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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35071 | |||||||||
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タイトル | Focused cryo-EM map of MsDps2 from MsDps2-DNA complex of Mycobacterium smegmatis | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MsDps2 / cryo-EM / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Dutta S / Garg P | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Focused cryo-EM map of MsDps2 from MsDps2-DNA complex of Mycobacterium smegmatis 著者: Dutta S / Garg P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35071.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35071-v30.xml emd-35071.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35071_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35071.png | 141 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35071.cif.gz | 4.8 KB | ||
その他 | emd_35071_half_map_1.map.gz emd_35071_half_map_2.map.gz | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35071 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35071 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35071_validation.pdf.gz | 862.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35071_full_validation.pdf.gz | 862 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35071_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35071_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35071 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35071 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hx1MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35071_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35071_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Focused cryo-EM map of MsDps2 from MsDps2-DNA complex of Mycobact...
全体 | 名称: Focused cryo-EM map of MsDps2 from MsDps2-DNA complex of Mycobacterium smegmatis |
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要素 |
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-超分子 #1: Focused cryo-EM map of MsDps2 from MsDps2-DNA complex of Mycobact...
超分子 | 名称: Focused cryo-EM map of MsDps2 from MsDps2-DNA complex of Mycobacterium smegmatis タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
-分子 #1: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
分子 | 名称: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 17.854863 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSARRTESDI QGFHATPEFG GNLQKVLVDL IELSLQGKQA HWNVVGSNFR DLHLQLDELV DFAREGSDTI AERMRALDAV PDGRSDTVA ATTTLPEFPA FERSTADVVD LITTRINATV DTIRRVHDAV DAEDPSTADL LHGLIDGLEK QAWLIRSENR K V UniProtKB: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |