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- EMDB-34883: Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34883
タイトルBry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans
マップデータ
試料
  • 複合体: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II homotrimer
    • タンパク質・ペプチド: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
  • リガンド: Siphonein
  • リガンド: Siphonaxanthin
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
キーワードlight-harvesting complexes / siphonaxanthin / siphonein / PHOTOSYNTHESIS
生物種Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Li ZH / Shen JR / Wang WD
資金援助 中国, 9件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural and functional properties of different types of siphonous LHCII trimers from an intertidal green alga Bryopsis corticulans.
著者: Zhenhua Li / Cuicui Zhou / Songhao Zhao / Jinyang Zhang / Xueyang Liu / Min Sang / Xiaochun Qin / Yanyan Yang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the ...Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the structure of a siphonous-type LHCII trimer from the intertidal green alga Bryopsis corticulans by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM), and analyzed its functional properties by spectral analysis. The Bryopsis LHCII (Bry-LHCII) structures in both homotrimeric and heterotrimeric form show that green light-absorbing siphonaxanthin and siphonein occupied the sites of lutein and violaxanthin in plant LHCII, and two extra chlorophylls (Chls) b replaced Chls a. Binding of these pigments expands the blue-green light absorption of B. corticulans in the tidal zone. We observed differences between the Bry-LHCII homotrimer crystal and cryo-EM structures, and also between Bry-LHCII homotrimer and heterotrimer cryo-EM structures. These conformational changes may reflect the flexibility of Bry-LHCII, which may be required to adapt to light fluctuations from tidal rhythms.
履歴
登録2022年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34883.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.207
最小 - 最大-0.28215462 - 0.9033468
平均 (標準偏差)0.0021250849 (±0.023695972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34883_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34883_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting comple...

全体名称: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II homotrimer
要素
  • 複合体: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II homotrimer
    • タンパク質・ペプチド: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
  • リガンド: Siphonein
  • リガンド: Siphonaxanthin
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

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超分子 #1: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting comple...

超分子名称: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II homotrimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)

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分子 #1: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex I...

分子名称: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ)
分子量理論値: 26.696133 KDa
配列文字列: MASAMIAQTV VGAQAARATK QVTRAAVEFY GPDRALWLGP YSEGAVPSYL TGEFPGDYGW DSAGLSADPE TFAANRELEL IHARWAMLG TVGCLTPEAL EKYGGVEFGE AVWFKAGSQI FAEGGLDYLG NPSLVHAQSI LAICWTQVVL MGLAEGYRCS G GPLGEATD ...文字列:
MASAMIAQTV VGAQAARATK QVTRAAVEFY GPDRALWLGP YSEGAVPSYL TGEFPGDYGW DSAGLSADPE TFAANRELEL IHARWAMLG TVGCLTPEAL EKYGGVEFGE AVWFKAGSQI FAEGGLDYLG NPSLVHAQSI LAICWTQVVL MGLAEGYRCS G GPLGEATD PLYPGEAFDP MGMADDPETF AELKTKEIKN GRLAMFAMFG FFVQSLQTGK GPVECWAEHI ADPVANNGFV YA TKFFGAQ IF

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分子 #2: Siphonein

分子名称: Siphonein / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: 0UR
分子量理論値: 781.157 Da
Chemical component information

ChemComp-0UR:
Siphonein

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分子 #3: Siphonaxanthin

分子名称: Siphonaxanthin / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: 0IE
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-0IE:
Siphonaxanthin / シホナキサンチン

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分子 #4: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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分子 #5: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 24 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

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分子 #6: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 18 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

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分子 #7: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 614955
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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