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万見
- EMDB-35175: Portal-tail complex structure of the Cyanophage P-SCSP1u -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35175
タイトルPortal-tail complex structure of the Cyanophage P-SCSP1u
マップデータ
試料
  • ウイルス: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
    • 複合体: The portal-tail complex of cyanophage P-SCSP1u
      • タンパク質・ペプチド: Nozzle protein(gp 23) of the cyanophage P-SCSP1u
      • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein(gp22) of the cyanophage P-SCSP1u
      • タンパク質・ペプチド: Fiber protein(gp 28) of the cyanophage P-SCSP1u
      • タンパク質・ペプチド: Portal protein(gp 16) of the cyanophage P-SCSP1u
キーワードWhole virus / Capsid / cyanophage / T7-like virus / VIRUS
生物種Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Liu H / Dang S
資金援助 香港, 1件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of cyanophage P-SCSP1u offers insights into DNA gating and evolution of T7-like viruses.
著者: Lanlan Cai / Hang Liu / Wen Zhang / Shiwei Xiao / Qinglu Zeng / Shangyu Dang /
要旨: Cyanophages, together with their host cyanobacteria, play important roles in marine biogeochemical cycles and control of marine food webs. The recently identified MPP-C (Marine Picocyanobacteria ...Cyanophages, together with their host cyanobacteria, play important roles in marine biogeochemical cycles and control of marine food webs. The recently identified MPP-C (Marine Picocyanobacteria Podovirus clade C) cyanophages, belonging to the T7-like podoviruses, contain the smallest genomes among cyanopodoviruses and exhibit distinct infection kinetics. However, understanding of the MPP-C cyanophage infection process is hindered by the lack of high-resolution structural information. Here, we report the cryo-EM structure of the cyanophage P-SCSP1u, a representative member of the MPP-C phages, in its native form at near-atomic resolution, which reveals the assembly mechanism of the capsid and molecular interaction of the portal-tail complex. Structural comparison of the capsid proteins of P-SCSP1u and other podoviruses with known structures provides insights into the evolution of T7-like viruses. Furthermore, our study provides the near-atomic resolution structure of portal-tail complex for T7-like viruses. On the basis of previously reported structures of phage T7, we identify an additional valve and gate to explain the DNA gating mechanism for the T7-like viruses.
履歴
登録2023年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35175.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35175.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.2 Å		1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.2 Å		1.7 Å/pix.
x 256 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.051198147 - 0.09941386
平均 (標準偏差)0.0012921147 (±0.0053072474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35175_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35175_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35175_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Prochlorococcus phage P-SCSP1u

全体名称: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
要素
  • ウイルス: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
    • 複合体: The portal-tail complex of cyanophage P-SCSP1u
      • タンパク質・ペプチド: Nozzle protein(gp 23) of the cyanophage P-SCSP1u
      • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein(gp22) of the cyanophage P-SCSP1u
      • タンパク質・ペプチド: Fiber protein(gp 28) of the cyanophage P-SCSP1u
      • タンパク質・ペプチド: Portal protein(gp 16) of the cyanophage P-SCSP1u

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超分子 #1: Prochlorococcus phage P-SCSP1u

超分子名称: Prochlorococcus phage P-SCSP1u / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3, #1, #4 / NCBI-ID: 2914505 / 生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Prochlorococcus (バクテリア)

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超分子 #2: The portal-tail complex of cyanophage P-SCSP1u

超分子名称: The portal-tail complex of cyanophage P-SCSP1u / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4, #1
由来(天然)生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)

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分子 #1: Portal protein(gp 16) of the cyanophage P-SCSP1u

分子名称: Portal protein(gp 16) of the cyanophage P-SCSP1u / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
分子量理論値: 62.460434 KDa
配列文字列: MKTRLTNNVD RQSALYGSSG GTAAQRYEQL RVDRNSPLKR ARDCSKVTIP GLIEDENYGD AGRLDTPYQS SGARGVGHMT SKLAVTLFP TNEHFFKLEI DSLAILASDQ NPEMITEFDS ALVKVEQAVM RMFETIGGRA AMHEALKHLL VGGNVLLYVS D EGIKVIHL ...文字列:
MKTRLTNNVD RQSALYGSSG GTAAQRYEQL RVDRNSPLKR ARDCSKVTIP GLIEDENYGD AGRLDTPYQS SGARGVGHMT SKLAVTLFP TNEHFFKLEI DSLAILASDQ NPEMITEFDS ALVKVEQAVM RMFETIGGRA AMHEALKHLL VGGNVLLYVS D EGIKVIHL DSYVLCRDPM GNVTEIVVEE EIFKDALPEE YLDEEDDDDD DMGKKMVKIY TCIKFMDDQC HWYQEIKGKE VP GTHGKCA ADVAPWIALR QDRVDSEMYG RSYVEQYYGD LLALENLYKA ILEASASLSK VLFLCNPNGT TRPRTLSQAS NGS IVQGNA ADVTVLQAAG KSQDLQIANQ TIERIENRLA FAFMLNTAIQ RPGERVTAEE IRYMAQELDA GISGLYSILS RELQ LPLVR RLIHILRRKR KLPDFPRSEV TGEPLIKEKA VTGIEAIGRG DDRNKLIDFI TTANQALGPQ AMTQFLNVEE ALRRL AASG SIDTTNLVKT KAQLQQEAAA QAEAEQQAQQ QQLLETGIKS PAMAQAVKNF QGADPERAAQ ALSAITSETG GIDADQ LTE AV

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分子 #2: Nozzle protein(gp 23) of the cyanophage P-SCSP1u

分子名称: Nozzle protein(gp 23) of the cyanophage P-SCSP1u / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
分子量理論値: 87.444898 KDa
配列文字列: MPLISSSIPN LINGVSQQPA ALRLASQAEE VINCMPSPVE GLKKRPPMQH IKKLFAGSAG TGRPFTHIVD RDGVIRYLIF IQDNAIKVF DLDGNAQTVS TPNGTSYLNI TGEPSSTFRV ASIADFTFIV NREKTVAMDT TNKSYNWGTK SMVFIKSADF S TTYRVKLN ...文字列:
MPLISSSIPN LINGVSQQPA ALRLASQAEE VINCMPSPVE GLKKRPPMQH IKKLFAGSAG TGRPFTHIVD RDGVIRYLIF IQDNAIKVF DLDGNAQTVS TPNGTSYLNI TGEPSSTFRV ASIADFTFIV NREKTVAMDT TNKSYNWGTK SMVFIKSADF S TTYRVKLN GTEKSVTTGN SSGSAPDTVT IASDLATQLN TISGFTVTST DYIIRITKDD GGDYTLESSD TKTADATSAI KG TVDSITD LPTIAEHNFT VRIQGSATTA FDDYFVKFEA TAGSGFGPGV WRETVAPNID HLLDKSTMPH TLVRNANGTF TFA QFNYTG RVAGDTTTAP NPTFVGSKIK NINLFRNRLV FLADENVILS AADSFERFFP ETVQTLLDSD PIDISSGGTS VNFL NSSLA FANTLLLFSL HGQFRLDTGS TSVGTALTPK TATITAITTF DIVDAIDPIG VGRTVYFGIP KGDFSGLREY FLPDA SGPI PLSEEVTSSV PRFVPGNLIS MSPSVSEEVI TMISKDQPRR VYIYKFFFDD DQKLQSSWSY WEVAANKTLL GGNVLD SDL YTCVEYSDGV YLEKTQLRPE TVDSGTEFEI LLDRKTTEAA CSTSLINSGA LGVQTVITLP YPMSGTGTMA VVGRFAS NN TIAHGQVIKA TAETLTGGAS GNGTMTVPGD LSSAKFFVGE IYNMTYEFST PYLKETPPGG GLAVLANPRL QLRTWSIV F DETSNFSMKI TPGQRDELTY PFNGYKIGSG QFPIGTPSLA TGRFRVPVMA QNIETKIVLF SDSPLPCRVQ SAEWEGWYQ ERARRL

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分子 #3: Adaptor protein(gp22) of the cyanophage P-SCSP1u

分子名称: Adaptor protein(gp22) of the cyanophage P-SCSP1u / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
分子量理論値: 22.81148 KDa
配列文字列: MAARTSFLDA VNRVLQMLGE APVNSLQGQF GLAKQAEVAL NDVSRTIQTE GWSFNTDLEK KLERNSSNEI ELSSNVSRVV VDNLEYPDI DVVQRGDKLY DRKNNRYTFD EDLIVDMTTI LEWDLLPEHA RQYITIKAGR QLQEAIIGSA ELTKLNLTQE V EARSAFLE ...文字列:
MAARTSFLDA VNRVLQMLGE APVNSLQGQF GLAKQAEVAL NDVSRTIQTE GWSFNTDLEK KLERNSSNEI ELSSNVSRVV VDNLEYPDI DVVQRGDKLY DRKNNRYTFD EDLIVDMTTI LEWDLLPEHA RQYITIKAGR QLQEAIIGSA ELTKLNLTQE V EARSAFLE EETTKSEHSM LRGHLNRTSP VNTYIPSRTL ER

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分子 #4: Fiber protein(gp 28) of the cyanophage P-SCSP1u

分子名称: Fiber protein(gp 28) of the cyanophage P-SCSP1u / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
分子量理論値: 113.856602 KDa
配列文字列: MAFAQRIITS NSAGDQEFTF TFDYIKEEHI KVFVNFVEKA QGTGSNEFQV ITNTTPKKIS LNTGLSADNT RVEIRRVSSL STPLVDFAD GSTLTAADLD TAEKQSLFID QELDDALKQG ISIDTSTGVP TLNSQRLSNV SDPVNAQDAV TKAYLERSGS I TSTQILNG ...文字列:
MAFAQRIITS NSAGDQEFTF TFDYIKEEHI KVFVNFVEKA QGTGSNEFQV ITNTTPKKIS LNTGLSADNT RVEIRRVSSL STPLVDFAD GSTLTAADLD TAEKQSLFID QELDDALKQG ISIDTSTGVP TLNSQRLSNV SDPVNAQDAV TKAYLERSGS I TSTQILNG TIVDADINAS AAIAKSKLAA LNIVNADVNA SAAIAGSKLA DASIAYTKIQ NVSATNRILG RDSSGAGVIE EI TPANLRT MINVEDGATA DQSAAEIRTL VESASDSNVF TDADHTKLNA IEASADVTDA TNVDAAGAVM NSDTSTAAMQ FVI DEDTFG SNLDTKVPTQ QSVKAYITAT SQPLDSELSQ LAGMQSGTAS KLADSTALTA DIADLNQLDG MAKETSITNS NTKF PTSAA VVNFVANQIA PVGGLEVIAD EDSFPATQPV SGVVISISNA DGLVINNAGE ASNARTVGSG SDNVTIKNFP ASLRN QTLA PNLGLLVSST GASQEYNYHK LLAKETDVLQ LSDDINDFNN RYRVENTLPA ANDSSNHDGD LVYAKEEKKI YVYSGD YNG TPVGSFGEVQ SIGNFFISTL SPAFNGSLQD FTITNAPSNA QQIILSINGV IQKPNSGTST PSEGFALSGS TIKLAAA PP SGADYFAIVL GSTVNIGTPS NNTVTSSILQ NGSVIEAKLG SGAVTRTKLN LVSTSSAPGL EVKGDGSSDG YLQLNCSQ N SHGIKLKSPP HSAGQSYTLT FPSNIVSGQF LTTDANGNLS WAAVVTDLVN DTSPQLGGNL DCNDKNILLN DSSGSANNR IRLGASQDFA LFHNGTINII EAVSGDLHLR LNGSEEGIIV KQNGAVELYY DNSKKFHTSS VGATVTGNLF LSGGYINLND NYSYGMGSG NRAQLYHSGN HQYLLNTVGN MYFQPKSGEN GIVIIPDDAV ELYHNNVKRL ETTSGGVTVS GSVTATGHLF V GANTHYLY FTSTAGYSPR IGNADGGTGV NMTFHTNNTM RMMLQNDGHL RPASNNTYDL GTSSDRWRNV YTNDLNLSNE GG ANDVDGT WGSYTIQEGA EDLFLINKRT SKKYKFNLTE VS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 86469
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)

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原子モデル構築 1

初期モデル詳細: the initial model of our models was predicted by the alpha fold according to the protein sequence.
得られたモデル

PDB-8i4m:
Portal-tail complex structure of the Cyanophage P-SCSP1u

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る