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- EMDB-35018: Cryo-EM structure of PpPSI-L -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35018
タイトルCryo-EM structure of PpPSI-L
マップデータCombining three focused refinement maps, smPSI, LHCII and outer LHCI plus Lhcb9
試料
  • 複合体: photosystem I from Physcomitrium patens
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 13種
キーワードLhcb9 / PSI / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I ...plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) ...Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I subunit O / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I subunit O / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / PSI subunit V / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Li M / Pan XW / Sun HY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly and energy transfer of the Lhcb9-dependent photosystem I from moss Physcomitrium patens.
著者: Haiyu Sun / Hui Shang / Xiaowei Pan / Mei Li /
要旨: In plants and green algae, light-harvesting complexes I and II (LHCI and LHCII) constitute the antennae of photosystem I (PSI), thus effectively increasing the cross-section of the PSI core. The moss ...In plants and green algae, light-harvesting complexes I and II (LHCI and LHCII) constitute the antennae of photosystem I (PSI), thus effectively increasing the cross-section of the PSI core. The moss Physcomitrium patens (P. patens) represents a well-studied primary land-dwelling photosynthetic autotroph branching from the common ancestor of green algae and land plants at the early stage of evolution. P. patens possesses at least three types of PSI with different antenna sizes. The largest PSI form (PpPSI-L) exhibits a unique organization found neither in flowering plants nor in algae. Its formation is mediated by the P. patens-specific LHC protein, Lhcb9. While previous studies have revealed the overall architecture of PpPSI-L, its assembly details and the relationship between different PpPSI types remain unclear. Here we report the high-resolution structure of PpPSI-L. We identified 14 PSI core subunits, one Lhcb9, one phosphorylated LHCII trimer and eight LHCI monomers arranged as two belts. Our structural analysis established the essential role of Lhcb9 and the phosphorylated LHCII in stabilizing the complex. In addition, our results suggest that PpPSI switches between different types, which share identical modules. This feature may contribute to the dynamic adjustment of the light-harvesting capability of PSI under different light conditions.
履歴
登録2022年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35018.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Combining three focused refinement maps, smPSI, LHCII and outer LHCI plus Lhcb9
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0188
最小 - 最大-0.03939079 - 0.2498145
平均 (標準偏差)0.0005223833 (±0.0049055596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : photosystem I from Physcomitrium patens

全体名称: photosystem I from Physcomitrium patens
要素
  • 複合体: photosystem I from Physcomitrium patens
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit X
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit O
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: water

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超分子 #1: photosystem I from Physcomitrium patens

超分子名称: photosystem I from Physcomitrium patens / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)

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分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 28.403947 KDa
配列文字列: MAAATAMHST TLAGQSLLKP VNELSRKVGS SEARVTMRR(TPO) VKSTSDSIWY GADRPKYLGP FSGETPSYLT GEFAGD YGW DTAGLSSDPE TFARNRELEV IHARWAMLGA LGCLTPELLA KSGVKFGEAV WFKAGAQIFS EGGLDYLGNP SLVHAQS IL ...文字列:
MAAATAMHST TLAGQSLLKP VNELSRKVGS SEARVTMRR(TPO) VKSTSDSIWY GADRPKYLGP FSGETPSYLT GEFAGD YGW DTAGLSSDPE TFARNRELEV IHARWAMLGA LGCLTPELLA KSGVKFGEAV WFKAGAQIFS EGGLDYLGNP SLVHAQS IL AIWASQVVLM GAVEGYRVAG GPLGEITDPI YPGGSFDPLG LADDPDTFAE LKVKEIKNGR LAMFSMFGFF VQAIVTGK G PLENLNDHLA DPVANNAWAY ATNFVPGN

