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- EMDB-35635: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35635
タイトルWheat 40S ribosome in complex with a tRNAi
マップデータ
試料
  • 複合体: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
  • リガンド: x 2種
キーワードribosome (リボソーム) / TRANSLATION (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic ...Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / : / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / KHドメイン / Ribosomal protein S2 / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS8c / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S29 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S26 ...Small ribosomal subunit protein uS8c / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S29 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein eS32 / 40S ribosomal protein S7 / Cytoplasmatic ribosomal protein S13 / S28 ribosomal protein / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / Putative ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S20 / Uncharacterized protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7c / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S25 / 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S27
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ) / Oryza sativa (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Yokoyama T / Tanaka M / Saito H / Nishimoto M / Tsuda K / Sotta N / Shigematsu H / Shirouzu M / Iwasaki S / Ito T / Fujiwara T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05637 日本
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Boric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF1.
著者: Mayuki Tanaka / Takeshi Yokoyama / Hironori Saito / Madoka Nishimoto / Kengo Tsuda / Naoyuki Sotta / Hideki Shigematsu / Mikako Shirouzu / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito / Toru Fujiwara /
要旨: In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is ...In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is downregulated in response to an excess amount of boric acid in the environment through upstream open reading frames (uORFs) that consist of only AUG and stop codons. However, the molecular details of how this minimum uORF controls translation of the downstream main ORF in a boric acid-dependent manner have remained unclear. Here, by combining ribosome profiling, translation complex profile sequencing, structural analysis with cryo-electron microscopy and biochemical assays, we show that the 80S ribosome assembled at AUG-stop migrates into the subsequent RNA segment, followed by downstream translation initiation, and that boric acid impedes this process by the stable confinement of eukaryotic release factor 1 on the 80S ribosome on AUG-stop. Our results provide molecular insight into translation regulation by a minimum and environment-responsive uORF.
履歴
登録2023年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35635.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35635.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.027144127 - 0.06789487
平均 (標準偏差)-0.000036778714 (±0.0023960774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 441.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35635_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_35635_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi

全体名称: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi
要素
  • 複合体: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi
    • RNA: 18S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS8
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS10
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
    • タンパク質・ペプチド: RACK1Receptor for activated C kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS4
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS25
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS27
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS30
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS21
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS26
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL41
    • RNA: mRNA伝令RNA
    • RNA: tRNAi
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi

超分子名称: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)

+
分子 #1: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 583.613562 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGC AAGUAUGAAC CAAUUUGAAC UGUGAAACU GCGAAUGGCU CAUUAAAUCA GUUAUAGUUU GUUUGAUGGU ACGUGCUACU CGGAUAACCG UAGUAAUUCU A GAGCUAAU ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGC AAGUAUGAAC CAAUUUGAAC UGUGAAACU GCGAAUGGCU CAUUAAAUCA GUUAUAGUUU GUUUGAUGGU ACGUGCUACU CGGAUAACCG UAGUAAUUCU A GAGCUAAU ACGUGCAACA AACCCCGACU UCUGGGAGGG GCGCAUUUAU UAGAUAAAAG GCUGACGCGG GCUCUGCUCG CU GAUCCGA UGAUUCAUGA UAACUCGACG GAUCGCACGG CCUUCGUGCC GGCGACGCAU CAUUCAAAUU UCUGCCCUAU CAA CUUUCG AUGGUAGGAU AGGGGCCUAC CAUGGUGGUG ACGGGUGACG GAGAAUUAGG GUUCGAUUCC GGAGAGGGAG CCUG AGAAA CGGCUACCAC AUCCAAGGAA GGCAGCAGGC GCGCAAAUUA CCCAAUCCUG ACACGGGGAG GUAGUGACAA UAAAU AACA AUACCGGGCG CAUUAGUGUC UGGUAAUUGG AAUGAGUACA AUCUAAAUCC CUUAACGAGG AUCCAUUGGA GGGCAA GUC UGGUGCCAGC AGCCGCGGUA AUUCCAGCUC CAAUAGCGUA UAUUUAAGUU GUUGCAGUUA AAAAGCUCGU AGUUGGA CC UUGGGCCGGG UCGGCCGGUC CGCCUCACGG CGAGCACCGA CCUACUCGAC CCUUCGGCCG GCAUCGCGCU CCUAGCCU U AAUUGGCCGG GUCGUGUUUC CGGCAUCGUU ACUUUGAAGA AAUUAGAGUG CUCAAAGCAA GCCAUCGCUC UGGAUACAU UAGCAUGGGA UAACAUCAUA GGAUUCCGGU CCUAUUGUGU UGGCCUUCGG GAUCGGAGUA AUGAUUAAUA GGGACAGUCG GGGGCAUUC GUAUUUCAUA GUCAGAGGUG AAAUUCUUGG AUUUAUGAAA GACGAACAAC UGCGAAAGCA UUUGCCAAGG A UGUUUUCA UUAAUCAAGA ACGAAAGUUG GGGGCUCGAA GACGAUCAGA UACCGUCCUA GUCUCAACCA UAAACGAUGC CG ACCAGGG AUCGGCGGAU GUUGCUUAUA GGACUCCGCC GGCACCUUAU GAGAAAUCAA AGUCUUUGGG UUCCGGGGGG AGU AUGGUC GCAAGGCUGA AACUUAAAGG AAUUGACGGA AGGGCACCAC CAGGCGUGGA GCCUGCGCUU AAUUUGACUC AACA CGGGG AAACUUACCA GGUCCAGACA UAGCAAGGAU UGACAGACUG AGAGCUCUUU CUUGAUUCUA UGGGUGGUGG UGCAU GGCC GUUCUUAGUU GGUGGAGCGA UUUGUCUGGU UAAUUCCGUU AACGAACGAG ACCUCAGCCU GCUAACUAGC UAUGCG GAG CCAUCCCUCC GCAGCUAGCU UCUUAGAGGG ACUAUGGCCG UUUAGGCCAC GGAAGUUUGA GGCAAUAACA GGUCUGU CA UGCCCUUAGA UGUUCUGGGC CGCACGCGCG CUACACUGAU GUAUUCAACG AGUAUAUAGC CUUGGCCGAC AGGCCCGG G UAAUCUUGGG AAAUUUCAUC GUGAUGGGGA UAGAUCAUUG CAAUUGUUGG UCUUCAACGA GGAAUGCCUA GUAAGCGCG AGUCAUCAGC UCGCGUUGAC UACGUCCCUG CCCUUUGUAC ACACCGCCCG UCGCUCCUAC CGAUUGAAUG GUCCGGUGAA GUGUUCGGA UCGCGGCGAC GGGGGCGGUU CGCCGCCCCC GACGUCGCGA GAAGUCCAUU GAACCUUAUC AUUUAGAGGA A GCAGAAGU CGUAACAAGG UUUCCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UG

GENBANK: GENBANK: XR_006476226.1

+
分子 #34: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 2.229403 KDa
配列文字列:
AUGUAAA

+
分子 #35: tRNAi

分子名称: tRNAi / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 24.446926 KDa
配列文字列:
AUCAGAGU(1MG)(2MG) CGCAGCGGAA GCGU(2MG)G(PSU)GGG CCCAU(MIA)ACCC ACAG(G7M)(H2U)(5MC) (5MC)C AGGA(PSU)CG(1MA)AA CCUGGCUCUG AUACCA

+
分子 #2: 40S ribosomal protein eS24

分子名称: 40S ribosomal protein eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.739685 KDa
配列文字列:
MADAKTAPAV TLRTRKFMTN RLLSRKQFVL EVIHPGRANV SKADLKERLA KIYEVKDSNC IFVFKFRTHF GGGKSTGFGL IYDNLEAAK KFEPKYRLIR NGLATKVEKS RKQIKERKNR TKKIRGVKKT KAGDAKKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #3: 40S ribosomal protein eS8

