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万見
- EMDB-34906: Cryo-EM structure of AdTx1-alpha1AAR-Nb6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34906
タイトルCryo-EM structure of AdTx1-alpha1AAR-Nb6
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of AdTx1-alpha1AAR-Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Toxin AdTx1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-1A adrenergic receptor
    • タンパク質・ペプチド: Nb6
キーワードToxin / alpha1AAR / GPCR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / pilomotor reflex / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of action potential ...negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / pilomotor reflex / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of action potential / positive regulation of smooth muscle contraction / adult heart development / calcium ion transport into cytosol / Adrenoceptors / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / smooth muscle contraction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of cardiac muscle contraction / response to hormone / negative regulation of autophagy / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / caveola / MAPK cascade / G alpha (12/13) signalling events / cell-cell signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / toxin activity / nuclear membrane / G alpha (q) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha 1A adrenoceptor / Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Adrenoceptor family / Snake toxin-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Alpha 1A adrenoceptor / Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Adrenoceptor family / Snake toxin-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1A adrenergic receptor / Toxin AdTx1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Dendroaspis angusticeps (コブラ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu X / Shi M
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32122041 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100968 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of AdTx1-alpha1AAR-Nb6
著者: Liu X / Shi M
履歴
登録2022年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34906.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å		1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å		1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.893549 - 6.314351
平均 (標準偏差)-0.0012309162 (±0.11135664)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 207.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34906_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34906_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of AdTx1-alpha1AAR-Nb6

全体名称: Complex of AdTx1-alpha1AAR-Nb6
要素
  • 複合体: Complex of AdTx1-alpha1AAR-Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Toxin AdTx1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-1A adrenergic receptor
    • タンパク質・ペプチド: Nb6

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超分子 #1: Complex of AdTx1-alpha1AAR-Nb6

超分子名称: Complex of AdTx1-alpha1AAR-Nb6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Toxin AdTx1

分子名称: Toxin AdTx1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dendroaspis angusticeps (コブラ)
分子量理論値: 7.743749 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia (蝶・蛾)
配列文字列:
GPGSGSLTCV TSKSIFGITT EDCPDGQNLC FKRRHYVVPK IYDSTRGCAA TCPIPENYDS IHCCKTDKCN E

UniProtKB: Toxin AdTx1

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分子 #2: Alpha-1A adrenergic receptor

分子名称: Alpha-1A adrenergic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.825605 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAMV FLSGQASDSS QCTQPPAPVQ ISKAILLGVI LGGLILFGVL GNILVILSVA CHRHLHSVTH YYIVNLAVAD LLLTSTVLP FSAIFEVLGY WAFGRVFCNI WAAVDVLCCT ARIWGLCIIS IDRYIGVSYP LRYPTIVTQR RGLMALLCVW A LSLVISIG ...文字列:
DYKDDDDAMV FLSGQASDSS QCTQPPAPVQ ISKAILLGVI LGGLILFGVL GNILVILSVA CHRHLHSVTH YYIVNLAVAD LLLTSTVLP FSAIFEVLGY WAFGRVFCNI WAAVDVLCCT ARIWGLCIIS IDRYIGVSYP LRYPTIVTQR RGLMALLCVW A LSLVISIG PLFGWRQPAP EDETICQINE EPGYVLFSAL GSFYLPLAII LVMYCRVYVV AKRVRLLSGS REKDRNLRKA AK TLGIVVG CFVLCWLPFF LVMPIGSFFP DFKPSETVFK IVFWLGYLNS CINPIIYPCS SQEFKKAFQN VLRIQCLCRK QSS KHALGY TLHPPSQAVE GQHHHHHHHH

UniProtKB: Alpha-1A adrenergic receptor

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分子 #3: Nb6

分子名称: Nb6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.730255 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAQVQLQESG GGLVQAGESL RLSCAASGTI FRLYDMGWYR RVSGNQRELV ASITSGGSTK YGDSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMSSLKP EDTAVYYCNA EYRTGIWEEL LDGWGQGTQV TVSSHHHHHH EPEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 616710
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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