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 25.931562 KDa
配列文字列: MASAMATAAA AQVSRVVTGV ATAQKSSFFA GSSSVSLLGC SNGSRVCMAE WLPGNPRPSY LDGSAPGDFG FDPLGLGEVP ENLERFKES ELIHARWAML AVPGVLIPEA LGYGNWVSAQ KWAATPGGQA TYLGNPVPWG NLPVILAIEF LAIAFAESQR N GEPDPEKR ...文字列:
MASAMATAAA AQVSRVVTGV ATAQKSSFFA GSSSVSLLGC SNGSRVCMAE WLPGNPRPSY LDGSAPGDFG FDPLGLGEVP ENLERFKES ELIHARWAML AVPGVLIPEA LGYGNWVSAQ KWAATPGGQA TYLGNPVPWG NLPVILAIEF LAIAFAESQR N GEPDPEKR KYPGGAFDPL GFSKGANLEE LKLKEIKNGR LALVAFLGFA VQAIAYPGTG PLENLKTHLA DPWHNTIAHV II PRSVL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 29.036998 KDa
配列文字列: MASAVCASSN VAVVAGPSTS KVVNSAGPAR TSLLAGRVRR VTRIAASPQA EAPVPAQPSL PNNDRPLWFP GSQPPEWLDG SLPGDFGFD PLGLGSDPEL LKWFVQAELV HCRWAMLGAA GIFIPEALTK AGILNTPSWT VAGDQQYFTD ATTLFVIEII L FAWAEGRR ...文字列:
MASAVCASSN VAVVAGPSTS KVVNSAGPAR TSLLAGRVRR VTRIAASPQA EAPVPAQPSL PNNDRPLWFP GSQPPEWLDG SLPGDFGFD PLGLGSDPEL LKWFVQAELV HCRWAMLGAA GIFIPEALTK AGILNTPSWT VAGDQQYFTD ATTLFVIEII L FAWAEGRR WADIINPGCV NVDPVFPNNK LTGTDVGYPG GLWFDPLGWG QTGDAAKLKD LRTREIKNGR LAMLAVLGAV VQ ANYTHTG PIDNLLAHLA DPGHNTIFAL SNLVGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 34.673801 KDa
配列文字列: MRTFNLTHLS FPSIGVFLSP LSCIESRVAG VQVCSAMATR VAAGCAVSSF AAKVSPSAFE GKRSAVFGTN LPSTFYVVSK KASSSAKTV VTKAQLSPTG GSKRSLIFAS KQSLSYLDGT LPGDYGFDPL GLMDPEGAGG FIDPQWLPYA EIINGRFAML G AAGAIAPE ...文字列:
MRTFNLTHLS FPSIGVFLSP LSCIESRVAG VQVCSAMATR VAAGCAVSSF AAKVSPSAFE GKRSAVFGTN LPSTFYVVSK KASSSAKTV VTKAQLSPTG GSKRSLIFAS KQSLSYLDGT LPGDYGFDPL GLMDPEGAGG FIDPQWLPYA EIINGRFAML G AAGAIAPE VLGRIGLIPQ ETAIPWFQSG VIPPVGNYSY WADPYTLFVL EMALMGFAEH RRAQDYYKPG SMGKQYFLGL EK FLGGSGN PAYPGGPIFN FLGFGKNEKE LQELKVKEVK NGRLAMMAVL GYFTQAIFTG VGPFQNLLDH LADPVHNNVL TNL KIH