分子名称: 40S ribosomal protein eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 25.341096 KDa
配列文字列: MGISRDSMHK RRATGGKQKA WRKKRKYELG RQPANTKLSS NKTVRRVRVR GGNVKWRALR LDTGNFSWGS EAVTRKTRLL DVVYNSSNN ELVRTQTLVK NAIVQVDAAP FKQWYLTHYG VEIGRKKKAA AAAKKEPAEG QEAEVAAAAT EEAKKSNNVQ R KLEKRQQG ...文字列:
MGISRDSMHK RRATGGKQKA WRKKRKYELG RQPANTKLSS NKTVRRVRVR GGNVKWRALR LDTGNFSWGS EAVTRKTRLL DVVYNSSNN ELVRTQTLVK NAIVQVDAAP FKQWYLTHYG VEIGRKKKAA AAAKKEPAEG QEAEVAAAAT EEAKKSNNVQ R KLEKRQQG RTLDSHIEEQ FSGGRLLACI SSRPGQCGRA DGYILEGKEL EFYMRKLQKK KGKGATA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #4: 40S ribosomal protein eS10

分子名称: 40S ribosomal protein eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 20.463965 KDa
配列文字列:
MIISKKNRNE ICKYLFQEGV LYAKKDYNLA KHPQIDVPNL QVIKLMQSFK SKEYVRETFS WQHYYWYLTN DGIEFLRNFL NLPSEIVPA TLKKSARPPG RPLGSGPPGD RPRGPPRFEG DRPRYGDRDG YRGGPRGAPG DFGGEKGGAP AEFQPSFRSS G GGGFGRGG GGGFGRGGGG GGGFGASPME

UniProtKB: Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 15.696476 KDa
配列文字列:
MGKTRGMGAG RKLKTHRRNQ RWADKAYKKS HLGNEWKKPF AGSSHAKGIV LEKIGIEAKQ PNSAIRKCAR VQLVKNGKKI AAFVPNDGC LNFIEENDEV LIAGFGRKGH AVGDIPGVRF KVVKVSGVSL LALFKEKKEK PRS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S23

+
分子 #6: RACK1

分子名称: RACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 36.200527 KDa
配列文字列: MAGAQESLVY AGVMRGHNDV VTAIATPIDN SPFIVSSSRD KSLLVWDLTN PIQATQDSSS EYGVPFRRLT GHGHFVQDVV LSSDGQFAL SGSWDGELRL WDLSTGVTTR RFVGHEKDVL SVAFSIDNRQ IVSASRDRTI KLWNTLGECK YTIGGDLGGG E GHTGWVSC ...文字列:
MAGAQESLVY AGVMRGHNDV VTAIATPIDN SPFIVSSSRD KSLLVWDLTN PIQATQDSSS EYGVPFRRLT GHGHFVQDVV LSSDGQFAL SGSWDGELRL WDLSTGVTTR RFVGHEKDVL SVAFSIDNRQ IVSASRDRTI KLWNTLGECK YTIGGDLGGG E GHTGWVSC VRFSPNNFAP TIVSGSWDRS VKVWNLTNCK LRCTLDGHGG YVSAVAVSPD GSLCASGGKD GVTLLWDLTE GK RLYSLDA GSIINSLCFS PNRYWLCAAT QDSIKIWDLE SKHIVQDLRP EVPVSTKQML YCTCLSWSAD GSTLYAGYTD GTI RIYKIS GFSYSS

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: 40S ribosomal protein uS3

分子名称: 40S ribosomal protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 25.413787 KDa
配列文字列: MATQISKKKK FVSDGVFYAE LNEMLTRELA EDGYSGVEVR VTPMRTEIII RATRTQNVLG EKGRRIRELT SVVQKRFNFL ENGVELYAE KVVNRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFVMES GAKGCEVIVS GKLRAQRAKS MKFKDGYMIS S GQPVNEYI ...文字列:
MATQISKKKK FVSDGVFYAE LNEMLTRELA EDGYSGVEVR VTPMRTEIII RATRTQNVLG EKGRRIRELT SVVQKRFNFL ENGVELYAE KVVNRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFVMES GAKGCEVIVS GKLRAQRAKS MKFKDGYMIS S GQPVNEYI DAAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLDWDPKGKL GPTTPLPDLV TIHPPKEENE LRPPALVEV

