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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35638 | |||||||||
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タイトル | Wheat 80S ribosome pausing on AUG-Stop with cycloheximide | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome (リボソーム) / TRANSLATION (翻訳 (生物学)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Triticum aestivum (コムギ) / Oryza sativa (イネ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Yokoyama T / Tanaka M / Saito H / Nishimoto M / Tsuda K / Sotta N / Shigematsu H / Shirouzu M / Iwasaki S / Ito T / Fujiwara T | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Boric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF1. 著者: Mayuki Tanaka / Takeshi Yokoyama / Hironori Saito / Madoka Nishimoto / Kengo Tsuda / Naoyuki Sotta / Hideki Shigematsu / Mikako Shirouzu / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito / Toru Fujiwara / 要旨: In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is ...In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is downregulated in response to an excess amount of boric acid in the environment through upstream open reading frames (uORFs) that consist of only AUG and stop codons. However, the molecular details of how this minimum uORF controls translation of the downstream main ORF in a boric acid-dependent manner have remained unclear. Here, by combining ribosome profiling, translation complex profile sequencing, structural analysis with cryo-electron microscopy and biochemical assays, we show that the 80S ribosome assembled at AUG-stop migrates into the subsequent RNA segment, followed by downstream translation initiation, and that boric acid impedes this process by the stable confinement of eukaryotic release factor 1 on the 80S ribosome on AUG-stop. Our results provide molecular insight into translation regulation by a minimum and environment-responsive uORF. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35638.map.gz | 229.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35638-v30.xml emd-35638.xml | 98.2 KB 98.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35638_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35638.png | 136.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35638.cif.gz | 19.4 KB | ||
その他 | emd_35638_half_map_1.map.gz emd_35638_half_map_2.map.gz | 193.9 MB 193.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35638 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35638 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.47 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35638_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35638_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Wheat 80S ribosome pausing on AUG-Stop with cycloheximide
+超分子 #1: Wheat 80S ribosome pausing on AUG-Stop with cycloheximide
+分子 #1: 18S ribosomal RNA
+分子 #75: 60S ribosomal RNA
+分子 #76: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #77: 5S ribosomal RNA
+分子 #78: mRNA
+分子 #79: tRNAi
+分子 #2: 40S ribosomal protein eS24
+分子 #3: 40S ribosomal protein eS8
+分子 #4: 40S ribosomal protein eS10
+分子 #5: 40S ribosomal protein uS12
+分子 #6: RACK1
+分子 #7: 40S ribosomal protein uS3
+分子 #8: 40S ribosomal protein eS4
+分子 #9: 40S ribosomal protein uS7
+分子 #10: 40S ribosomal protein uS9
+分子 #11: 40S ribosomal protein uS10
+分子 #12: 40S ribosomal protein uS11
+分子 #13: 40S ribosomal protein uS13
+分子 #14: 40S ribosomal protein uS15
+分子 #15: 40S ribosomal protein eS17
+分子 #16: 40S ribosomal protein eS19
+分子 #17: 40S ribosomal protein uS19
+分子 #18: 40S ribosomal protein eS25
+分子 #19: 40S ribosomal protein eS28
+分子 #20: 40S ribosomal protein uS8
+分子 #21: 40S ribosomal protein uS14
+分子 #22: 40S ribosomal protein eS27
+分子 #23: 40S ribosomal protein eS30
+分子 #24: 40S ribosomal protein uS2
+分子 #25: 40S ribosomal protein eS1
+分子 #26: 40S ribosomal protein eS21
+分子 #27: 40S ribosomal protein eS26
+分子 #28: 40S ribosomal protein uS4
+分子 #29: 40S ribosomal protein uS5
+分子 #30: 40S ribosomal protein eS6
+分子 #31: 40S ribosomal protein eS7
+分子 #32: 40S ribosomal protein uS17
+分子 #33: 40S ribosomal protein eL8
+分子 #34: 60S ribosomal protein eL21
+分子 #35: 60S ribosomal protein eL27
+分子 #36: 60S ribosomal protein uL2
+分子 #37: 60S ribosomal protein uL5
+分子 #38: 60S ribosomal protein uL6
+分子 #39: 60S ribosomal protein uL14
+分子 #40: 60S ribosomal protein eL15
+分子 #41: 60S ribosomal protein uL15
+分子 #42: 60S ribosomal protein eL18
+分子 #43: 60S ribosomal protein uL18
+分子 #44: 60S ribosomal protein eL19
+分子 #45: 60S ribosomal protein uL22
+分子 #46: 60S ribosomal protein uL23
+分子 #47: 60S ribosomal protein eL24
+分子 #48: 60S ribosomal protein uL24
+分子 #49: 60S ribosomal protein eL28
+分子 #50: 60S ribosomal protein eL30
+分子 #51: 60S ribosomal protein eL31
+分子 #52: 60S ribosomal protein eL32
+分子 #53: 60S ribosomal protein eL37
+分子 #54: 60S ribosomal protein eL39
+分子 #55: 60S ribosomal protein eL42
+分子 #56: 60S ribosomal protein eL14
+分子 #57: 60S ribosomal protein eL20
+分子 #58: 60S ribosomal protein eL22
+分子 #59: 60S ribosomal protein eL36
+分子 #60: 60S ribosomal protein uL29
+分子 #61: 60S ribosomal protein uL30
+分子 #62: 60S ribosomal protein uL3
+分子 #63: 60S ribosomal protein uL4
+分子 #64: 60S ribosomal protein uL13
+分子 #65: 60S ribosomal protein eL43
+分子 #66: 60S ribosomal protein uL16
+分子 #67: 60S ribosomal protein eL41
+分子 #68: 60S ribosomal protein eL40
+分子 #69: 60S ribosomal protein eL13
+分子 #70: 60S ribosomal protein eL6
+分子 #71: 60S ribosomal protein eL33
+分子 #72: 60S ribosomal protein eL38
+分子 #73: 60S ribosomal protein eL29
+分子 #74: 60S ribosomal protein eL34
+分子 #80: MAGNESIUM ION
+分子 #81: ZINC ION
+分子 #82: 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethy...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 23500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |