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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of A2BR bound to synthetic agonists BAY 60-6583 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of chronic inflammatory response to non-antigenic stimulus / positive regulation of cGMP-mediated signaling / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / : / positive regulation of mast cell degranulation / Surfactant metabolism / relaxation of vascular associated smooth muscle / mast cell degranulation / cGMP-mediated signaling ...positive regulation of chronic inflammatory response to non-antigenic stimulus / positive regulation of cGMP-mediated signaling / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / : / positive regulation of mast cell degranulation / Surfactant metabolism / relaxation of vascular associated smooth muscle / mast cell degranulation / cGMP-mediated signaling / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / positive regulation of chemokine production / adenylate cyclase activator activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / trans-Golgi network membrane / G protein-coupled receptor activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / bone development / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / vasodilation / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Schaffer collateral - CA1 synapse / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cognition / platelet aggregation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / positive regulation of interleukin-6 production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / sensory perception of smell / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / presynapse / Ca2+ pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / GTP binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
![]() | Cai H / Xu Y / Xu HE / Jiang Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of adenosine receptor AR bound to endogenous and synthetic agonists. 著者: Hongmin Cai / Youwei Xu / Shimeng Guo / Xinheng He / Jun Sun / Xin Li / Changyao Li / Wanchao Yin / Xi Cheng / Hualiang Jiang / H Eric Xu / Xin Xie / Yi Jiang / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 111.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 36.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 98.4 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hdoMC ![]() 8hdpC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34676_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34676_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : A2BR-G protein-BAY 60-6583 complex
全体 | 名称: A2BR-G protein-BAY 60-6583 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: A2BR-G protein-BAY 60-6583 complex
超分子 | 名称: A2BR-G protein-BAY 60-6583 complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: Chimeric miniGs
分子 | 名称: Chimeric miniGs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 29.048932 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKMIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGADN SGKSTIVKQM RIYHVNSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA ...文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKMIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGADN SGKSTIVKQM RIYHVNSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA RYTTPEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCS VDTENARRIF NDCRDIIQRM HL RQYELL |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.915496 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L |
-分子 #4: Nanobody 35
分子 | 名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.885439 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSS |
-分子 #5: Adenosine A2b receptor
分子 | 名称: Adenosine A2b receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 36.359891 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLLETQDALY VALELVIAAL SVAGNVLVCA AVGTANTLQT PTNYFLVSLA AADVAVGLFA IPFAITISLG FCTDFYGCLF LACFVLVLT QSSIFSLLAV AVDRYLAICV PLRYKSLVTG TRARGVIAVL WVLAFGIGLT PFLGWNSKDS ATNNCTEPWD G TTNESCCL ...文字列: MLLETQDALY VALELVIAAL SVAGNVLVCA AVGTANTLQT PTNYFLVSLA AADVAVGLFA IPFAITISLG FCTDFYGCLF LACFVLVLT QSSIFSLLAV AVDRYLAICV PLRYKSLVTG TRARGVIAVL WVLAFGIGLT PFLGWNSKDS ATNNCTEPWD G TTNESCCL VKCLFENVVP MSYMVYFNFF GCVLPPLLIM LVIYIKIFLV ACRQLQRTEL MDHSRTTLQR EIHAAKSLAM IV GIFALCW LPVHAVNCVT LFQPAQGKNK PKWAMNMAIL LSHANSVVNP IVYAYRNRDF RYTFHKIISR YLLCQADVKS GNG QAGVQP ALGVGL |
-分子 #6: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-分子 #7: 2-[6-azanyl-3,5-dicyano-4-[4-(cyclopropylmethoxy)phenyl]pyridin-2...
分子 | 名称: 2-[6-azanyl-3,5-dicyano-4-[4-(cyclopropylmethoxy)phenyl]pyridin-2-yl]sulfanylethanamide タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: I5D |
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分子量 | 理論値: 379.436 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-I5D: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 840466 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8hdo: |