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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34575 | |||||||||||||||
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タイトル | Human ATP synthase state 3a subregion 1 | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATP synthase / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.71 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Lai Y / Zhang Y / Liu F / Gao Y / Gong H / Rao Z | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023 タイトル: Structure of the human ATP synthase 著者: Lai Y / Zhang Y / Liu F / Gao Y / Gong H / Rao Z | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34575.map.gz | 482.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34575-v30.xml emd-34575.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34575.png | 65.8 KB | ||
その他 | emd_34575_half_map_1.map.gz emd_34575_half_map_2.map.gz | 475.4 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34575 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34575 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34575_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34575_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34575_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34575_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34575 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34575 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34575_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34575_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human ATP synthase
全体 | 名称: Human ATP synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: Human ATP synthase
超分子 | 名称: Human ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 600 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45418 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |