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万見
- EMDB-34958: Cryo-EM structure of the CnCas12f1-sgRNA-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34958
タイトルCryo-EM structure of the CnCas12f1-sgRNA-DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of CnCas12f1-sgRNA-DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transposase
    • RNA: sgRNASubgenomic mRNA
    • DNA: DNA (28-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
キーワードComplex / CRISPR-Cas (CRISPR) / RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性Transposase IS605, OrfB, C-terminal / Putative transposase DNA-binding domain / transposition / DNA recombination / DNA binding / Transposase
機能・相同性情報
生物種Clostridium novyi (ノビイ菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Li F / Ji Q
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21922705 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2207783 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753127 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and engineering of miniature Clostridium novyi CRISPR-Cas12f1 with rare C-rich PAM specificity
著者: Li F / Ji Q
履歴
登録2022年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34958.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-1.6911359 - 2.6486044
平均 (標準偏差)-0.0004276748 (±0.037480395)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34958_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34958_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of CnCas12f1-sgRNA-DNA

全体名称: Ternary complex of CnCas12f1-sgRNA-DNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of CnCas12f1-sgRNA-DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transposase
    • RNA: sgRNASubgenomic mRNA
    • DNA: DNA (28-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*A)-3')

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超分子 #1: Ternary complex of CnCas12f1-sgRNA-DNA

超分子名称: Ternary complex of CnCas12f1-sgRNA-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium novyi (ノビイ菌)

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分子 #1: Transposase

分子名称: Transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium novyi (ノビイ菌)
分子量理論値: 58.60968 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MITVRKIKLT IMGDKDTRNS QYKWIRDEQY NQYRALNMGM TYLAVNDILY MNESGLEIRT IKDLKDCEKD IDKNKKEIEK LTARLEKEQ NKKNSSSEKL DEIKYKISLV ENKIEDYKLK IVELNKILEE TQKERMDIQK EFKEKYVDDL YQVLDKIPFK H LDNKSLVT ...文字列:
MITVRKIKLT IMGDKDTRNS QYKWIRDEQY NQYRALNMGM TYLAVNDILY MNESGLEIRT IKDLKDCEKD IDKNKKEIEK LTARLEKEQ NKKNSSSEKL DEIKYKISLV ENKIEDYKLK IVELNKILEE TQKERMDIQK EFKEKYVDDL YQVLDKIPFK H LDNKSLVT QRIKADIKSD KSNGLLKGER SIRNYKRNFP LMTRGRDLKF KYDDNDDIEI KWMEGIKFKV ILGNRIKNSL EL RHTLHKV IEGKYKICDS SLQFDKNNNL ILNLTLDIPI DIVNKKVSGR VVGVDLGLKI PAYCALNDVE YIKKSIGRID DFL KVRTQM QSRRRRLQIA IQSAKGGKGR VNKLQALERF AEKEKNFAKT YNHFLSSNIV KFAVSNQAEQ INMELLSLKE TQNK SILRN WSYYQLQTMI EYKAQREGIK VKYIDPYHTS QTCSKCGNYE EGQRESQADF ICKKCGYKVN ADYNAARNIA MSNKY ITKK EESKYYKIKE SMV

UniProtKB: Transposase

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分子 #2: sgRNA

分子名称: sgRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 75.498406 KDa
配列文字列: AACAUAGUUA AACUAAUAAA AACAGGGCGA UUUAACGUCC UAAGGCUGAG AGAAGUUUUU UCUACUCGGC AAGGGUUAAU CUCGAUUGU UGUGUUACCG AUCGAGCGUU UCACAAAAUG CGAGAGAAAU CUCGCAUUUU UAAUUUUGCA GUAAGGCUAG U UUUUAUAU ...文字列:
AACAUAGUUA AACUAAUAAA AACAGGGCGA UUUAACGUCC UAAGGCUGAG AGAAGUUUUU UCUACUCGGC AAGGGUUAAU CUCGAUUGU UGUGUUACCG AUCGAGCGUU UCACAAAAUG CGAGAGAAAU CUCGCAUUUU UAAUUUUGCA GUAAGGCUAG U UUUUAUAU AAAUAUGCUA UAACUAGGGU UUUAGUUUAA CUAUGUGAAA UGUAAAUAAU AGAUGUGAAG UCGCUUU

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分子 #3: DNA (28-MER)

分子名称: DNA (28-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.612591 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA) (DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)

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分子 #4: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.547643 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100719
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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