UniProtKB: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

+
分子 #8: 40S ribosomal protein eS4

分子名称: 40S ribosomal protein eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 30.008111 KDa
配列文字列: MARGLKKHLK RLNAPSHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKARE CLPLILILRN RLKYALTYRE VQSILMQRHI MVDGKVRTDK TYPAGFMDI ISIPKTGENY RLLYDTKGRF RLHSVRDEDA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLETNK ...文字列:
MARGLKKHLK RLNAPSHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKARE CLPLILILRN RLKYALTYRE VQSILMQRHI MVDGKVRTDK TYPAGFMDI ISIPKTGENY RLLYDTKGRF RLHSVRDEDA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLETNK IVDFIKFDVG NVVMVTGGRN TGRVGVIKNR EKHKGTFETI HVEDAQGHQF ATRLGNVFTI GKGTKPWVSL PK GKGIKLT IIEEQRKRDA AAQAAAKA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #9: 40S ribosomal protein uS7

分子名称: 40S ribosomal protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.350879 KDa
配列文字列: MAVVEPVPGG DVKLFNRWTF EDVQVSDISL NDYLAVTSMK HYTFLPHSAG RYSAKRFRKA QCPIIERLTN SLMMHGRNNG KKIMAVRII KHTMEIIHLL TDANPIQIIV DAIINSGPRE DATRIGSAGV VRRQAVDISP LRRVNQAIYL LTTGARESAF R NVKTIAEC ...文字列:
MAVVEPVPGG DVKLFNRWTF EDVQVSDISL NDYLAVTSMK HYTFLPHSAG RYSAKRFRKA QCPIIERLTN SLMMHGRNNG KKIMAVRII KHTMEIIHLL TDANPIQIIV DAIINSGPRE DATRIGSAGV VRRQAVDISP LRRVNQAIYL LTTGARESAF R NVKTIAEC LADELINAAK GSSNSYAIKK KDEIERVAKA NR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7c

+
分子 #10: 40S ribosomal protein uS9

分子名称: 40S ribosomal protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.870992 KDa
配列文字列:
MAAVLTRPTP GTVQCFGRKK TAVAVAYCKP GRGLIKVNGA PIELIRPEML RLKAFEPILL AGRSRFKDID MRIRVRGGGK TSQIYSIRQ AIAKSLVAYY QKYVDEAAKK EVKEIFARYD RTLLVADPRR CEPKKFGGRG ARARFQKSYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S16

+
分子 #11: 40S ribosomal protein uS10

分子名称: 40S ribosomal protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.128448 KDa
配列文字列:
MATELAYAPP MKSGKLGFEG TQEVQHRIRI TLSSKSVKNL EKVCSDLVKG AKEKQLKVKG PVRMPTKVLN ITTRKSPCGE GTNTWDRFE MRVHKRVIDL VSSPDVVKQI TSITIEPGVE VEVTISDQ

UniProtKB: Ribosomal protein S20

+
分子 #12: 40S ribosomal protein uS11

分子名称: 40S ribosomal protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.398818 KDa
配列文字列:
MSSKRKTREP KEENVTLGPA VREGEHVFGV AHIFASFNDT FIHVTDLSGR ETLVRITGGM KVKADRDESS PYAAMLASQD VATRCKELG ITALHIKLRA TGGNKTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPVPTDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic

+
分子 #13: 40S ribosomal protein uS13

分子名称: 40S ribosomal protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.702686 KDa
配列文字列:
MSLIAGEEFQ HILRVLNTNV DGKQKIMFAL TSIKGVGRRF SNIVCKKADI DMNKRAGELS AEEMDRLMAV VHNPRQFKVP DWFLNRKKD YKDGRFSQVV SNAVDMKLRD DLERLKKIRN HRGLRHYWGV RVRGQHTKTT GRRGKTVGVS KKR