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 28.818881 KDa
配列文字列: MASAVCASSS VAAVAAPSTS KVVSNVGSAR TSFLAGRALR TTQVCGAAKG DMTVSATLTG NKTDRPLWLP GSEAPKWLDG SLPGDYGFD PLDLAAEPGR LNWMVQAELV HCRWAMLGAA GIFIPELLTK IGILNTPSWY KAGDATYFAD QGTLFIVELL L MAWAESRR ...文字列:
MASAVCASSS VAAVAAPSTS KVVSNVGSAR TSFLAGRALR TTQVCGAAKG DMTVSATLTG NKTDRPLWLP GSEAPKWLDG SLPGDYGFD PLDLAAEPGR LNWMVQAELV HCRWAMLGAA GIFIPELLTK IGILNTPSWY KAGDATYFAD QGTLFIVELL L MAWAESRR WADIARPGSV NTDPIFPNNK LTGTDVGYPG GLWFDPLGWG SGSEDKLKEI RTKEVKNGRL AMLAVLGAFV QA NVTHVGP IDNLFAHLAD PYHTTILQSL FGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 83.226508 KDa
配列文字列: MTIRSPEPEV KIMVEKDPVK TSFEKWAKPG HFSRTLAKGP NTTTWIWNLH ADAHDFDSHT NDLEEISRKV FSAHFGQLAV IFIWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIK PSAQVVWPIV GQKILNGDVG GGFQGIQITS GFFQLWRASG ITSELQLYTT A IGGLIFAA ...文字列:
MTIRSPEPEV KIMVEKDPVK TSFEKWAKPG HFSRTLAKGP NTTTWIWNLH ADAHDFDSHT NDLEEISRKV FSAHFGQLAV IFIWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIK PSAQVVWPIV GQKILNGDVG GGFQGIQITS GFFQLWRASG ITSELQLYTT A IGGLIFAA LMLFAGWFHY HKAAPKLAWF QNVESMLNHH LAGLLGLGSL AWAGHQVHVS LPINRLLDAG VDPKEIPLPH EF ILNRDLL AQLYPSFSKG LTPFFTLNWS EYSDFLTFRG GLNPVTGGLW LTDTAHHHLA IAVLFLVAGH MYRTNFGIGH SMK EILEAH KGPFTGEGHK GLYEILTTSW HAQLAINLAM LGSLTIIVAH HMYAMPPYPY LATDYATQLS LFTHHMWIGG FLVV GAAAH AAIFMVRDYD PTTQYNNLLD RVLRHRDAII SHLNWVCIFL GFHSFGLYIH NDTMSALGRP QDMFSDTAIQ LQPVF AQWI QNTHALAPSL TAPNATASTS LTWGGGDLVA VGGKVALLPI PLGTADFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRL IPD KANLGFRFPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNAISV VIFHFSWKMQ SDVWGSISDQ GVVTHITGGN FAQSSIT IN GWLRDFLWAQ ASQVIQSYGS SLSAYGLLFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLKVAPAI QPRALSIV Q GRAVGVAHYL LGGIATTWAF FLARIISVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #7: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 82.44775 KDa
配列文字列: MASRFPKFSR GLSQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDMTEE RLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEAWGQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNQDLYGGS IFLLFVSALF LIAGWLHLQP K WKPSVSWF ...文字列:
MASRFPKFSR GLSQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDMTEE RLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEAWGQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNQDLYGGS IFLLFVSALF LIAGWLHLQP K WKPSVSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPESRGEHVR WNNLLTALPH PQGLGPFFAG QWNVYAQNPD SN SHLFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVIFIIA GHMYRTNFGI GHSMKEILEA HTPPGGRLGR GHK GLYDTI NNSLHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYSLP PYAFLAQDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMTGA FAHGAIFFIR DYNP EQNKD NVLARMLEHK EAIISHLSWA SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPVFAQWIQS AHGKALYGFD VLLSS ADSP AFNAGQTLWL PGWLDAINNN SNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKEFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHITLWQ GNVAQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLVR WKDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #8: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 8.781153 KDa
配列文字列:
MAHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKASQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 22.183309 KDa
配列文字列: MAALAATSAA SIALAIPQAS SGASTSRSVN LRLSGIQGQK LAAVCNGSRV VAKAAGAAPD ATAEAPKGFT PPTLNADTPA PIFGGSTGG LLRKAQVEEF YVITWESPKE QIFEMPTGGA AIMRSGPNLL KLARKEQCLA LGARLRTKFK IQYQFYRVFP N GEVQYLHP ...文字列:
MAALAATSAA SIALAIPQAS SGASTSRSVN LRLSGIQGQK LAAVCNGSRV VAKAAGAAPD ATAEAPKGFT PPTLNADTPA PIFGGSTGG LLRKAQVEEF YVITWESPKE QIFEMPTGGA AIMRSGPNLL KLARKEQCLA LGARLRTKFK IQYQFYRVFP N GEVQYLHP KDGVYPEKVN AGRTAVGVNN RSIGQNANPA ELKFAHKQAY DL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 13.919796 KDa
配列文字列:
MSTAVSSFVG VASNAVAATG AATSSMFSTK VPCRPLSMVV SGRNSARLVV RAEEAAAAPP AKKEAQPVIG PKRGSIVKVL RRESYWFND TGKVVAVDQA PGVRYPVVVR FDKVNYAGVS TNNYSPDELE QSA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 26.112318 KDa
配列文字列: MASVTMAAIA PAGLVAPLCK DVSSRTAISG ARASVFVKSS KARIVCSTSA DETSTVAETA GKFATALALA AVVGSSDFVV PDARADVAG LTPCKESKGF AKRQKQEIKK LEGRLKLYAP DSAPALAINA TIEKTKRRFE FYGNQGLLCG TDGLPHLIVD G DQAHLGEF ...文字列:
MASVTMAAIA PAGLVAPLCK DVSSRTAISG ARASVFVKSS KARIVCSTSA DETSTVAETA GKFATALALA AVVGSSDFVV PDARADVAG LTPCKESKGF AKRQKQEIKK LEGRLKLYAP DSAPALAINA TIEKTKRRFE FYGNQGLLCG TDGLPHLIVD G DQAHLGEF VYPGLVFLYI AGWIGWVGRA YLIDVRTSKK PTEKEIIIDV PLALRIMSKG LTWPVAAIGE LRSGKLVEKS SN ITVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 16.231396 KDa
配列文字列:
MASCAASMTG VAASSLSLKA NFSGLRRGTK VDSIAMSRSS SFASKTAIAK SSGKVTCEAN TALTITLSTG ALLFLGRFVF LPFQRDNVS RQGLPVQNGV THFDAGDSRA QEVTSFLKTN DPAGFTIVDV LAWGALGHAV GFFILATINN GYNPQF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 14.506459 KDa
配列文字列:
MAAASATMAV SGLAGSSLAG QKFAIAPAKS VSVRSPSKVG AISAKYGEKS VYFDLGEIDN TTGNWDLYGN DDPNRYNGFQ NKFFETFAG AFTKRGLLLK FLVLGGATTI GYLGSTSSGD LLAIKNGPKQ APIMGPRGRK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 4.017787 KDa
配列文字列:
MTASYLPSIF VPLIGLVFPA ITMASLFIYI EQDEII

