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- EMDB-35042: Cryo-EM structure of the the 2-oxoglutarate dehydrogenase (E1) wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35042
タイトルCryo-EM structure of the the 2-oxoglutarate dehydrogenase (E1) with TCAIM complex
マップデータ
試料
  • 複合体: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH and T cell activation inhibitor mitochondrial, TCAIM
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate dehydrogenase(E1)
    • タンパク質・ペプチド: T-cell activation inhibitor, mitochondrial
キーワードTCAIM / Mitochondria / alpha ketoglutarate dehydrogenase / OGDH / proteostasis / DNAJC / single particle cryoEM / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


oxoglutarate dehydrogenase (NAD+) activity / olfactory bulb mitral cell layer development / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / : / succinyl-CoA metabolic process / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / cerebellar cortex development / Lysine catabolism / pyramidal neuron development ...oxoglutarate dehydrogenase (NAD+) activity / olfactory bulb mitral cell layer development / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / : / succinyl-CoA metabolic process / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / cerebellar cortex development / Lysine catabolism / pyramidal neuron development / oxoglutarate dehydrogenase complex / Citric acid cycle (TCA cycle) / thalamus development / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / 2-oxoglutarate metabolic process / striatum development / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / generation of precursor metabolites and energy / mitochondrial membrane / hippocampus development / glycolytic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4461 / Domain of unknown function (DUF4461) / T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal ...Domain of unknown function DUF4461 / Domain of unknown function (DUF4461) / T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E1 / T-cell activation inhibitor, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Yu X / Yang W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-electron microscopic structure of the 2-oxoglutarate dehydrogenase (E1) with TCAIM complex
著者: Yu X / Yang W / Zhong YH / Ma XM / Gao YZ
履歴
登録2022年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.143
最小 - 最大-1.3874857 - 2.456897
平均 (標準偏差)-0.00267383 (±0.082382984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 218.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35042_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35042_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH and T cell activation inhibito...

全体名称: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH and T cell activation inhibitor mitochondrial, TCAIM
要素
  • 複合体: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH and T cell activation inhibitor mitochondrial, TCAIM
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate dehydrogenase(E1)
    • タンパク質・ペプチド: T-cell activation inhibitor, mitochondrial

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超分子 #1: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH and T cell activation inhibito...

超分子名称: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH and T cell activation inhibitor mitochondrial, TCAIM
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 2-oxoglutarate dehydrogenase(E1)

分子名称: 2-oxoglutarate dehydrogenase(E1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HNEMDEPMFT QPLMYKQIRK QKPVLQKYAE LLVSQGVVNQ PEYEEEISKY DKICEEAFAR SKDEKILHIK HWLDSPWPGF FTLDGQPRS MSCPSTGLTE DILTHIGNVA SSVPVENFTI HGGLSRILKT RGEMVKNRTV DWALAEYMAF GSLLKEGIHI R LSGQDVER ...文字列:
HNEMDEPMFT QPLMYKQIRK QKPVLQKYAE LLVSQGVVNQ PEYEEEISKY DKICEEAFAR SKDEKILHIK HWLDSPWPGF FTLDGQPRS MSCPSTGLTE DILTHIGNVA SSVPVENFTI HGGLSRILKT RGEMVKNRTV DWALAEYMAF GSLLKEGIHI R LSGQDVER GTFSHRHHVL HDQNVDKRTC IPMNHLWPNQ APYTVCNSSL SEYGVLGFEL GFAMASPNAL VLWEAQFGDF HN TAQCIID QFICPGQAKW VRQNGIVLLL PHGMEGMGPE HSSARPERFL QMCNDDPDVL PDLKEANFDI NQLYDCNWVV VNC STPGNF FHVLRRQILL PFRKPLIIFT PKSLLRHPEA RSSFDEMLPG THFQRVIPED GPAAQNPENV KRLLFCTGKV YYDL TRERK ARDMVGQVAI TRIEQLSPFP FDLLLKEVQK YPNAELAWCQ EEHKNQGYYD YVKPRLRTTI SRAKPVWYAG RDPAA APAT GNKKTHLTEL QRLLDTAFDL DVFKNFS

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分子 #2: T-cell activation inhibitor, mitochondrial

分子名称: T-cell activation inhibitor, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TTLTSWLDNN GKSAVKKLKN SLPLRKELDR LKDELSHQLQ LSDIRWQRSW GIAHRCSQLH SLSRLAQQNL ETLKKAKGCT IIFTDRSGM SAVGHVMLGT MDVHHHWTKL FERLPSYFDL QRRLMILEDQ ISYLLGGIQV VYIEELQPVL TLEEYYSLLD V FYNRLLKS ...文字列:
TTLTSWLDNN GKSAVKKLKN SLPLRKELDR LKDELSHQLQ LSDIRWQRSW GIAHRCSQLH SLSRLAQQNL ETLKKAKGCT IIFTDRSGM SAVGHVMLGT MDVHHHWTKL FERLPSYFDL QRRLMILEDQ ISYLLGGIQV VYIEELQPVL TLEEYYSLLD V FYNRLLKS RILFHPRSLR GLQMILNSDR YAPSLHELGH FNIPTLCDPA NLQWFILTKA QQARENMKRK EELKVIENEL IQ ASTKKFS LEKLYKEPSI SSIQMVDCCK RLLEQSLPYL HGMHLCISHF YSVMQDGDLC IPWNW

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1342786
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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