UniProtKB: Putative ribosomal protein S18

+
分子 #14: 40S ribosomal protein uS15

分子名称: 40S ribosomal protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.102277 KDa
配列文字列:
MGRMHSRGKG ISSSALPYKR TPPSWVKTAV ADVDELITKA AKKGQMPSQI GVLLRDQHGI PLVKSVTGSK ILRILKAHGL APEIPEDLY FLIKKAVAIR KHLERNRKDK DSKFRLILVE SRIHRLARYY KRTKKLPPTW KYESATASTL VA

UniProtKB: Cytoplasmatic ribosomal protein S13

+
分子 #15: 40S ribosomal protein eS17

分子名称: 40S ribosomal protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.523143 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KTSRQVIEKY YSRMTLDFHT NKKVLEEVSI LQSKRLRNKV AGFTTHLMRR IQRGPVRGIS LKLQEEERER RMDFVPEKS ALEVDEIRVD KETMDMLAFL GMADLPGVER APEVTSSAAP YRQPFNGPRG GNRA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S17

+
分子 #16: 40S ribosomal protein eS19

分子名称: 40S ribosomal protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.097604 KDa
配列文字列:
MATVPAPAAE TAASTARTVK DVNPHEFVKA YSAHLKRSGK MELPEWVDIV KTARFKELPP SDADWYYIRA ASMARKIYLR QGIGIGGFQ KIYGGRQRNG SRPPHFCKSS GAVSRNILQE LQKMGIIDVD PKGGRLITSQ GRRDLDQVAG TVPAEF

UniProtKB: 40S ribosomal protein S19

+
分子 #17: 40S ribosomal protein uS19

分子名称: 40S ribosomal protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.424557 KDa
配列文字列:
MADVDVDTEV AAGAQPKKRT FRKFSYRGVD LDALLDMSTD DLVQMFPARA RRRFKRGLKR KPMALVKKLR KAKKDAPAGE KPEPVRTHL RNMIIVPEMI GSLIGVYNGK TFNQVEIKPE MIGHYLAEFS ISYKPVKHGR PGIGATHSSR FIPLK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #18: 40S ribosomal protein eS25

分子名称: 40S ribosomal protein eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 12.094188 KDa
配列文字列:
MAPKKEKAPA ASSKPAKSGG GKQKKKKWSK GKQKEKVNNA VLFDQATYDK LLTEVPKYKQ ITPSVLSERL RINGSLARRA IKDLMERGL IRMVSIHSSQ QIFTRATNT

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #19: 40S ribosomal protein eS28

分子名称: 40S ribosomal protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 9.815345 KDa
配列文字列:
RGRLHRCSRS SDPPSPTPQE SMDTQVKLAV VVKVMGRTGS RGQVTQVRVK FLDDQNRLIM RNVKGPVREG DILTLLESER EARRLR

UniProtKB: S28 ribosomal protein

+
分子 #20: 40S ribosomal protein uS8

分子名称: 40S ribosomal protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 14.924326 KDa
配列文字列:
MGRRILNDAL RTMVNAERRG KATAQLQPIS GVMISFLNIM KHRGYIKNFE VFDPHRVGKI TVELQGRIKD CKALTYRQDL RATEIEKYR TRMLPTRQWG YVVVTTPNGV LDHEEAIRQN VGGQVLGYFH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8c

+
分子 #21: 40S ribosomal protein uS14

分子名称: 40S ribosomal protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 6.391455 KDa
配列文字列:
MGHSNVWNSH PKNYGAGSRV CRVCGNSHGL IRKYGLMCCR QCFRSNAKDI GFIKYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S29

+
分子 #22: 40S ribosomal protein eS27

分子名称: 40S ribosomal protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 9.583195 KDa
配列文字列:
MVLQNDIDLL NPPAELEKLK HKKKRLVQSP NSFFMDVKCQ GCFNITTVFS HSQTVVVCPG CQTVLCQPTG GKARLTEGCS FRRKGD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #23: 40S ribosomal protein eS30

分子名称: 40S ribosomal protein eS30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 6.934164 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVRGQTPK VAKQDKKKQP RGRAHKRIQY NRRFVTAVVG FGKKRGPNSS EK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #24: 40S ribosomal protein uS2

分子名称: 40S ribosomal protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 33.300438 KDa
配列文字列: MAAAAGEAPR ALSQKEQDIQ MMLAADVHLG TKNCDFQMER YAYKRRSDGI YIINLGKTWE KLQLAARVIV AIENPQDIIV QSARPYGQR AVLKFAQHTG ANAIAGRHTP GTFTNQMQTS FSEPRLLILT DPRTDHQPIK ESALGNIPTI AFCDTDSPMR Y VDIGIPAN ...文字列:
MAAAAGEAPR ALSQKEQDIQ MMLAADVHLG TKNCDFQMER YAYKRRSDGI YIINLGKTWE KLQLAARVIV AIENPQDIIV QSARPYGQR AVLKFAQHTG ANAIAGRHTP GTFTNQMQTS FSEPRLLILT DPRTDHQPIK ESALGNIPTI AFCDTDSPMR Y VDIGIPAN NKGRNSIGCL YWLLARMVLQ MRGTILPGHK WDVMVDLFFY RDPEEAKEQE DEAAGAPEYA AITDYGAAAG QW GGDQWTS DAPAPPPVTG GEWPMAEAPV AGGDGWDAAG APVAVEGAVP APVVAATGWD AAVQPPAQGW E

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #25: 40S ribosomal protein eS1

分子名称: 40S ribosomal protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 30.043955 KDa
配列文字列: MAVGKNKRIS KGRKGSKKKA VDPFTKKQWY DIKAPLLFTS RNVGKTLVSR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQNDEDQA YRKIRLRAE DVQGMNVLTN FWGMDFTTDK LRSLVRKWQT LIEAHVDVKT TDNYMLRMFA IGFTKRRPNQ VKRTCYAQAS Q IRQIRRKM ...文字列:
MAVGKNKRIS KGRKGSKKKA VDPFTKKQWY DIKAPLLFTS RNVGKTLVSR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQNDEDQA YRKIRLRAE DVQGMNVLTN FWGMDFTTDK LRSLVRKWQT LIEAHVDVKT TDNYMLRMFA IGFTKRRPNQ VKRTCYAQAS Q IRQIRRKM VEIMVNQAAS CDLKELVNKF IPEVIGKEIE KATSSIFPLQ NVYVRKVKIL KAPKFDLGKL MEVHGDYKED VG VKLDRPA DGDEVIPGAE EVAAAE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #26: 40S ribosomal protein eS21

分子名称: 40S ribosomal protein eS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 9.194349 KDa
配列文字列:
MQNEVGDMVD LYVPRKCSAT NRIITAKDHA SVQINIGHVD ENGLYDGRFT TFALSGFVRA QGDADGSLDR LWQKRKAEIK QL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S21

+
分子 #27: 40S ribosomal protein eS26

分子名称: 40S ribosomal protein eS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 16.576164 KDa
配列文字列:
MTFKRRNGGR NKHGRGHVKY IRCSNCAKCC PKDKAIKRFL VRNIVEQAAV RDVQEACVHD GYVLPKLYAK VHHCVSCAIH AHIVRVRSR ENRRNREPPQ RFRRRDDGPR PGQGGPPRAG GPGAPGGAPA GAGAVPGAPG GAPAGAGAVP GAPAPRV

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #28: 40S ribosomal protein uS4

分子名称: 40S ribosomal protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.534111 KDa
配列文字列: MVHVNFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARH LLTLDEKNPR RIFEGAALLR RMNRYGLLA EGQDKLDYVL ALTAENFLAR RLQTLVFKAG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQIVNVPSFM VRVESEKHID F SLTSPFGG ...文字列:
MVHVNFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARH LLTLDEKNPR RIFEGAALLR RMNRYGLLA EGQDKLDYVL ALTAENFLAR RLQTLVFKAG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQIVNVPSFM VRVESEKHID F SLTSPFGG GPAGRVKRKN QKKASGGGDA GGDEEEE