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 4.59746 KDa
配列文字列:
MQDVKTYLST APVLATLWFG FLAGLLIEIN RFFPDALVLP L

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #16: Photosystem I subunit X

分子名称: Photosystem I subunit X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 13.278444 KDa
配列文字列:
MAAMATTMSV ATVRQFEGLK ATTSSFSKPL PSLALRKTAG KGALGARCDY IGSSTNLIMV ASTTLMLFAG RFGLAPSANR KSTAGLKLV DRDSGLQTGD PAGFTATDTL ACGALGHVIG VGIVLGLKAT AGL

UniProtKB: PSI-K

+
分子 #17: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 23.530299 KDa
配列文字列: MAAAAMTRAG GLLAMERVQR VSKTTGAVSN RTFLGNVRGL RATSAPQALR VKVMAVRAGA EKYQVIEPLN GDPFIGGFET PVTSSPLIA WYLSNLPAYR TAVAPLLRGV EIGLAHGYLL VGPFVLAGPL RNSAVRGEAG SLAAAGLVTI LTMCLTIYGI A SFKEGEAS ...文字列:
MAAAAMTRAG GLLAMERVQR VSKTTGAVSN RTFLGNVRGL RATSAPQALR VKVMAVRAGA EKYQVIEPLN GDPFIGGFET PVTSSPLIA WYLSNLPAYR TAVAPLLRGV EIGLAHGYLL VGPFVLAGPL RNSAVRGEAG SLAAAGLVTI LTMCLTIYGI A SFKEGEAS KAPSLTLTGR QKEADKLQTA EGWASFTGGW FFGGLSGVAW AYFLLYVINL PYPVK

UniProtKB: PSI subunit V

+
分子 #18: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 3.412051 KDa
配列文字列:
MTSISDSQII VALVSAFITG ILALRLGKSL YQ

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #19: Photosystem I subunit O

分子名称: Photosystem I subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 15.393113 KDa
配列文字列:
MAMTATSMAM PAVAGLGSSS ILARRSPKLQ LTSAFVGGAI KVNKPLCMSR VTCFNRDWLR KDLSVIGFGL IGWLAPSSLP VINGNSLTG LFLGSIGPEL AHFPTGPALT SPFWLWMITW HVGLFIVLTL GQIGFKGRQD GYWN

UniProtKB: Photosystem I subunit O

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 33.175734 KDa
配列文字列: MASMAIQGVV APAVGAFGSS KCFQKKPSSI SSSSWTCQAV SKGEGTADAP TVSLEGVINA VQQAPSADPA PEALLAESTS NGSTATMTG IAEWYKVYGK SVAPDQDARA PYYGPNRPLW KGPFTKPKDV PEYLKGEYPG DYGCDIFKLA RLPANYARLR T QELMNGRW ...文字列:
MASMAIQGVV APAVGAFGSS KCFQKKPSSI SSSSWTCQAV SKGEGTADAP TVSLEGVINA VQQAPSADPA PEALLAESTS NGSTATMTG IAEWYKVYGK SVAPDQDARA PYYGPNRPLW KGPFTKPKDV PEYLKGEYPG DYGCDIFKLA RLPANYARLR T QELMNGRW AMLGITGCLT PELINSNSTP GFEPVWFNTG AQIFSDAGID YLGVPGFINA HSLFAVIVVQ ALLMGLAEYA RI KFVPEGA DPFYPGGKTF DPLGFSSDPE ILAELKVKEI KNGRLAMMAM AGLFAQGAVT GVSPLQNLHD WLHL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #21: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 49 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 221 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #23: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 17 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #24: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 11 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #25: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 4 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 15 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #27: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 33 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 6 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #29: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #30: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #31: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #32: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #33: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ksq


詳細: 5ZJI 7D0J
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144586
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る