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- EMDB-3522: S. pombe microtubule copolymerized with GTP and Mal3-143 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3522
タイトルS. pombe microtubule copolymerized with GTP and Mal3-143
マップデータ
試料
  • 複合体: Microtubule decorated with Mal3
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule integrity protein mal3
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1 chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle pole body duplication / dynein-driven meiotic oscillatory nuclear movement / post-anaphase array microtubule end / Platelet degranulation / thigmotropism / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / cortical microtubule / cell cortex of cell tip / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion ...mitotic spindle pole body duplication / dynein-driven meiotic oscillatory nuclear movement / post-anaphase array microtubule end / Platelet degranulation / thigmotropism / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / cortical microtubule / cell cortex of cell tip / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle astral microtubule / nuclear division / mitotic spindle elongation / mitotic spindle pole body / mitotic spindle midzone / nuclear microtubule / protein localization to microtubule / astral microtubule / microtubule plus-end / cytoskeletal anchor activity / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / microtubule organizing center / microtubule lateral binding / intracellular distribution of mitochondria / cytoplasmic microtubule / ATPase activator activity / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle assembly / spindle midzone / cytoplasmic microtubule organization / molecular condensate scaffold activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / cell division / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1 chain / Tubulin beta chain / Microtubule integrity protein mal3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者von Loeffelholz O / Moores C
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L00190X/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Nucleotide- and Mal3-dependent changes in fission yeast microtubules suggest a structural plasticity view of dynamics.
著者: Ottilie von Loeffelholz / Neil A Venables / Douglas Robert Drummond / Miho Katsuki / Robert Cross / Carolyn A Moores /
要旨: Using cryo-electron microscopy, we characterize the architecture of microtubules assembled from Schizosaccharomyces pombe tubulin, in the presence and absence of their regulatory partner Mal3. Cryo- ...Using cryo-electron microscopy, we characterize the architecture of microtubules assembled from Schizosaccharomyces pombe tubulin, in the presence and absence of their regulatory partner Mal3. Cryo-electron tomography reveals that microtubules assembled from S. pombe tubulin have predominantly B-lattice interprotofilament contacts, with protofilaments skewed around the microtubule axis. Copolymerization with Mal3 favors 13 protofilament microtubules with reduced protofilament skew, indicating that Mal3 adjusts interprotofilament interfaces. A 4.6-Å resolution structure of microtubule-bound Mal3 shows that Mal3 makes a distinctive footprint on the S. pombe microtubule lattice and that unlike mammalian microtubules, S. pombe microtubules do not show the longitudinal lattice compaction associated with EB protein binding and GTP hydrolysis. Our results firmly support a structural plasticity view of microtubule dynamics in which microtubule lattice conformation is sensitive to a variety of effectors and differently so for different tubulins.
履歴
登録2016年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年12月20日-
更新2019年10月23日-
現状2019年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5mjs
  • 表面レベル: 0.085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5mjs
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3522.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.085 / ムービー #1: 0.085
最小 - 最大-0.26938048 - 0.38003
平均 (標準偏差)0.017890109 (±0.04964143)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ13491213
Spacing91134213
セルA: 126.49 Å / B: 186.26 Å / C: 296.07 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z91134213
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z126.490186.260296.070
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS91134213
D min/max/mean-0.2690.3800.018

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule decorated with Mal3

全体名称: Microtubule decorated with Mal3
要素
  • 複合体: Microtubule decorated with Mal3
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule integrity protein mal3
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1 chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Microtubule decorated with Mal3

超分子名称: Microtubule decorated with Mal3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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分子 #1: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 47.191031 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQVGAAF WSTIADEHGL DSAGIYHGTS EAQHERLNVY FNEAAGGKYV PRAVLVDLEP GTMDAVKSGK FGNLFRPDN IIYGQSGAGN IWAKGHYTEG AELADAVLDV VRREAEACDA LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLLSKIREEY P DRMMATFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQVGAAF WSTIADEHGL DSAGIYHGTS EAQHERLNVY FNEAAGGKYV PRAVLVDLEP GTMDAVKSGK FGNLFRPDN IIYGQSGAGN IWAKGHYTEG AELADAVLDV VRREAEACDA LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLLSKIREEY P DRMMATFS VAPAPKSSDT VVEPYNATLS MHQLVENSDE TFCIDNEALS SIFANTLKIK SPSYDDLNHL VSAVMAGVTT SF RFPGELN SDLRKLAVNM VPFPRLHFFM VGFAPLAAIG SSSFQAVSVP ELTQQMFDAN NMMVAADPRH GRYLTVAALF RGK VSMKEV DEQIRSVQTK NSAYFVEWIP DNVLKAVCSV PPKDLKMSAT FIGNSTSIQE IFRRLGDQFS AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QEAG

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分子 #2: Microtubule integrity protein mal3

分子名称: Microtubule integrity protein mal3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 16.6689 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSESRQELLA WINQVTSLGL TRIEDCGKGY AMIQIFDSIY QDIPLKKVNF ECNNEYQYIN NWKVLQQVFL KKGIDKVVDP ERLSRCKMQ DNLEFVQWAK RFWDQYYPGG DYDALARRGN RGPANTRVMN SSAGATGPSR RRQV

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分子 #3: Tubulin alpha-1 chain

分子名称: Tubulin alpha-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 49.813832 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
配列文字列: MREVISVHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI GPDGFPTENS EVHKNNSYLN DGFGTFFSET GQGKFVPRSI YVDLEPNVID QVRTGPYKD LFHPEQMVTG KEDASNNYAR GHYTVGKEMI DSVLERIRRM ADNCSGLQGF LVFHSFGGGT GSGLGALLLE R LNMEYGKK ...文字列:
MREVISVHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI GPDGFPTENS EVHKNNSYLN DGFGTFFSET GQGKFVPRSI YVDLEPNVID QVRTGPYKD LFHPEQMVTG KEDASNNYAR GHYTVGKEMI DSVLERIRRM ADNCSGLQGF LVFHSFGGGT GSGLGALLLE R LNMEYGKK SNLQFSVYPA PQVSTSVVEP YNSVLTTHAT LDNSDCTFMV DNEACYDICR RNLDIERPTY ENLNRLIAQV VS SITASLR FAGSLNVDLN EFQTNLVPYP RIHFPLVTYS PIVSAAKAFH ESNSVQEITN QCFEPYNQMV KCDPRTGRYM ATC LLYRGD VIPRDVQAAV TSIKSRRTIQ FVDWCPTGFK IGICYEPPQH VPGSGIAKVN RAVCMLSNTT SIAEAWSRLD HKFD LMYSK RAFVHWYVGE GMEEGEFSEA REDLAALERD YEEVGQDSM

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分子 #4: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: GDP
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: GTP
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1jff

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 8) / 使用した粒子像数: 12763
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER (ver. 14.18)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 8) / 詳細: helical symmetry applied

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-5mjs:
S. pombe microtubule copolymerized with GTP and Mal3-143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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