UniProtKB: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

+
分子 #29: 40S ribosomal protein uS5

分子名称: 40S ribosomal protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 29.995975 KDa
配列文字列: MADRGGERGV DRGGFGRGFG RGGRGDRGGR RGGRRGPRQE EEKWVPVTKL GRLVKEGRFT KMEEIYLHSL PVKEHQIVET LCPGLKDEV MKITPVQKQT RAGQRTRFKA FVVVGDSNGH VGLGVKCAKE VATAIRGAII LAKLSIVPVR RGYWGNKIGL P HTVPCKVT ...文字列:
MADRGGERGV DRGGFGRGFG RGGRGDRGGR RGGRRGPRQE EEKWVPVTKL GRLVKEGRFT KMEEIYLHSL PVKEHQIVET LCPGLKDEV MKITPVQKQT RAGQRTRFKA FVVVGDSNGH VGLGVKCAKE VATAIRGAII LAKLSIVPVR RGYWGNKIGL P HTVPCKVT GKCGSVTVRM VPAPRGSGIV AARVPKKVLQ FAGIDDVFTS SRGSTKTLGN FVKATFDCLM KTYGFLTPDF WR ETTFTKA PYQEFTDILA KPTKALMLDA PAEKVEA

UniProtKB: S5 DRBM domain-containing protein

+
分子 #30: 40S ribosomal protein eS6

分子名称: 40S ribosomal protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 28.488574 KDa
配列文字列: MKLNIANPTT GCQKKVEIDD DMKLRNLYDK RISQEVVGDL LGEEFEGYIF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTP GRVRLLLHRG TSCFRGHGR RVGERRRKSV RGCIVSQDLS VINLVIVKKG KNDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIKKLFNL GKDDDVRQYV N TYRRSFTN ...文字列:
MKLNIANPTT GCQKKVEIDD DMKLRNLYDK RISQEVVGDL LGEEFEGYIF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTP GRVRLLLHRG TSCFRGHGR RVGERRRKSV RGCIVSQDLS VINLVIVKKG KNDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIKKLFNL GKDDDVRQYV N TYRRSFTN KKGKTVSKAP KIQRLVTPLT LQRKRARIAD KKKRIAKKKS EAAEYQKLLA QRLKEQRDRR SESMAKRRSK LS AATKAPA ASA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #31: 40S ribosomal protein eS7

分子名称: 40S ribosomal protein eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 22.297891 KDa
配列文字列: MYTARKKIQK DKGVEPSEFE DTVAQAFFDL ENGNQELKSD LKDLYINTAI QMDVVGNRKA VVIHVPYRLR KPFRKIHVRL VRELEKKFS GKDVVFVATR RIVRPPKKGS AVQRPRTRTL TAVHDGILED VVYPAEIVGK RVRYRLDGAK VIKIYLDPKE R NNTEYKLE ...文字列:
MYTARKKIQK DKGVEPSEFE DTVAQAFFDL ENGNQELKSD LKDLYINTAI QMDVVGNRKA VVIHVPYRLR KPFRKIHVRL VRELEKKFS GKDVVFVATR RIVRPPKKGS AVQRPRTRTL TAVHDGILED VVYPAEIVGK RVRYRLDGAK VIKIYLDPKE R NNTEYKLE TFSAVYRRLC GKDVVFEYPV TETA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #32: 40S ribosomal protein uS17

分子名称: 40S ribosomal protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 17.841061 KDa
配列文字列:
MAEQTEKSFL KQPKVFLSTK KADKAKRPGK AGNRFWKSVG LGFKTPREAI DGTYIDKKCP FTGTVAIRGR IIAGTCHSAK MNRTIIVRR NYLHFVKKYQ RYEKRHSNIP AHISPCFRVK EGDHVIIGQC RPLSKTVRFN VLKVVPAGTT GGGKKAFIAA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #33: 60S ribosomal protein eL41

分子名称: 60S ribosomal protein eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)
分子量理論値: 3.445437 KDa
配列文字列:
MRAKWKKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32

+
分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 84 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 41361
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る