EMDB-34873: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 focused on NTD_3711 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-34873

タイトル

S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 focused on NTD_3711 sub-complex

マップデータ

試料

複合体: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 focused on NTD_3711 sub-complex

キーワード

SARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Zhang YY / Guo YY

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A SARS-CoV-2 Spike N-terminal domain neutralizing antibody targets on a glycans shielded silent face and inhibits virus entry via hindering the recognition of RBD and hACE2
著者: Zhang YY / Guo YY / Zhou Q

履歴

登録	2022年11月29日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年6月5日	-
マップ公開	2024年6月5日	-
更新	2024年6月5日	-
現状	2024年6月5日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_34873.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_34873.map.gz	85.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-34873-v30.xml emd-34873.xml	11.8 KB 11.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_34873.png	28.1 KB
Filedesc metadata	emd-34873.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_34873_half_map_1.map.gz emd_34873_half_map_2.map.gz	71.2 MB 71.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34873	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_34873_validation.pdf.gz	797.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_34873_full_validation.pdf.gz	797.4 KB	表示
XML形式データ	emd_34873_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_34873_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34873	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	34872C 34874C 34875C 8hlcC 8hldC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_34873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.087 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.03
最小 - 最大	-0.11055336 - 0.16803357
平均 (標準偏差)	0.00010654919 (±0.002995199)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_34873_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_34873_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 focused on NTD_3711 ...

全体	名称: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 focused on NTD_3711 sub-complex
要素	複合体: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 focused on NTD_3711 sub-complex

-
超分子 #1: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 focused on NTD_3711 ...

超分子	名称: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 3711 focused on NTD_3711 sub-complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 176801
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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