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万見
- EMDB-35550: Focused refinement cryo-EM map of D1-D2 cylinder in cyanobacteria... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35550
タイトルFocused refinement cryo-EM map of D1-D2 cylinder in cyanobacterial phycobilisome from Anthocerotibacter panamensis (Cluster C-2, Map10)
マップデータ
試料
  • 複合体: cyanobacterial phycobilisome
キーワードComplex / PHOTOSYNTHESIS
生物種Anthocerotibacter panamensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Wang CH / Yang CH / Wu HY / Jiang HW / Ho MC / Ho MY
資金援助 台湾, 2件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
National Science Council (NSC, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A structure of the relict phycobilisome from a thylakoid-free cyanobacterium.
著者: Han-Wei Jiang / Hsiang-Yi Wu / Chun-Hsiung Wang / Cheng-Han Yang / Jui-Tse Ko / Han-Chen Ho / Ming-Daw Tsai / Donald A Bryant / Fay-Wei Li / Meng-Chiao Ho / Ming-Yang Ho /
要旨: Phycobilisomes (PBS) are antenna megacomplexes that transfer energy to photosystems II and I in thylakoids. PBS likely evolved from a basic, inefficient form into the predominant hemidiscoidal shape ...Phycobilisomes (PBS) are antenna megacomplexes that transfer energy to photosystems II and I in thylakoids. PBS likely evolved from a basic, inefficient form into the predominant hemidiscoidal shape with radiating peripheral rods. However, it has been challenging to test this hypothesis because ancestral species are generally inaccessible. Here we use spectroscopy and cryo-electron microscopy to reveal a structure of a "paddle-shaped" PBS from a thylakoid-free cyanobacterium that likely retains ancestral traits. This PBS lacks rods and specialized ApcD and ApcF subunits, indicating relict characteristics. Other features include linkers connecting two chains of five phycocyanin hexamers (CpcN) and two core subdomains (ApcH), resulting in a paddle-shaped configuration. Energy transfer calculations demonstrate that chains are less efficient than rods. These features may nevertheless have increased light absorption by elongating PBS before multilayered thylakoids with hemidiscoidal PBS evolved. Our results provide insights into the evolution and diversification of light-harvesting strategies before the origin of thylakoids.
履歴
登録2023年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35550.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35550.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 680 pix.
= 721.48 Å		1.06 Å/pix.
x 680 pix.
= 721.48 Å		1.06 Å/pix.
x 680 pix.
= 721.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-3.5828364 - 6.3938513
平均 (標準偏差)-0.00064969755 (±0.122211374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ680680680
Spacing680680680
セルA=B=C: 721.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_35550_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35550_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35550_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cyanobacterial phycobilisome

全体名称: cyanobacterial phycobilisome
要素
  • 複合体: cyanobacterial phycobilisome

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超分子 #1: cyanobacterial phycobilisome

超分子名称: cyanobacterial phycobilisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Anthocerotibacter panamensis (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1109579
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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