiviral therapy is available. The RSV genome encodes the nucleoprotein (N) that forms helical assembly to encapsulate and protect the RNA genome from degradation, and to serve as a template for transcription and replication. Previous crystal structure revealed a decameric ring architecture of N in complex with the cellular RNA (N-RNA) of 70 nucleotides (70-nt), whereas cryo-ET reconstruction revealed a low-resolution left-handed filament, in which the crystal monomer structure was docked with the helical symmetry applied to simulate a nucleocapsid-like assembly of RSV. However, the molecular details of RSV nucleocapsid assembly remain unknown, which continue to limit our complete understanding of the critical interactions involved in the nucleocapsid and antiviral development that may target this essential process during the viral life cycle. Here we resolve the near-atomic cryo-EM structure of RSV N-RNA that represents roughly one turn of the helical assembly that unveils critical interaction interfaces of RSV nucleocapsid and may facilitate development of RSV antiviral therapy. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35728.map.gz | 306 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-35728-v30.xml emd-35728.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35728.png | 28.5 KB | ||
その他 | emd_35728_half_map_1.map.gz emd_35728_half_map_2.map.gz | 301.7 MB 301.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35728 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35728 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35728_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_35728_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35728_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35728_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35728 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35728 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8iuoMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35728_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35728_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : respiratory syncytial virus nucleocapsid-like assembly
全体 | 名称: respiratory syncytial virus nucleocapsid-like assembly |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: respiratory syncytial virus nucleocapsid-like assembly
超分子 | 名称: respiratory syncytial virus nucleocapsid-like assembly タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) |
-分子 #1: Nucleoprotein
分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 40.198215 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MALSKVKLND TLNKDQLLSS SKYTIQRSTG DSIDTPNYDV QKHINKLCGM LLITEDANHK FTGLIGMLYA MSRLGREDTI KILRDAGYH VKANGVDVTT HRQDINGKEM KFEVLTLASL TTEIQINIEI ESRKSYKKML KEMGEVAPEY RHDSPDCGMI I LCIAALVI ...文字列: MALSKVKLND TLNKDQLLSS SKYTIQRSTG DSIDTPNYDV QKHINKLCGM LLITEDANHK FTGLIGMLYA MSRLGREDTI KILRDAGYH VKANGVDVTT HRQDINGKEM KFEVLTLASL TTEIQINIEI ESRKSYKKML KEMGEVAPEY RHDSPDCGMI I LCIAALVI TKLAAGDRSG LTAVIRRANN VLKNEMKRYK GLLPKDIANS FYEVFEKHPH FIDVFVHFGI AQSSTRGGSR VE GIFAGLF MNAYGAGQVM LRWGVLAKSV KNIMLGHASV QAEMEQVVEV YEYAQKLGGE AGFYHILNNP KASLLSLTQF PHF SSVVLG NAAGLGIMGE YRGTPRNQDL YDAAKAYAEQ LKENGV UniProtKB: Nucleoprotein |
-分子 #2: RNA (35-MER)
分子 | 名称: RNA (35-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.670844 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42956 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |