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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35627 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the sarilumab Fab/IL-6R complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | antibody / IL-6R / structural protein / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ciliary neurotrophic factor binding / hepatic immune response / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / negative regulation of collagen biosynthetic process ...ciliary neurotrophic factor binding / hepatic immune response / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of activation of Janus kinase activity / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / endocrine pancreas development / negative regulation of interleukin-8 production / vascular endothelial growth factor production / neutrophil mediated immunity / positive regulation of leukocyte chemotaxis / cytokine receptor activity / interleukin-6-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / monocyte chemotaxis / positive regulation of osteoblast differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine production / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / response to cytokine / acute-phase response / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | She J / Chen L / Wang MX | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the sarilumab Fab/IL-6R complex 著者: She J / Wang MX / Chen L | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35627.map.gz | 203.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35627-v30.xml emd-35627.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35627.png | 46.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35627.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_35627_half_map_1.map.gz emd_35627_half_map_2.map.gz | 200.4 MB 200.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35627 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35627 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35627_validation.pdf.gz | 851.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35627_full_validation.pdf.gz | 851.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35627_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35627_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35627 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35627 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8iowMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35627_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35627_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : the sarilumab Fab/IL-6R complex
全体 | 名称: the sarilumab Fab/IL-6R complex |
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要素 |
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-超分子 #1: the sarilumab Fab/IL-6R complex
超分子 | 名称: the sarilumab Fab/IL-6R complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Interleukin-6 receptor subunit alpha
分子 | 名称: Interleukin-6 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.283441 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLAVGCALLA ALLAAPGAAL APRRCPAQEV ARGVLTSLPG DSVTLTCPGV EPEDNATVHW VLRKPAAGSH PSRWAGMGRR LLLRSVQLH DSGNYSCYRA GRPAGTVHLL VDVPPEEPQL SCFRKSPLSN VVCEWGPRST PSLTTKAVLL VRKFQNSPAE D FQEPCQYS ...文字列: MLAVGCALLA ALLAAPGAAL APRRCPAQEV ARGVLTSLPG DSVTLTCPGV EPEDNATVHW VLRKPAAGSH PSRWAGMGRR LLLRSVQLH DSGNYSCYRA GRPAGTVHLL VDVPPEEPQL SCFRKSPLSN VVCEWGPRST PSLTTKAVLL VRKFQNSPAE D FQEPCQYS QESQKFSCQL AVPEGDSSFY IVSMCVASSV GSKFSKTQTF QGCGILQPDP PANITVTAVA RNPRWLSVTW QD PHSWNSS FYRLRFELRY RAERSKTFTT WMVKDLQHHC VIHDAWSGLR HVVQLRAQEE FGQGEWSEWS PEAMGTPWTE SRS PPAENE VSTPMQALTT NKDDDNILFR DSANATSLPG SRRRGSCGL UniProtKB: Interleukin-6 receptor subunit alpha |
-分子 #2: Light chain of Sarilumab Fab
分子 | 名称: Light chain of Sarilumab Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.25374 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASQGIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYG ASSLESGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFASYYCQ QANSFPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASQGIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYG ASSLESGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFASYYCQ QANSFPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #3: Heavy chain of Sarilumab Fab
分子 | 名称: Heavy chain of Sarilumab Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.825699 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASRFTFD DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG ISWNSGRIGY ADSVKGRFTI SRDNAENSLF LQMNGLRAE DTALYYCAKG RDSFDIWGQG TMVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列: EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASRFTFD DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG ISWNSGRIGY ADSVKGRFTI SRDNAENSLF LQMNGLRAE DTALYYCAKG RDSFDIWGQG TMVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDKTH |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134252 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |