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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | S-ECD (Omicron XBB.1) in complex with PD of ACE2 | |||||||||
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![]() | SARS-Cov-2 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / Maturation of spike protein / viral translation / endopeptidase activity / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å | |||||||||
![]() | Li YN / Shen YP / Zhang YY / Yan RH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the enhanced infectivity and immune evasion of Omicron subvariants 著者: Li Y / Shen YP / Zhang Y / Yan R | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 78.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 31.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 84.7 MB 84.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 894.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 894.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8i9dMC ![]() 8i9bC ![]() 8i9cC ![]() 8i9eC ![]() 8i9fC ![]() 8i9gC ![]() 8i9hC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35267_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35267_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : S-ECD (Omicron XBB.1) in complex with PD of ACE2
全体 | 名称: S-ECD (Omicron XBB.1) in complex with PD of ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: S-ECD (Omicron XBB.1) in complex with PD of ACE2
超分子 | 名称: S-ECD (Omicron XBB.1) in complex with PD of ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: S-ECD (Omicron XBB.1)
超分子 | 名称: S-ECD (Omicron XBB.1) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: PD of ACE2
超分子 | 名称: PD of ACE2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Omicron XBB.1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 140.591641 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPA LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYQKNNKSWM ESEFRVYSSA N NCTFEYVS ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPA LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYQKNNKSWM ESEFRVYSSA N NCTFEYVS QPFLMDLEGK EGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPINL ERDLPQGFSA LEPLVDLPIG INITRFQTLL AL HRSYLTP VDSSSGWTAG AAAYYVGYLQ PRTFLLKYNE NGTITDAVDC ALDPLSETKC TLKSFTVEKG IYQTSNFRVQ PTE SIVRFP NITNLCPFHE VFNATTFASV YAWNRKRISN CVADYSVIYN FAPFFAFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRG NEVSQ IAPGQTGNIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN KLDSKPSGNY NYLYRLFRKS KLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVA GSNC YSPLQSYGFR PTYGVGHQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTESNKK FLPFQQ FGR DIADTTDAVR DPQTLEILDI TPCSFGGVSV ITPGTNTSNQ VAVLYQGVNC TEVPVAIHAD QLTPTWRVYS TGSNVFQ TR AGCLIGAEYV NNSYECDIPI GAGICASYQT QTKSHGSASS VASQSIIAYT MSLGAENSVA YSNNSIAIPT NFTISVTT E ILPVSMTKTS VDCTMYICGD STECSNLLLQ YGSFCTQLKR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK YFGGFNFSQ ILPDPSKPSK RSPIEDLLFN KVTLADAGFI KQYGDCLGDI AARDLICAQK FNGLTVLPPL LTDEMIAQYT SALLAGTITS GWTFGAGPA LQIPFPMQMA YRFNGIGVTQ NVLYENQKLI ANQFNSAIGK IQDSLSSTPS ALGKLQDVVN HNAQALNTLV K QLSSKFGA ISSVLNDILS RLDPPEAEVQ IDRLITGRLQ SLQTYVTQQL IRAAEIRASA NLAATKMSEC VLGQSKRVDF CG KGYHLMS FPQSAPHGVV FLHVTYVPAQ EKNFTTAPAI CHDGKAHFPR EGVFVSNGTH WFVTQRNFYE PQIITTDNTF VSG NCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELG KYEQG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLLSTFLLE GSDEVDAGSH HHHHHHHHHG SVEDYKDDDD K UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: Processed angiotensin-converting enzyme 2
分子 | 名称: Processed angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 72.039992 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGVKVLFALI CIAVAEAGTS TIEEQAKTFL DKFNHEAEDL FYQSSLASWN YNTNITEENV QNMNNAGDKW SAFLKEQSTL AQMYPLQEI QNLTVKLQLQ ALQQNGSSVL SEDKSKRLNT ILNTMSTIYS TGKVCNPDNP QECLLLEPGL NEIMANSLDY N ERLWAWES ...文字列: MGVKVLFALI CIAVAEAGTS TIEEQAKTFL DKFNHEAEDL FYQSSLASWN YNTNITEENV QNMNNAGDKW SAFLKEQSTL AQMYPLQEI QNLTVKLQLQ ALQQNGSSVL SEDKSKRLNT ILNTMSTIYS TGKVCNPDNP QECLLLEPGL NEIMANSLDY N ERLWAWES WRSEVGKQLR PLYEEYVVLK NEMARANHYE DYGDYWRGDY EVNGVDGYDY SRGQLIEDVE HTFEEIKPLY EH LHAYVRA KLMNAYPSYI SPIGCLPAHL LGDMWGRFWT NLYSLTVPFG QKPNIDVTDA MVDQAWDAQR IFKEAEKFFV SVG LPNMTQ GFWENSMLTD PGNVQKAVCH PTAWDLGKGD FRILMCTKVT MDDFLTAHHE MGHIQYDMAY AAQPFLLRNG ANEG FHEAV GEIMSLSAAT PKHLKSIGLL SPDFQEDNET EINFLLKQAL TIVGTLPFTY MLEKWRWMVF KGEIPKDQWM KKWWE MKRE IVGVVEPVPH DETYCDPASL FHVSNDYSFI RYYTRTLYQF QFQEALCQAA KHEGPLHKCD ISNSTEAGQK LFNMLR LGK SEPWTLALEN VVGAKNMNVR PLLNYFEPLF TWLKDQNKNS FVGWSTDWSP YADDYKDDDD K UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2 |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 28 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / 使用した粒子像数: 804338 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |