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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34794 | ||||||||||||
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タイトル | Radial spoke 3 of zebrafish sperm axoneme, WT | ||||||||||||
マップデータ | radial spoke 3, WT zebrafish sperm axoneme | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yamaguchi H / Kikkawa M | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Calaxin stabilizes the docking of outer arm dyneins onto ciliary doublet microtubule in vertebrates. 著者: Hiroshi Yamaguchi / Motohiro Morikawa / Masahide Kikkawa / 要旨: Outer arm dynein (OAD) is the main force generator of ciliary beating. Although OAD loss is the most frequent cause of human primary ciliary dyskinesia, the docking mechanism of OAD onto the ciliary ...Outer arm dynein (OAD) is the main force generator of ciliary beating. Although OAD loss is the most frequent cause of human primary ciliary dyskinesia, the docking mechanism of OAD onto the ciliary doublet microtubule (DMT) remains elusive in vertebrates. Here, we analyzed the functions of Calaxin/Efcab1 and Armc4, the two of five components of vertebrate OAD-DC (docking complex), using zebrafish spermatozoa and cryo-electron tomography. Mutation of caused complete loss of OAD, whereas mutation of caused only partial loss of OAD. Detailed structural analysis revealed that OADs are tethered to DMT through DC components other than Calaxin, and that recombinant Calaxin can autonomously rescue the deficient DC structure and the OAD instability. Our data demonstrate the discrete roles of Calaxin and Armc4 in the OAD-DMT interaction, suggesting the stabilizing process of OAD docking onto DMT in vertebrates. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34794.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34794-v30.xml emd-34794.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34794_fsc.xml | 3.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34794.png | 75.8 KB | ||
マスクデータ | emd_34794_msk_1.map | 1.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_34794_additional_1.map.gz emd_34794_half_map_1.map.gz emd_34794_half_map_2.map.gz | 247.7 KB 1.2 MB 1.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34794 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34794 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34794_validation.pdf.gz | 714.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34794_full_validation.pdf.gz | 713.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34794_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34794_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34794 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34794 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | radial spoke 3, WT zebrafish sperm axoneme | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34794_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: masked
ファイル | emd_34794_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | masked | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map2, unmasked
ファイル | emd_34794_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map2, unmasked | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map1, unmasked
ファイル | emd_34794_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map1, unmasked | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Radial spoke 3 of zebrafish sperm axoneme, WT
全体 | 名称: Radial spoke 3 of zebrafish sperm axoneme, WT |
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要素 |
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-超分子 #1: Radial spoke 3 of zebrafish sperm axoneme, WT
超分子 | 名称: Radial spoke 3 of zebrafish sperm axoneme, WT / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 株: TL / 器官: testis / 組織: spermatozoa / Organelle: flagella / 細胞中の位置: axoneme |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 詳細: 30 mM HEPES at pH 7.2, 5 mM MgSO4, 1 mM dithiothreitol, 1 mM EGTA, and 50 mM CH3COOK |
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 35 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.45 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 15000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |