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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Rubisco from Phaeodactylum tricornutum | |||||||||
![]() | Main map of Rubisco from P. tricornutum | |||||||||
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![]() | Rubisco / phase separation / rubisco linker protein / condensation / pyrenoid / phaeodactylum tricornutum / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å | |||||||||
![]() | Oh ZG / Ang WSL / Bhushan S / Mueller-Cajar O | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A linker protein from a red-type pyrenoid phase separates with Rubisco via oligomerizing sticker motifs. 著者: Zhen Guo Oh / Warren Shou Leong Ang / Cheng Wei Poh / Soak-Kuan Lai / Siu Kwan Sze / Hoi-Yeung Li / Shashi Bhushan / Tobias Wunder / Oliver Mueller-Cajar / ![]() 要旨: The slow kinetics and poor substrate specificity of the key photosynthetic CO-fixing enzyme Rubisco have prompted the repeated evolution of Rubisco-containing biomolecular condensates known as ...The slow kinetics and poor substrate specificity of the key photosynthetic CO-fixing enzyme Rubisco have prompted the repeated evolution of Rubisco-containing biomolecular condensates known as pyrenoids in the majority of eukaryotic microalgae. Diatoms dominate marine photosynthesis, but the interactions underlying their pyrenoids are unknown. Here, we identify and characterize the Rubisco linker protein PYCO1 from . PYCO1 is a tandem repeat protein containing prion-like domains that localizes to the pyrenoid. It undergoes homotypic liquid-liquid phase separation (LLPS) to form condensates that specifically partition diatom Rubisco. Saturation of PYCO1 condensates with Rubisco greatly reduces the mobility of droplet components. Cryo-electron microscopy and mutagenesis data revealed the sticker motifs required for homotypic and heterotypic phase separation. Our data indicate that the PYCO1-Rubisco network is cross-linked by PYCO1 stickers that oligomerize to bind to the small subunits lining the central solvent channel of the Rubisco holoenzyme. A second sticker motif binds to the large subunit. Pyrenoidal Rubisco condensates are highly diverse and tractable models of functional LLPS. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 307.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 47.9 MB 47.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 834 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 833.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map of Rubisco from P. tricornutum | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.858 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35158_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35158_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Phaeodactylu...
全体 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Phaeodactylum tricornutum |
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要素 |
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-超分子 #1: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Phaeodactylu...
超分子 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Phaeodactylum tricornutum タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 550 kDa/nm |
-分子 #1: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSQSVSERTR IKSDRYESGV IPYAKMGYWD AAYAVKNTDV LALFRITPQP GVDPVEAAAA VAGESSTATW TVVWTDLLTA CDRYRAKAYR VDPVPNTTDQ YFAFIAYECD LFEEGSLANL TASIIGNVFG FKAVSALRLE DMRIPHSYLK TFQGPATGVI VERERLNKYG ...文字列: MSQSVSERTR IKSDRYESGV IPYAKMGYWD AAYAVKNTDV LALFRITPQP GVDPVEAAAA VAGESSTATW TVVWTDLLTA CDRYRAKAYR VDPVPNTTDQ YFAFIAYECD LFEEGSLANL TASIIGNVFG FKAVSALRLE DMRIPHSYLK TFQGPATGVI VERERLNKYG IPLLGATVKP KLGLSGKNYG RVVYEGLKGG LDFLKDDENI NSQPFMRWRE RFLYCMEGIN RASAATGETK GSYLNITAGT MEEVYKRAEY AKTVGSIVVM IDLVMGYTAI QSAAIWARDN DLILHLHRAG NSTYARQKNH GINFRVICKW MRMCGVDHIH AGTVVGKLEG DPLMIKGFYD TLLLTHLNVN LPYGIFFEMT WASLRKCMPV ASGGIHCGQM HQLVHYLGDD VVLQFGGGTI GHPDGIQAGA TANRVALEAM ILARNEGADY FNSDIGPQIL RNAAKTCGPL QTALDLWKDI SFNYTSTDTS DFSVTPTANV |
-分子 #2: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRLTQGCFSF LPDLTDQQIE KQIAYCITKG WAMNVEWTDD PHPRNSYWEL WGLPLFDVKD PASVMFELRE ARKSCAAGYI RINAFNAAYG TESCVMSFIV NRPSNEPGFY LERQELEGRR IAYTTKSYSV QANPEGGRY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20 mM Tris pH 8.0 20 mM NaCl | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.6 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotted for 2 sec with blot force of 1.. | |||||||||
詳細 | 0.5 mg/mL Rubisco |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Gatan EF |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8861 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 10 frames per second |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Coot was used for model building |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |