+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Cas12j-SF05-crRNA-dsDNA complex | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | CRISPR / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Zhang X / Duan ZQ / Zhu JK | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for DNA cleavage by the hypercompact Cas12j-SF05. 著者: Zhiqiang Duan / Xi Zhang / Jun-Tao Zhang / Shanshan Li / Ruiheng Liu / Jie Sun / Qingzhi Zhao / Nannan Jia / Ning Jia / Jian-Kang Zhu / ![]() | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.8 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 51 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.66 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35595_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35595_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA
全体 | 名称: Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA
超分子 | 名称: Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Cas12j-SF05
分子 | 名称: Cas12j-SF05 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 83.449094 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTPKTETPVG ALIKKFFPGK RFQKNYLKDA GKKLKREGEA AAVEYLSGKQ EDHPANFCPP AKVNILAQSR PLSEWPINLV SKGVQEYVY GLTAAEREAN GDFGTSRKSL DRWFARTGVP THGYTTVQGL NLILRHTFNR YDGVIKKVET RNEKRRSKAT R INVSREAD ...文字列: MTPKTETPVG ALIKKFFPGK RFQKNYLKDA GKKLKREGEA AAVEYLSGKQ EDHPANFCPP AKVNILAQSR PLSEWPINLV SKGVQEYVY GLTAAEREAN GDFGTSRKSL DRWFARTGVP THGYTTVQGL NLILRHTFNR YDGVIKKVET RNEKRRSKAT R INVSREAD GLPPIEAEPE ETAFGPDGKL KERPGINPSI YCYQQVSPVP YNPAKHPALP FSGVDPGAPL PLGTPNRLSI PK GQPGYVP EWQRPHLSTK NKRIRKWYAR ANWRRKPGRK SVLDEAKLKE AALKEAIPII VTIGKDWIVM DARGLLRAVY WRG IAKPGL SLKELLGFFS GDPVLDPKRG IATFTFKLGA VAVHSRKPTR GKKSKELLLS MTAEKPHVGL VAIDLGQTNP VAAE FSRVK REGETLQAEP LGQIVLPDDL VKDLTRYRRA WDATEEQIKA EAIVQLPEEC RAEVVKVNQM SAEETKHLIL DRGVS GDLP WEKMTSNTTF ISDHLLAKGV TDQVFFEKKS KGKKKGTETV KRKDYGWVKL LRPRLSQETR KAVNDKTWEL KRASTE YVR LSRRKTELAR RCVNYIVRET KRWTQCEDIA IVIEDLNVRF FHGSGERPDG WDNFFISKRE NRWFIQVLHK AFSDLAL HR GLPVIEANPA RTSITCIRCG HCDRNNRHGE MFLCLSCNDL RHADREIATR NLTRVAVTGE MIPRRIEPGE QSGDTKKA R SARKGKKAVI SKREAA |
-分子 #2: crRNA
分子 | 名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.179771 KDa |
配列 | 文字列: GCCGUCAACG UUCAACGCUU GCUCGGUUCG CCGAGACUCC CCUACGUGCU GCUGAAG |
-分子 #3: TS-DNA
分子 | 名称: TS-DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 16.99491 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT) ...文字列: (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) |
-分子 #4: NTS-DNA
分子 | 名称: NTS-DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 16.900799 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DA) ...文字列: (DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59719 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |