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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34524 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC6714 Cascade at 3.8 angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Type I-B / CRISPR-Cas / Cascade / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | CRISPR type MYXAN-associated protein Cmx8 / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal / defense response to virus / Uncharacterized protein / Fruiting body developmental protein R-like protein / Type I-MYXAN CRISPR-associated protein Cmx8 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Xiao Y / Lu M / Yu C / Zhang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC6714 Cascade at 3.8 angstrom resolution 著者: Xiao Y / Lu M / Yu C / Zhang Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34524.map.gz | 42.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34524-v30.xml emd-34524.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34524.png | 60 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34524.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_34524_half_map_1.map.gz emd_34524_half_map_2.map.gz | 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34524 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34524 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34524_validation.pdf.gz | 966.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34524_full_validation.pdf.gz | 966 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34524_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34524_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34524 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34524 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h7qMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34524.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.375 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34524_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34524_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Type I-B Cascade
全体 | 名称: Type I-B Cascade |
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要素 |
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-超分子 #1: Type I-B Cascade
超分子 | 名称: Type I-B Cascade / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #6, #4-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) |
-分子 #1: CRISPR RNA
分子 | 名称: CRISPR RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 11.380655 KDa |
配列 | 文字列: UUUAUCACCG UGUCCCCAAU CUGGAUAUUU UGUGUG |
-分子 #2: Target DNA
分子 | 名称: Target DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.847038 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) |
-分子 #3: Non target DNA
分子 | 名称: Non target DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.42226 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA) (DA) |
-分子 #4: CRISPR associated protein Cas8
分子 | 名称: CRISPR associated protein Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) / 株: PCC 6714 |
分子量 | 理論値: 33.789074 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSNLNLFATI LTYPAPASNY RGESEENRSV IQKILKDGQK YAIISPESMR NALREMLIEL GQPNNRTRLH SEDQLAVEFK EYPNPDKFA DDFLFGYMVA QTNDAKEMKK LNRPAKRDSI FRCNMAVAVN PYKYDTVFYQ SPLNAGDSAW KNSTSSALLH R EVTHTAFQ ...文字列: MSNLNLFATI LTYPAPASNY RGESEENRSV IQKILKDGQK YAIISPESMR NALREMLIEL GQPNNRTRLH SEDQLAVEFK EYPNPDKFA DDFLFGYMVA QTNDAKEMKK LNRPAKRDSI FRCNMAVAVN PYKYDTVFYQ SPLNAGDSAW KNSTSSALLH R EVTHTAFQ YPFALAGKDC AAKPEWVKAL LQAIAELNGV AGGHARAYYE FAPRSVVARL TPKLVAGYQT YGFDAEGNWL EL SRLTATD SDNLDLPANE FWLGGELVRK MDQEQKAQLE AMGAHLYANP EKLFADLADS FLGV UniProtKB: Fruiting body developmental protein R-like protein |
-分子 #5: CRISPR associated protein Cas11b
分子 | 名称: CRISPR associated protein Cas11b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) / 株: PCC 6714 |
分子量 | 理論値: 14.5385 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTVATTKTRE YAEIVYKIAQ GFVLSKLSSK HDLQWSKCKG NPKLEREYND KKEKVVNEAF LAIRSRTEKQ AFIDYFVSTL YPHVRQDEF VDFAQKLFQD TDEIRSLTLL ALSSQYPIKR QGETE UniProtKB: Type I-MYXAN CRISPR-associated protein Cmx8 |
-分子 #6: CRISPR associated protein Cas5
分子 | 名称: CRISPR associated protein Cas5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) / 株: PCC 6714 |
分子量 | 理論値: 26.592424 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAQLALALDT VTRYLRLKAP FAAFRPFQSG SFRSTTPVPS FSAVYGLLLN LAGIEQRQEV EGKVTLIKPK AELPKLAIAI GQVKPSSTS LINQQLHNYP VGNSGKEFAS RTFGSKYWIA PVRREVLVNL DLIIGLQSPV EFWQKLDQGL KGETVINRYG L PFAGDNNF ...文字列: MAQLALALDT VTRYLRLKAP FAAFRPFQSG SFRSTTPVPS FSAVYGLLLN LAGIEQRQEV EGKVTLIKPK AELPKLAIAI GQVKPSSTS LINQQLHNYP VGNSGKEFAS RTFGSKYWIA PVRREVLVNL DLIIGLQSPV EFWQKLDQGL KGETVINRYG L PFAGDNNF LFDEIYPIEK PDLASWYCPL EPDTRPNQGA CRLTLWIDRE NNTQTTIKVF SPSDFRLEPP AKAWQQLPG UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 175158 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |