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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of KCTD7 in complex with Cullin3 | |||||||||
![]() | cryoEM map of KCTD7/CUL3 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jiang W / Wang W / Zheng S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the ubiquitination of G protein βγ subunits by KCTD5/Cullin3 E3 ligase. 著者: Wentong Jiang / Wei Wang / Yinfei Kong / Sanduo Zheng / ![]() 要旨: G protein-coupled receptor (GPCR) signaling is precisely controlled to avoid overstimulation that results in detrimental consequences. Gβγ signaling is negatively regulated by a Cullin3 (Cul3)- ...G protein-coupled receptor (GPCR) signaling is precisely controlled to avoid overstimulation that results in detrimental consequences. Gβγ signaling is negatively regulated by a Cullin3 (Cul3)-dependent E3 ligase, KCTD5, which triggers ubiquitination and degradation of free Gβγ. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the KCTD5-Gβγ fusion complex and the KCTD7-Cul3 complex. KCTD5 in pentameric form engages symmetrically with five copies of Gβγ through its C-terminal domain. The unique pentameric assembly of the KCTD5/Cul3 E3 ligase places the ubiquitin-conjugating enzyme (E2) and the modification sites of Gβγ in close proximity and allows simultaneous transfer of ubiquitin from E2 to five Gβγ subunits. Moreover, we show that ubiquitination of Gβγ by KCTD5 is important for fine-tuning cyclic adenosine 3´,5´-monophosphate signaling of GPCRs. Our studies provide unprecedented insights into mechanisms of substrate recognition by unusual pentameric E3 ligases and highlight the KCTD family as emerging regulators of GPCR signaling. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 51.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 46.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 91.8 MB 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8i79MC ![]() 8jkbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | cryoEM map of KCTD7/CUL3 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: cryoEM map of KCTD7/CUL3 after map sharpening
ファイル | emd_35212_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryoEM map of KCTD7/CUL3 after map sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of KCTD7/CUL3
ファイル | emd_35212_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of KCTD7/CUL3 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of KCTD7/CUL3
ファイル | emd_35212_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of KCTD7/CUL3 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : complex of KCTD7 and Cullin-3
全体 | 名称: complex of KCTD7 and Cullin-3 |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of KCTD7 and Cullin-3
超分子 | 名称: complex of KCTD7 and Cullin-3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-超分子 #2: KCTD7
超分子 | 名称: KCTD7 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Cullin-3
超分子 | 名称: Cullin-3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: BTB/POZ domain-containing protein KCTD7
分子 | 名称: BTB/POZ domain-containing protein KCTD7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 34.146633 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DYKDDDDKMV VVTGREPDSR HSDGAMSSSE AEDDFLEPAT PTATQAGHGL PLLPQEFPEV VPLNIGGAHF TTRLSTLRRY EDTMLAAMF SGRHYIPTDS EGRYFIDRDG THFGDVLNFL RSGDLPPREH VRAVYKEAQY YAIGPLLEQL ENMQPLKGEK V RQAFLGLM ...文字列: DYKDDDDKMV VVTGREPDSR HSDGAMSSSE AEDDFLEPAT PTATQAGHGL PLLPQEFPEV VPLNIGGAHF TTRLSTLRRY EDTMLAAMF SGRHYIPTDS EGRYFIDRDG THFGDVLNFL RSGDLPPREH VRAVYKEAQY YAIGPLLEQL ENMQPLKGEK V RQAFLGLM PYYKDHLERI VEIARLRAVQ RKARFAKLKV CVFKEEMPIT PYECPLLNSL RFERSESDGQ LFEHHCEVDV SF GPWEAVA DVYDLLHCLV TDLSAQGLTV DHQCIGVCDK HLVNHYYCKR PIYEFKITWW UniProtKB: BTB/POZ domain-containing protein KCTD7 |
-分子 #2: Cullin-3
分子 | 名称: Cullin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 44.146426 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHGSP MTMDEKYVNS IWDLLKNAIQ EIQRKNNSGL SFEELYRNAY TMVLHKHGEK LYTGLREVVT EHLINKVRED VLNSLNNNF LQTLNQAWND HQTAMVMIRD ILMYMDRVYV QQNNVENVYN LGLIIFRDQV VRYGCIRDHL RQTLLDMIAR E RKGEVVDR ...文字列: MHHHHHHGSP MTMDEKYVNS IWDLLKNAIQ EIQRKNNSGL SFEELYRNAY TMVLHKHGEK LYTGLREVVT EHLINKVRED VLNSLNNNF LQTLNQAWND HQTAMVMIRD ILMYMDRVYV QQNNVENVYN LGLIIFRDQV VRYGCIRDHL RQTLLDMIAR E RKGEVVDR GAIRNACQML MILGLEGRSV YEEDFEAPFL EMSAEFFQME SQKFLAENSA SVYIKKVEAR INEEIERVMH CL DKSTEEP IVKVVERELI SKHMKTIVEM ENSGLVHMLK NGKTEDLGCM YKLFSRVPNG LKTMCECMSS YLREQGKALV SEE GEGKNP VDYRQGLDDL KSRFDRFLLE SFNNDRLFKQ TIAGDFEYFL NLNSRSPEYL UniProtKB: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.32 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.56 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 398489 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 3次元分類 | クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 115147 |